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万見
- PDB-5aea: Crystal structure of human NCAM domain 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aea
タイトルCrystal structure of human NCAM domain 1
要素NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 1
キーワードCELL ADHESION / NCAM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / : / virus receptor activity ...regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / : / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / neuron projection / cell adhesion / Golgi membrane / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Griffiths, K. / Foley, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: I-Bodies, Human Single Domain Antibodies that Antagonize Chemokine Receptor Cxcr4.
著者: Griffiths, K. / Dolezal, O. / Cao, B. / Nilsson, S.K. / See, H.B. / Pfleger, K.D.G. / Roche, M. / Gorry, P.R. / Pow, A. / Viduka, K. / Lim, K. / Lu, B.G.C. / Chang, D.H.C. / Murray-Rust, T. / ...著者: Griffiths, K. / Dolezal, O. / Cao, B. / Nilsson, S.K. / See, H.B. / Pfleger, K.D.G. / Roche, M. / Gorry, P.R. / Pow, A. / Viduka, K. / Lim, K. / Lu, B.G.C. / Chang, D.H.C. / Murray-Rust, T. / Kvansakul, M. / Perugini, M.A. / Dogovski, C. / Doerflinger, M. / Zhang, Y. / Parisi, K. / Casey, J.L. / Nuttall, S.D. / Foley, M.
履歴
登録2015年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 1
B: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0213
ポリマ－25,8322
非ポリマー1891
水2,936163
1
A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9161
ポリマ－12,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1052
ポリマ－12,9161
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.850, 107.327, 41.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 1 / N-CAM-1 / NCAM-1 / NCAM DOMAIN 1


分子量: 12915.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 20-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P13591
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.88 / 詳細: 1.45 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.88

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.44 Å / Num. obs: 16311 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 21.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZ1

1qz1


解像度: 1.9→38.436 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 764 4.7 %
Rwork0.1723 --
obs0.1736 16292 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 0 13 163 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0952105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.411566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.04670.25581550.23683074X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.25260.26911500.20653097X-RAY DIFFRACTION100
2.2526-2.57850.23431400.19223132X-RAY DIFFRACTION100
2.5785-3.24840.23181590.17843089X-RAY DIFFRACTION100
3.2484-38.44410.14641600.1413136X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7376-1.89340.40362.0726-0.44470.0967-0.5018-0.5710.63990.70740.21870.0723-0.55530.2464-0.09840.50070.00970.01620.2916-0.05790.2387-12.37972.757216.9735
20.1496-0.09620.03470.5599-0.04180.2368-0.1909-0.179-0.36670.6379-0.10470.39710.23250.13420.01380.2857-0.02010.06660.25870.00930.2391-10.401-11.7549.4699
31.07880.0674-0.20620.4018-0.67510.89650.2322-0.10440.19360.3899-0.31110.382-0.0995-0.27810.01140.15480.00640.05090.1932-0.05140.2171-12.20613.18778.7055
40.3240.50270.23660.97970.03510.3905-0.1255-0.06710.0366-0.33680.03620.0133-0.11160.0324-0.02740.14020.012-0.00880.1753-0.00480.1682-8.29392.46461.8337
50.4733-0.0071-0.07392.43-0.08530.04250.0373-0.03990.03710.0825-0.0655-0.58680.1632-0.03270.01120.1150.01160.0450.172-0.01960.1527-4.6315-4.12524.2461
60.85110.12120.11560.3322-0.46020.66090.1049-0.037-0.00080.0288-0.32470.3018-0.1776-0.1018-0.00270.3068-0.0198-0.06370.1903-0.01090.1619-6.0977-3.078211.0062
72.12581.59950.4531.9422-0.99974.08990.14630.2675-0.5186-0.19180.1587-0.30.13670.64890.06270.4441-0.14140.04580.4536-0.10740.33426.705211.8406-15.3947
81.2856-0.28550.54330.60690.10340.5846-0.07640.2172-0.2488-0.58760.25380.1556-0.04210.17530.04630.3261-0.0619-0.00840.2455-0.05520.15220.253215.599-11.677
90.5283-0.22740.03050.7861-0.45020.3548-0.0837-0.0299-0.0493-0.11170.15380.17640.0763-0.126-0.00020.2103-0.0272-0.00950.199-0.01490.2075-4.680417.3354-4.0314
100.72870.27540.71411.64980.41521.0324-0.06530.4444-1.2120.11440.1888-0.23880.59460.35170.11590.3230.05290.04920.2387-0.13620.52816.56598.2623-6.1744
110.8377-0.53850.32230.73690.03341.7371-0.35870.4622-0.0371-0.15550.094-0.0387-0.6482-0.1062-0.09230.2377-0.09590.03870.2056-0.02670.30784.827525.8564-7.6615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 6 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 7 THROUGH 13 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 14 THROUGH 36 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 37 THROUGH 64 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 65 THROUGH 80 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 81 THROUGH 100 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 6 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 7 THROUGH 36 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 37 THROUGH 72 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 73 THROUGH 86 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 87 THROUGH 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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