PDB-5acr: W228Y-Investigation of the impact from residues W228 and Y233 in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5acr

タイトル

W228Y-Investigation of the impact from residues W228 and Y233 in the metallo-beta-lactamase GIM-1

要素

GIM-1 PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / GIM-1 / CARBAPENEMASE / ENZYME KINETICS / MIC

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Skagseth, S. / Carlsen, T.J. / Bjerga, G.E.K. / Spencer, J. / Samuelsen, O. / Leiros, H.-K.S.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Role of Residues W228 and Y233 in the Structure and Activity of Metallo-Beta-Lactamase Gim-1.
著者: Skagseth, S. / Carlsen, T.J. / Bjerga, G.E.K. / Spencer, J. / Samuelsen, O. / Leiros, H.S.

履歴

登録	2015年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5acr.cif.gz	189 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5acr.ent.gz	151.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5acr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5acr_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5acr_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	5acr_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	5acr_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5acr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5acr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5acpC 5acqC 5acsC 5actC 2yntS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ynv-d 4c1d-d 5acs-d 5act-d 2ynu-d 6zyo-d 5k48-d 4brw-d 6rt5-d 4pvt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GIM-1 PROTEIN

B: GIM-1 PROTEIN

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.532, 129.732, 40.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GIM-1 PROTEIN / BETA-LACTAMASE 分子量: 27479.141 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR PRARE / 参照: UniProt: Q704V1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.61 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 24% PEG 5000 MONOMETHYL ETHER (PEG 5K MME), 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.5 AND 0.12 POTASSIUM THIOCYANATE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97972
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→45 Å / Num. obs: 30606 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YNT

2ynt

解像度: 1.9→24.747 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	1545	5.1 %
R_work	0.2017	-	-
obs	0.2039	30556	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3382	0	3	270	3655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.271	4704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.752	1250
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9613	0.3864	131	0.315	2573	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9613-2.0314	0.2921	150	0.2649	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0314-2.1127	0.3289	125	0.2464	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1127-2.2088	0.264	152	0.2178	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2088-2.3251	0.2936	146	0.2218	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3251-2.4707	0.3013	131	0.2188	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4707-2.6612	0.2757	142	0.2177	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6612-2.9287	0.3101	138	0.2197	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9287-3.3516	0.2495	156	0.1911	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3516-4.2192	0.1903	129	0.1692	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2192-24.7488	0.1879	145	0.1783	2687	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.146	1.054	0.3149	4.9255	1.2987	2.6049	-0.0364	0.2985	-0.411	-0.1449	0.181	-0.3742	0.2233	0.0138	-0.2539	0.245	0.0129	0.0028	0.2908	-0.1229	0.2463	22.524	-6.0274	14.8439
2	3.8256	0.4963	0.4974	4.9156	-0.343	2.9372	0.2641	-0.063	-0.4504	0.1597	-0.1483	0.0223	0.1201	0.16	-0.1443	0.121	0.0277	-0.022	0.2631	-0.0602	0.2133	22.89	-3.8885	25.3268
3	5.2726	1.1879	0.3418	1.7366	0.1464	1.2858	0.1245	-0.4845	-0.2886	0.0925	-0.1015	-0.0226	-0.0187	0.052	0.0167	0.1667	0.0253	0.0064	0.2692	-0.0162	0.1572	13.0816	-3.2282	28.0993
4	3.2612	-0.6619	-0.0672	4.7063	0.115	2.3996	0.0151	-0.5296	-0.3248	-0.3592	-0.2132	0.2178	-0.0511	-0.4197	0.1186	0.1948	0.0228	0.0745	0.3644	-0.0419	0.2442	5.2374	-1.6953	30.7292
5	2.7287	0.8838	-0.0126	1.9726	0.7499	2.4032	0.036	0.3637	0.0415	-0.3634	-0.0981	0.2369	-0.2001	-0.3541	0.0601	0.2508	0.0763	-0.0422	0.2839	-0.0636	0.1688	7.3421	3.146	13.8147
6	2.7833	0.8088	0.1305	6.0659	0.5141	3.0709	-0.0404	0.7871	0.0548	-0.574	-0.1565	-0.1827	-0.5095	0.3154	0.1351	0.2604	0.0669	-0.0308	0.3926	-0.0307	0.1802	15.4432	5.5779	9.3224
7	2.8081	1.1696	0.5442	5.709	0.5545	2.4043	-0.0723	0.8091	-0.1298	-0.9875	0.081	0.4928	-0.4866	-0.1235	0.0152	0.4252	0.0987	-0.0932	0.6251	-0.0789	0.2009	4.9394	1.5994	1.8072
8	2.6566	0.2277	-0.597	3.7374	1.2318	2.9197	-0.0998	0.0634	0.5919	-0.5928	0.2014	0.6965	0.4841	-0.2744	-0.1717	0.6682	-0.0389	-0.1753	0.2987	0.1193	0.7317	1.8213	-27.2143	4.7006
9	3.8597	-0.9073	-0.0267	3.1798	-0.9638	1.9779	-0.3162	-0.1721	0.5299	-0.6181	0.2547	-0.1313	0.1837	-0.0124	0.0349	0.3746	-0.0506	-0.0094	0.2172	0.0717	0.4116	11.4197	-38.9737	8.9985
10	2.63	1.1965	0.2846	1.448	0.216	1.7382	-0.457	0.7436	0.1782	-0.943	-0.074	-0.2275	0.634	-0.1289	0.3525	0.9235	-0.1725	0.0483	0.3754	0.102	0.5613	10.7214	-35.7515	-4.477
11	3.9607	-0.7327	2.7514	0.8037	-0.6027	3.0898	0.0042	-0.1137	0.1143	-0.0919	0.1846	-0.3365	0.0072	-0.1296	-0.047	0.5794	-0.1006	-0.2437	0.4795	0.1907	1.4364	19.3134	-21.6039	-0.0503
12	1.5674	-1.0451	0.651	3.7707	-0.1592	1.966	0.4174	0.6244	0.4151	-0.9869	-0.324	-0.9282	0.6793	0.4312	0.2178	1.2055	-0.1432	0.1301	0.4471	0.2995	0.5739	16.031	-33.228	-7.6434
13	1.0571	0.0138	-0.2412	2.72	-1.8923	1.5885	0.1744	0.0323	0.2111	-0.1945	0.2046	0.013	-0.1111	0.0186	0.2036	1.537	-0.041	0.4976	0.2149	0.5238	0.9188	20.2192	-25.1627	-10.1767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 40 THROUGH 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 77 THROUGH 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 104 THROUGH 148 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 175 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 179 THROUGH 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 253 THROUGH 279 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 280 THROUGH 295 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 40 THROUGH 66 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 67 THROUGH 201 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 202 THROUGH 226 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 227 THROUGH 238 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 239 THROUGH 279 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 280 THROUGH 295 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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