PDB-5ac7: S. enterica HisA with mutations D7N, D10G, dup13-15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ac7

タイトル

S. enterica HisA with mutations D7N, D10G, dup13-15

要素

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

キーワード

ISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF

機能・相同性

機能・相同性情報

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.904 Å

データ登録者

Newton, M. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes.
著者: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M.

履歴

登録	2015年8月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ac7.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ac7.ent.gz	168.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ac7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ac7_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ac7_full_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示
XML形式データ	5ac7_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	5ac7_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5ac7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5ac7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ab3C 5ac8C 5g1tC 5g1yC 5g2hC 5g2iC 5g2wC 5g4eC 5g4wC 5g5iC 5l6uC 5l9fC 5ahfS 5abt 5ac6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ab3-1 2ocg-d 3uxd-2 2ock-d 6k2x-d 7nbj-4 6k2s-d 2w79-2 4pe8-d 6uvz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

B: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.999, 61.999, 607.094
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2023- HOH

#1: タンパク質	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase 分子量: 27428.363 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: hisA, AIY46_13150, AL463_17045, CQW68_13095, D3346_17640, D3Q81_15095, EAW95_14430, FJR52_10950, GCH85_22590, NCTC6385_02080, ND68_15100 プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A630AQ07, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE; 0.1 M BIS-TRIS PH5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 56836 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.71 / 冗長度: 37.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 37.8 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5AHF

5ahf

解像度: 1.904→49.106 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 244-252 ARE DISORDERED FOR BOTH CHAINA AND CHAINB

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	2868	5.1 %
R_work	0.1855	-	-
obs	0.187	56576	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.904→49.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3694	0	28	233	3955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3803
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	5174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.709	1384
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	671

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9043-1.9371	0.3001	148	0.2587	2583	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9371-1.9723	0.2711	137	0.2285	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9723-2.0103	0.2328	118	0.2092	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0103-2.0513	0.2369	142	0.201	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0513-2.0959	0.2456	151	0.1876	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.1447	0.2439	129	0.1964	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1447-2.1983	0.2339	149	0.1986	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1983-2.2577	0.2187	141	0.1921	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2577-2.3242	0.242	155	0.1916	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3242-2.3992	0.2088	132	0.1929	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3992-2.4849	0.2451	171	0.1878	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4849-2.5844	0.2545	144	0.2077	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5844-2.702	0.2366	131	0.2018	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.702-2.8445	0.2239	134	0.2109	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8445-3.0227	0.2197	139	0.219	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0227-3.256	0.2301	137	0.2134	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.256-3.5836	0.2407	149	0.1993	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5836-4.1019	0.1911	134	0.1609	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1019-5.1671	0.1803	151	0.1433	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1671-49.1219	0.1723	176	0.1672	3069	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3824	3.4579	5.6817	5.5981	2.9901	8.3363	0.0868	-0.764	0.304	0.1781	-0.1987	0.0621	-0.1104	-0.46	0.1263	0.2448	0.0037	0.033	0.111	0.0383	0.1787	16.1817	-20.4618	-39.6277
2	2.8803	-2.2825	1.9449	7.4514	-6.0765	9.3788	0.4159	0.0407	-0.3912	0.4869	-0.1707	0.9507	0.4556	0.7456	-0.269	0.3299	0.0503	0.0768	0.3688	-0.1014	0.4203	6.3935	-22.8166	-30.5379
3	9.4134	3.8275	-7.0129	4.0041	-2.7013	9.3425	0.4003	-0.2596	0.2448	0.3479	-0.3185	0.819	-0.5158	-0.5324	-0.1827	0.2863	0.0605	0.0719	0.348	-0.0111	0.4183	9.8639	-15.102	-40.5489
4	8.0863	2.9346	-0.0071	8.0748	-0.5076	2.5592	0.197	-0.109	0.1256	0.304	-0.1665	0.1641	-0.0285	-0.292	-0.0354	0.2693	0.0156	0.009	0.2074	0.0031	0.1477	18.1967	-20.4603	-42.4426
5	6.3804	2.5816	-2.1164	9.1884	-3.6298	7.7304	0.1847	0.0956	-0.1336	-0.187	0.2174	0.9579	0.1525	-0.977	-0.2739	0.2316	-0.0048	-0.0517	0.3669	-0.0096	0.2935	8.4081	-27.7447	-47.4153
6	4.8833	2.6091	-0.2398	9.3431	-2.3661	5.8299	0.0975	0.1836	-0.3341	-0.0263	0.1269	0.2443	0.4329	-0.5309	-0.2197	0.179	0.0022	-0.0167	0.1802	0.004	0.1697	16.504	-32.6354	-45.1116
7	9.9885	0.0179	-1.3419	7.2242	1.3371	2.4559	0.2327	-0.3433	-0.4998	0.2956	-0.1316	0.4672	0.6599	-0.761	-0.1203	0.3699	-0.0233	-0.0251	0.3145	0.0148	0.2835	16.6475	-43.5885	-35.3196
8	3.6283	0.1529	0.7674	0.5006	0.9092	6.8362	-0.2262	-0.1184	-0.2456	0.2481	0.1236	0.133	0.4336	0.1839	0.1098	0.3453	0.0388	0.0033	0.1347	0.0091	0.2263	21.5662	-37.2082	-38.0118
9	6.1234	0.5933	4.3224	7.7916	0.7558	3.2041	-0.3994	-0.8737	0.3068	1.9672	0.1133	1.2824	-0.3193	-1.0531	0.1619	0.6576	0.1767	0.0899	0.3962	0.0078	0.3881	19.2951	-33.0038	-15.2103
10	6.3656	-5.1899	-2.2497	4.8388	1.4152	7.2218	0.482	-0.2636	-0.8583	2.2869	-0.6287	1.9337	-1.2166	-1.7704	0.1227	0.8094	0.0207	0.2942	0.8728	0.1177	0.7463	10.2768	-34.1253	-21.0889
11	3.5596	-1.8038	0.9516	5.2537	-1.0541	7.9496	-0.1106	-0.1231	-0.1227	0.212	0.1393	0.1551	-0.0649	0.0594	-0.0567	0.2369	0.0189	-0.0333	0.1094	-0.0009	0.2057	24.1129	-38.6866	-29.5086
12	7.8877	-5.0818	-2.8163	3.3226	1.7377	1.5324	0.4206	0.0362	-0.256	0.1333	-0.3956	0.3204	-0.3565	-0.2852	-0.01	0.4186	0.063	-0.0368	0.2434	0.004	0.4038	20.5903	-21.2577	-22.9087
13	7.0013	-5.062	3.0635	3.6163	-2.1699	7.1878	-0.3252	-0.0717	0.2751	0.2518	0.008	-0.1442	-0.3036	0.2501	0.3085	0.3196	-0.0367	-0.0593	0.1555	0.0201	0.2813	30.3791	-30.9072	-27.6896
14	9.0513	-5.2568	0.1218	3.9918	-2.1359	4.5612	-0.2928	-0.218	0.3043	0.7289	0.2168	-0.3096	-0.5422	0.068	0.0487	0.4326	-0.0498	-0.0723	0.2218	-0.0239	0.2959	26.5693	-14.1273	-27.5343
15	6.2616	1.0371	1.7613	4.5139	-1.8176	6.1776	-0.0284	0.1366	0.428	0.357	-0.185	-0.3308	-0.439	0.0162	0.182	0.283	-0.019	-0.0073	0.1161	-0.0438	0.2315	24.8927	-14.8696	-34.0555
16	3.7409	3.9107	-3.881	4.4066	-5.4079	9.8034	-0.0607	-0.0019	0.3935	-0.8603	-0.4093	-1.9272	-0.9102	1.0992	0.2953	0.4346	-0.0614	0.0507	0.2868	0.0445	0.5178	33.4983	-14.0932	-35.6362
17	3.0501	2.2728	3.1468	2.6556	3.0104	3.8073	0.0502	-0.1944	0.4307	-0.0047	-0.579	0.8105	1.0798	-0.2217	0.3761	0.5709	-0.0816	0.0709	0.1918	-0.0109	0.3011	5.1232	-12.9288	-8.0237
18	4.8336	-0.2014	-0.9424	5.4025	-0.4255	0.2158	0.5665	0.7444	0.0926	0.1679	0.0422	0.5872	0.014	0.233	-0.0756	0.925	-0.086	0.3619	-0.0254	-0.196	0.5242	2.1502	-18.4596	-20.2392
19	1.9504	2.7719	0.1475	3.8118	0.3017	5.0198	-0.6905	0.3461	-0.6455	-0.4779	-0.0065	-0.0741	0.8368	0.5346	0.5495	0.8185	0.0206	0.207	0.2871	-0.0357	0.5701	5.5345	-21.3464	-9.0283
20	7.575	4.2193	2.8172	8.0042	1.7616	8.0682	-0.0791	-0.2211	-0.1255	-0.6129	-0.1389	0.384	0.7253	-0.6406	0.1605	0.4874	-0.0718	0.0336	0.2122	0.0146	0.2133	0.9947	-13.7095	-7.0117
21	6.9775	4.6645	4.3851	3.7259	3.6205	3.675	-0.2086	0.3602	0.1746	-0.2679	0.1783	0.489	0.4072	-0.0248	-0.037	0.5417	-0.1228	0.022	0.2355	0.0303	0.3448	-4.5609	-15.9722	-0.867
22	6.2277	-2.5337	2.7281	8.4497	-4.2505	8.9975	0.1478	0.0485	-0.4852	-0.091	0.4002	1.1453	0.6787	-1.0588	-0.4747	0.3882	-0.0935	0.0027	0.2855	0.0562	0.3447	-8.5268	-7.5819	-6.4598
23	9.6448	-1.2146	-0.7046	2.3836	0.1073	7.0734	-0.0454	0.4341	-0.4097	-0.5035	0.3448	0.8941	0.4476	-0.9305	-0.3204	0.3339	-0.0361	-0.0584	0.3131	0.061	0.4085	-12.9518	-0.1916	-16.5255
24	8.8993	-0.4943	-5.4428	3.6237	2.2598	4.4358	0.1313	0.1785	-0.182	-0.3034	-0.1375	0.4198	-0.6675	-0.9239	-0.1977	0.3705	0.0455	-0.0327	0.3654	0.0706	0.25	-8.1643	1.0412	-8.6155
25	3.4465	2.0653	-2.593	3.9638	-4.881	5.9875	0.2683	0.8438	-0.6503	-1.0228	-0.1657	-0.0081	1.2852	0.0643	0.0954	0.5104	0.071	-0.0282	0.2854	-0.0378	0.3094	2.1797	-0.8943	-29.7139
26	4.1247	-5.7426	-0.0398	8.1588	-0.8281	4.5531	0.4942	1.0961	-0.4363	-1.5493	-1.7739	0.8424	2.7075	1.0407	0.9866	1.7441	0.1009	-0.197	0.8907	-0.1297	0.7925	-3.3169	-7.5172	-31.1217
27	3.1626	0.6754	0.4017	1.827	-0.0711	5.6429	0.0994	-0.0095	-0.0207	-0.0404	-0.0644	0.0822	0.0173	-0.05	-0.0567	0.3127	0.013	-0.0333	0.116	0.0033	0.1929	-2.9205	4.5212	-17.9999
28	3.8678	-4.81	-0.2538	6.0002	-0.15	3.2109	0.1394	0.1264	-0.6251	-1.1113	-0.1966	0.4273	0.1687	0.3411	0.0633	0.5436	0.1307	-0.0431	0.2922	-0.0211	0.3324	12.0606	-6.0854	-22.1657
29	4.137	-1.9401	-0.5406	6.7927	-4.2981	5.2652	-0.0231	0.0968	-0.0128	0.1198	-0.1465	-0.1878	-0.1622	0.0618	0.1751	0.3166	-0.004	-0.0543	0.1707	-0.0259	0.2003	6.2182	6.068	-16.241
30	2.5638	-2.319	1.1123	2.7926	-3.0903	7.543	-0.0429	0.1438	-0.0705	-0.9173	-0.4596	-1.2297	0.4681	1.0395	0.4246	0.3609	0.0326	0.0421	0.3318	0.0735	0.4033	18.7486	-4.4898	-13.9725
31	7.9223	-0.7934	-1.425	9.021	2.4071	7.5882	-0.4987	-0.0676	-0.235	-0.0801	0.0314	0.1883	0.3638	-0.0219	0.444	0.2143	-0.0069	-0.0013	0.1852	0.0181	0.1451	11.0393	-4.3123	-11.6459
32	5.9704	2.9049	-0.655	6.1193	0.7327	4.1074	-0.1604	-1.3643	-0.848	-0.043	-0.6968	-0.7557	0.287	0.9842	0.3257	0.4224	0.158	0.0692	0.5073	0.2295	0.4546	18.4579	-8.8689	-6.1768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 11:20)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 21:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 38:52)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 53:71)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 72:101)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 102:116)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 117:130)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 131:139)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 140:148)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 149:171)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 172:186)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 187:202)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 203:214)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 215:239)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 240:244)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 1:10)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 11:19)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 20:37)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 38:57)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 58:74)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 75:101)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 102:116)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 117:128)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN B AND RESID 129:142)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN B AND RESID 143:150)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN B AND RESID 151:172)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN B AND RESID 173:186)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN B AND RESID 187:202)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN B AND RESID 203:216)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN B AND RESID 217:227)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN B AND RESID 228:244)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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