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万見
- PDB-5ac1: Sheep aldehyde dehydrogenase 1A1 with duocarmycin analog inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ac1
タイトルSheep aldehyde dehydrogenase 1A1 with duocarmycin analog inhibitor
要素RETINAL DEHYDROGENASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDATION-REDUCTION PROCESS / ALDEHYDE DEHYDROGENASE ACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / NAD binding / axon / synapse / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K9P / Chem-TXE / Aldehyde dehydrogenase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種OVIS ARIES (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Koch, M.F. / Harteis, S. / Blank, I.D. / Pestel, G. / Tietze, L.F. / Ochsenfeld, C. / Schneider, S. / Sieber, S.A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Structural, Biochemical, and Computational Studies Reveal the Mechanism of Selective Aldehyde Dehydrogenase 1A1 Inhibition by Cytotoxic Duocarmycin Analogues.
著者: Koch, M.F. / Harteis, S. / Blank, I.D. / Pestel, G. / Tietze, L.F. / Ochsenfeld, C. / Schneider, S. / Sieber, S.A.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINAL DEHYDROGENASE 1
B: RETINAL DEHYDROGENASE 1
C: RETINAL DEHYDROGENASE 1
D: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,49916
ポリマ－219,5424
非ポリマー3,95712
水13,025723
1
A: RETINAL DEHYDROGENASE 1
B: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子

A: RETINAL DEHYDROGENASE 1
B: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,49916
ポリマ－219,5424
非ポリマー3,95712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area21340 Å2
ΔGint-107.3 kcal/mol
Surface area57630 Å2
手法PISA
2
C: RETINAL DEHYDROGENASE 1
D: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子

C: RETINAL DEHYDROGENASE 1
D: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,49916
ポリマ－219,5424
非ポリマー3,95712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area20720 Å2
ΔGint-105.9 kcal/mol
Surface area58240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.336, 80.953, 172.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2031-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 500 / Label seq-ID: 8 - 501

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8249, -0.000346, 0.5653), (-0.00016, -1, -0.00038), (0.5653, 0.000223, -0.8249)
ベクター: -33.56, 95.43, 108.3)

-
要素

#1: タンパク質
RETINAL DEHYDROGENASE 1 / RALDH 1 / RALDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 1 MEMBER A1 / ALDEHYDE ...RALDH 1 / RALDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 1 MEMBER A1 / ALDEHYDE DEHYDROGENASE CYTOSOLIC / ALDEHYDE DEHYDROGENASE 1A1


分子量: 54885.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) OVIS ARIES (ヒツジ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51977, retinal dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-K9P / 1-[(1S)-1-methyl-5-oxidanyl-1,2-dihydrobenzo[e]indol-3-yl]hexan-1-one


分子量: 297.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23NO2
#3: 化合物
ChemComp-TXE / [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate / 1,2,3,4-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 667.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.2 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K
詳細: 100 MM BIS-TRIS, PH 6.0, 4.5-7% PEG5000, 150=225MM MGCL2, 4DEGREE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.4 Å / Num. obs: 134836 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4X4L

4x4l


解像度: 2.08→49.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 6.556 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26494 6743 5 %RANDOM
Rwork0.22872 ---
obs0.23052 128092 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.807 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å20.05 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15225 0 268 723 16216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01916077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0215217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.97321808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.203335186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38952026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28624.735678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.501152730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3931570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02118549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0042.6318002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0042.6318003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8253.94210033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8253.94110033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5432.928075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5432.928076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7834.27911765
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.09221.518599
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.05321.46218382
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A307680.06
12B307680.06
21A307740.07
22C307740.07
31A307150.06
32D307150.06
41B310200.07
42C310200.07
51B307730.06
52D307730.06
61C304730.07
62D304730.07
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 404 -
Rwork0.442 7657 -
obs--79.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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