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- PDB-5aa6: Homohexameric Structure of the second Vanadate-Dependent Bromoper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aa6
タイトルHomohexameric Structure of the second Vanadate-Dependent Bromoperoxidase (AnII) from Ascophyllum nodosum
要素VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / BROWN ALGAE / BROMOPEROXIDASE / VANADIUM-DEPENDANT HALOGENPEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種ASCOPHYLLUM NODOSUM (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Radlow, M. / Jeudy, A. / Dabin, J. / Delage, L. / Leblanc, C. / Hartung, J. / Czjzek, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Homohexameric Structure of the Second Vanadate Dependant Bromoperoxidase from Ascophyllum Nodosum
著者: Radlow, M. / Czjzek, M. / Jeudy, A. / Dabin, J. / Delage, L. / Leblanc, C. / Hartung, J.
#1: ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular Cloning, Structure, and Reactivity of the Second Bromoperoxidase from Ascophyllum Nodosum.
著者: Wischang, D. / Radlow, M. / Schulz, H. / Vilter, H. / Viehweger, L. / Altmeyer, M.O. / Kegler, C. / Herrmann, J. / Muller, R. / Gaillard, F. / Delage, L. / Leblanc, C. / Hartung, J.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
B: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
C: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
D: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
E: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
F: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,14812
ポリマ－391,4586
非ポリマー6906
水36,1562007
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49200 Å2
ΔGint-216.1 kcal/mol
Surface area110310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.790, 236.840, 118.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.52, 0.036, -0.853), (-0.786, -0.372, -0.495), (-0.335, 0.928, -0.165)15.049, 18.062, 14.898
2given(-0.529, 0.801, 0.279), (0.787, 0.341, 0.515), (0.318, 0.492, -0.811)-45.006, 8.054, 50.106
3given(0.513, -0.804, -0.3), (0.018, -0.34, 0.94), (-0.858, -0.487, -0.16)10.484, -9.112, 23.538
4given(-0.502, -0.02, 0.865), (0.004, -1, -0.02), (0.865, -0.007, 0.502)-50.045, 26.141, 28.732
5given(-1, -0.026, 0.018), (-0.026, 0.355, -0.934), (0.018, -0.934, -0.356)-34.952, 34.952, 50.515
6given(-0.999527, -0.025133, 0.017739), (-0.02553, 0.355967, -0.93415), (0.017164, -0.93416, -0.356441)-34.98585, 34.11007, 50.53286

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要素

#1: タンパク質
VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 2


分子量: 65243.051 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: VANADATE COFACTOR LINKED TO HISTIDINE 536 IN ALL CHAINS. THE BIOLOGICAL MACROMOLECULE HAS THE HOMOHEXAMERIC FORM PRESENT IN THE CRYSTAL STRUCTURE
由来: (天然) ASCOPHYLLUM NODOSUM (真核生物) / 組織: CELL WALL (EXTRACELLULAR MATRIX) / 参照: UniProt: K7ZUA3, bromide peroxidase
#2: 化合物
ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細VANADATE (VO4): THE VANADATE IS COORDINATED BY HIS 536
配列の詳細THE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS A NATIVE PURIFIED PROTEIN FROM THE ORGANISM. THIS FAMILY OF ENZYMES ...THE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS A NATIVE PURIFIED PROTEIN FROM THE ORGANISM. THIS FAMILY OF ENZYMES IS KNOWN TO DISPLAY MANY ISO-FORMS. THE DEDUCED SEQUENCE FROM THE CRYSTAL STRUCTURE DISPLAYS FEW BUT REAL DISCREPANCIES TO THE DEPOSITED SEQUENCE AT UNIPROT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: HANGING DROP AT 18 DEGREES C, 2 MICROL OF PROTEIN WITH 1 MICROL RESERVOIR SOLUTION, NACL 0.1 M, BIS-TRIS 0.01 M, PH 5.5 AND 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→65 Å / Num. obs: 170315 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0.1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QI9

1qi9


解像度: 2.26→70 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 7.107 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23592 8509 5 %RANDOM
Rwork0.16987 ---
obs0.17317 161755 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å2-1.53 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27293 0 30 2007 29330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01928461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9638803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04453714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24124.6031349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.712154549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.70215175
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.24250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02122251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 590 -
Rwork0.258 11815 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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