PDB-5aa1: Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aa1

タイトル

Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex with NAG-anhNAM-pentapeptide

要素

MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F
N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA

キーワード

LYASE / LYTIC TRANSGLYCOSILASE / CELL WALL RECYCLING

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Dominguez-Gil, T. / Acebron, I. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Activation by Allostery in Cell-Wall Remodeling by a Modular Membrane-Bound Lytic Transglycosylase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Dominguez-Gil, T. / Lee, M. / Acebron-Avalos, I. / Mahasenan, K.V. / Hesek, D. / Dik, D.A. / Byun, B. / Lastochkin, E. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2015年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aa1.cif.gz	684.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aa1.ent.gz	569.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aa1_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aa1_full_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示
XML形式データ	5aa1_validation.xml.gz	60.7 KB	表示
CIF形式データ	5aa1_validation.cif.gz	83.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a5xSC 5aa2C 5aa3C 5aa4C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5aa2-4 5aa3-9 5aa4-2 5aa2-3 5aa3-2 5aa4-4 5aa3-1 5a5x-2 5aa3-6 5aa3-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

C: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

D: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

E: N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA

ヘテロ分子

226 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

E: N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.853, 135.752, 138.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F / MUREIN LYASE F 分子量: 56270.547 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 8-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HXN1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: タンパク質・ペプチド	N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA 分子量: 789.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA (PEP): NO ...N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA (PEP): NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR N-ACETYLGLUCOSAMINE-1, 6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID AND THEREFORE MODEL WAS NOT INCLUDED FOR THESE MOIETIES
配列の詳細	FIRST NINE AMINOACIDS IN ERW72512 SEQUENCE CORRESPONDS TO THE SIGNAL PEPTIDE AND WERE NOT INCLUDED ...FIRST NINE AMINOACIDS IN ERW72512 SEQUENCE CORRESPONDS TO THE SIGNAL PEPTIDE AND WERE NOT INCLUDED IN OUR CONSTRUCT.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: ELLIPTICALLY BENT MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→47.25 Å / Num. obs: 52009 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 61.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A5X

5a5x

解像度: 2.89→47.249 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	2023	4.1 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1706	49825	91.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→47.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13408	0	5	129	13542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.351	18519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.54	5159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1953
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.89-2.9623	0.3869	157	0.2883	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9623-3.0423	0.4143	158	0.2736	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0423-3.1319	0.3299	159	0.2491	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1319-3.2329	0.3602	151	0.2579	3666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2329-3.3484	0.3583	154	0.2558	3634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3484-3.4825	0.3178	89	0.254	2019	X-RAY DIFFRACTION	54
3.4825-3.6409	0.2724	145	0.1881	3600	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6409-3.8328	0.2704	99	0.1693	2452	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8328-4.0728	0.2314	115	0.1437	2706	X-RAY DIFFRACTION	72
4.0728-4.387	0.1949	160	0.1277	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.387-4.8281	0.1885	156	0.1144	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8281-5.5259	0.1839	156	0.1225	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5259-6.9584	0.209	164	0.1519	3700	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9584-47.2554	0.1969	160	0.1427	3767	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8547	-0.0112	0.3311	2.2143	-0.9656	3.2441	0.0499	-0.4767	-0.0088	0.3049	-0.1495	-0.1236	-0.2244	0.0382	0.0928	0.3432	-0.0411	-0.009	0.3583	0.024	0.3921	8.4311	-18.9262	74.1431
2	1.1627	0.437	0.0885	3.9413	-0.3514	1.3964	-0.1928	0.1059	0.15	-0.1916	0.1758	-0.1045	0.0603	-0.0237	0.0198	0.2247	0.0053	-0.0051	0.3878	-0.0001	0.3325	8.1303	0.1018	48.6368
3	3.3063	-1.3448	-0.3991	3.5569	-0.5254	1.8517	0.11	0.0551	0.4016	-0.3077	-0.0663	-0.3844	-0.3576	-0.147	-0.038	0.681	0.008	0.0249	0.4538	0.0076	0.3559	31.8121	40.0722	16.8032
4	3.9251	-3.7773	3.3125	5.116	-3.4748	2.8293	-0.3656	-0.4222	0.4869	0.0142	0.2731	-0.746	-0.5678	-0.1587	0.1652	0.6878	0.0868	-0.056	0.4919	-0.1268	0.6757	37.5659	39.3088	36.1969
5	2.3959	-1.1021	1.0944	2.7492	-0.1903	4.794	-0.0886	-0.2956	0.2881	-0.0393	0.0454	-0.1241	0.1335	-0.3665	0.0498	0.2514	-0.0218	0.031	0.3717	-0.0122	0.4238	36.0416	17.3302	38.9883
6	2.8565	1.6807	-0.688	4.3751	-1.1556	2.1915	-0.082	0.0719	-0.3535	-0.2277	-0.0154	-0.2082	0.1756	0.0999	0.0652	0.3222	0.0227	-0.0336	0.3145	0.0012	0.3112	48.2792	-42.5675	58.5319
7	0.1306	0.1351	0.1046	7.2734	-6.4918	6.1354	-0.297	0.2358	-0.1335	-0.8918	0.0139	-0.8406	0.3336	-0.2021	0.5128	1.0796	-0.1563	-0.0919	0.6793	0.0027	0.5309	39.6549	-29.641	30.8879
8	2.5509	0.6249	0.5581	2.1358	-0.8228	5.379	-0.1855	0.121	0.1194	-0.5252	0.1252	0.0064	0.0822	-0.3439	0.0382	0.4481	0.0408	0.0127	0.3055	0.0402	0.3822	36.8939	-18.5824	41.6246
9	4.4101	0.7422	-0.7427	2.9507	-1.4841	5.2234	0.6316	0.8794	0.4465	-0.741	-0.5968	-0.1604	-0.3638	0.0283	0.0278	1.0697	0.2602	0.1178	0.6692	0.0943	0.5241	46.9749	18.8682	-16.8152
10	2.1443	-0.5676	-0.131	2.0765	-1.1451	4.3571	0.2194	0.6774	0.0042	-0.3507	-0.2676	0.1461	-0.4668	-0.7057	0.0585	0.8742	0.1421	-0.0666	0.7746	-0.0515	0.4291	30.5573	18.3817	-7.7758
11	0.2425	-0.438	0.5256	2.3807	-2.7719	3.2252	0.1023	0.3479	-0.0116	-1.3384	-0.0689	-0.3175	0.1705	-0.5104	-0.0444	1.5823	0.1992	0.0298	0.71	-0.0469	0.6594	41.4705	1.1825	-12.5507
12	2.4744	-0.419	0.0053	3.9259	0.3863	3.6891	-0.0582	-0.0785	-0.0187	-0.12	0.1005	-0.4254	0.3379	-0.1513	-0.0417	0.5357	-0.0507	0.003	0.4065	0.041	0.3663	55.9599	-1.7245	6.1323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 251 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 252 THROUGH 446 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 30 THROUGH 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 227 THROUGH 274 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 275 THROUGH 445 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'C' AND (RESID 28 THROUGH 241 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 242 THROUGH 285 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 286 THROUGH 446 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'D' AND (RESID 30 THROUGH 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'D' AND (RESID 105 THROUGH 237 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'D' AND (RESID 238 THROUGH 262 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'D' AND (RESID 263 THROUGH 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)