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万見
- PDB-5a9h: Crystal structure of the extracellular domain of PepT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9h
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of PepT2
要素SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PEPT2 / EXTRACELLULAR DOMAIN / MFS
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide import across plasma membrane / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide transport / metanephric proximal tubule development / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity ...high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide import across plasma membrane / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide transport / metanephric proximal tubule development / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / antibacterial innate immune response / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / xenobiotic transport / peptide transport / renal absorption / phagocytic vesicle membrane / protein transport / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide transporter / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Alpha/beta knot methyltransferases / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Solute carrier family 15 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Beale, J.H. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the Extracellular Domain from Pept1 and Pept2 Provide Novel Insights Into Mammalian Peptide Transport
著者: Beale, J.H. / Parker, J.L. / Samsudin, F. / Barrett, A.L. / Senan, A. / Bird, L.E. / Scott, D. / Owens, R.J. / Sanson, M.S.P. / Tucker, S.J. / Meredith, D. / Fowler, P.W. / Newstead, S.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9715
ポリマ－21,5541
非ポリマー4174
水1,69394
1
A: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2
ヘテロ分子

A: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,94210
ポリマ－43,1092
非ポリマー8348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-181.1 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.070, 43.070, 220.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2094-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2 / PEPT2 / KIDNEY H(+)/PEPTIDE COTRANSPORTER / OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER / KIDNEY ISOFORM / PEPTIDE TRANSPORTER 2


分子量: 21554.250 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 410-601 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PLOU3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63424
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ACETATE (ACT): FROM CRYSTALLISATION CONDITION CESIUM (CS): CESIUM ION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 詳細: 0.2 M CSCL2, 15 % PEG 3350 AT 20 DEGREES CELCIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→30.46 Å / Num. obs: 13761 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.06→2.12 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→30.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9508 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9341 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CS. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1622. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CS. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1622. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 690 5.01 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.1979 13761 99.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0579 Å20 Å20 Å2
2--0.0579 Å20 Å2
3----0.1159 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.327 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→30.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1481 0 12 94 1587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.242114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d544SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes225HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1557HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion204SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1736SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.23 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 160 5.87 %
Rwork0.2138 2567 -
all0.2166 2727 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0869-0.83940.9851.622-0.7162.4666-0.0938-0.5317-0.05210.0834-0.0404-0.071-0.3284-0.16560.1342-0.12360.0005-0.0716-0.06820.0371-0.04644.740212.428410.8508
23.72991.0153-0.96212.3563-1.32962.2980.0537-0.5442-0.54420.0342-0.0584-0.1194-0.05420.16550.0046-0.216-0.0045-0.06960.04670.15060.045825.18794.320118.1029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|410 - A|504 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|514 - A|601 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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