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- PDB-5a9d: Crystal structure of the extracellular domain of PepT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9d
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of PepT1
要素SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PEPT1 / EXTRACELLULAR CELLULAR DOMAIN / IGG-LIKE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Proton/oligopeptide cotransporters / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / brush border / protein transport / apical plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide transporter / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 15 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Beale, J.H. / Bird, L.E. / Owens, R.J. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the Extracellular Domain from Pept1 and Pept2 Provide Novel Insights Into Mammalian Peptide Transport
著者: Beale, J.H. / Parker, J.L. / Samsudin, F. / Barrett, A.L. / Senan, A. / Bird, L.E. / Scott, D. / Owens, R.J. / Sanson, M.S.P. / Tucker, S.J. / Meredith, D. / Fowler, P.W. / Newstead, S.
履歴
登録2015年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 1
B: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0175
ポリマ－41,7402
非ポリマー2763
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-10.9 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.480, 70.330, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99902, -0.0423, -0.01325), (-0.04433, 0.95115, 0.30554), (-0.00032, 0.30583, -0.95209)
ベクター: -23.01291, 3.4792, -26.23655)

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要素

#1: タンパク質 SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 1 / INTESTINAL H(+)/PEPTIDE COTRANSPORTER / OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER / SMALL INTESTINE ISOFORM / ...INTESTINAL H(+)/PEPTIDE COTRANSPORTER / OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER / SMALL INTESTINE ISOFORM / PEPTIDE TRANSPORTER 1 / PROTON- COUPLED DIPEPTIDE COTRANSPORTER / EXTRACELLULAR DOMAIN


分子量: 20870.225 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 391-579 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: POPINM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JIP7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % PEG 6000, 0.1 M MES PH 6.0, 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE, AT 10 MG.ML-1 AND A 4 DEGREES CELCIUS USING SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION PLATES.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43 Å / Num. obs: 25179 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 43.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→43.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9437 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9252 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1290 5.17 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1969 24975 99.19 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0644 Å20 Å20 Å2
2---3.3458 Å20 Å2
3---8.4102 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.322 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 18 150 3098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013061HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.184161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1051SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes445HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3061HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion414SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3461SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 152 5.56 %
Rwork0.2223 2581 -
all0.2249 2733 -
obs--99.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8275-0.13252.7710.88730.21648.3154-0.1384-0.03970.37430.1823-0.04080.0883-0.3963-0.24430.1792-0.0562-0.0241-0.0308-0.09920.0236-0.0966-14.30950.26063.8807
22.3133-0.35761.00264.5882-2.35645.00720.0251-0.1233-0.0031-0.35890.20320.15080.3035-0.2095-0.2284-0.0336-0.04690.0061-0.15270.0059-0.1472-27.3765-2.1568-22.7808
35.0943-1.16461.65830.96290.15913.93470.1383-0.10630.4718-0.2154-0.0304-0.1191-0.44640.5442-0.1079-0.0624-0.12450.078-0.0366-0.0221-0.1132-8.73785.5732-30.0582
46.86681.2984-0.80562.4888-0.17741.4939-0.07450.2861-0.11140.07220.1013-0.4901-0.15620.5442-0.0268-0.253-0.0994-0.05770.18770.0692-0.27894.9416-3.9948-5.0096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|394 - A|479 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|485 - A|578 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|394 - B|479 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|488 - B|579 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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