[日本語] English
万見
- PDB-5a7y: Crystal structure of Sulfolobus acidocaldarius Trm10 in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7y
タイトルCrystal structure of Sulfolobus acidocaldarius Trm10 in complex with S-adenosylhomocysteine
要素TRNA (ADENINE(9)-N1)-METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / SPOUT / TRNA METHYLTRANSFERASE / TRM10
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA methyltransferase, archaea / tRNA methyltransferase TRM10-type domain / tRNA methyltransferase TRM10-type domain superfamily / SAM-dependent methyltransferase TRM10-type domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Van Laer, B. / Roovers, M. / Wauters, L. / Kasprzak, J. / Dyzma, M. / Deyaert, E. / Feller, A. / Bujnicki, J. / Droogmans, L. / Versees, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Insights Into tRNA Binding and Adenosine N1-Methylation by an Archaeal Trm10 Homologue.
著者: Van Laer, B. / Roovers, M. / Wauters, L. / Kasprzak, J.M. / Dyzma, M. / Deyaert, E. / Kumar Singh, R. / Feller, A. / Bujnicki, J.M. / Droogmans, L. / Versees, W.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRNA (ADENINE(9)-N1)-METHYLTRANSFERASE
B: TRNA (ADENINE(9)-N1)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8458
ポリマ－70,7462
非ポリマー1,0996
水34219
1
A: TRNA (ADENINE(9)-N1)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8633
ポリマ－35,3731
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRNA (ADENINE(9)-N1)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9825
ポリマ－35,3731
非ポリマー6094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.140, 101.090, 66.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 0 - 290 / Label seq-ID: 20 - 310

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.94774, 0.319043, -0.000365), (0.318986, 0.94755, -0.019939), (-0.006016, -0.019014, -0.999801)80.6337, -11.7824, 99.09688

-
要素

#1: タンパク質 TRNA (ADENINE(9)-N1)-METHYLTRANSFERASE / TRNA(M1A9)-METHYLTRANSFERASE / TRNA(M1A9)MTASE / TRM10


分子量: 35372.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: Q4J894, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 0.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 15-20 % PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.98536
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.1 Å / Num. obs: 22754 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 13.26
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A7T

5a7t


解像度: 2.5→48.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28923 1138 5 %RANDOM
Rwork0.23439 ---
obs0.23713 21616 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.61 Å20 Å20 Å2
2---5.08 Å20 Å2
3---2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4373 0 74 19 4466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194506
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4922.0086058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.449310486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3892.4042196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.382.3992193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6563.5842732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.482.8712310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 84 -
Rwork0.347 1604 -
obs--99.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.343-3.2270.494812.0875-1.20911.2707-0.058-0.00230.88140.17710.1514-0.5063-0.14380.1678-0.09340.1402-0.0114-0.06790.8012-0.01250.220731.50350.20729.023
219.0485-23.4801-18.222143.194921.904140.59620.0235-0.20250.4815-0.98170.17250.2961-0.3862-0.2799-0.1960.0928-0.0886-0.13220.6180.16580.40923.27644.41826.61
34.6179-0.3909-0.1371.27160.52114.5407-0.0270.1512-0.1812-0.05340.0030.12510.1955-0.08550.02410.1010.0059-0.02040.89520.01710.020236.78220.73131.853
45.7138-10.77469.565121.0802-23.272954.3759-1.0673-0.2378-0.17182.02090.22920.16-3.4332.56650.83821.8119-0.4106-0.39831.62560.07611.454637.6279.6731.318
56.5623-0.40683.27311.2733-0.22575.30160.01710.0690.1016-0.16340.1339-0.2406-0.06390.6859-0.1510.0254-0.02230.03731.0752-0.02190.060355.86624.01737.494
610.8234-4.771410.41322.504-14.300719.2648-0.2108-0.11941.09051.0774-0.2973-1.3113-1.0060.74530.50820.2395-0.03420.10691.1284-0.21570.404163.75526.70552.677
76.35160.7021-1.37545.9608-0.15923.75240.56370.0940.95640.1777-0.3056-0.2431-0.68010.1037-0.25820.14440.00830.08090.8044-0.01280.181966.80942.86469.299
85.16751.20282.73974.07271.1248.04320.08690.4065-0.4676-0.01750.0105-0.14410.73040.4481-0.09740.07570.04190.01170.9083-0.08460.061154.45117.53761.271
95.0474-0.1333-0.0470.75940.65493.53970.2486-0.4029-0.40310.01260.0184-0.00990.36920.1062-0.26710.07410.0864-0.04260.92840.05580.057849.43117.09870.55
1017.4474-2.446217.555515.98718.875726.02620.78070.74580.5079-0.116-1.2113-0.06971.1386-0.02080.43071.0072-0.03310.11511.2720.00521.129844.2265.67266.249
115.7135-0.66162.250.2187-1.07165.5164-0.07280.0080.21980.02590.0494-0.014-0.13-0.31440.02350.00520.0497-0.00380.9413-0.05180.013737.59825.6862.049
125.1588-1.17242.85357.0114.563310.6877-0.1357-0.12620.70950.02220.1585-0.2125-1.1264-0.6775-0.02270.22720.07280.05330.87950.0670.1327.94134.00850.305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3A84 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4A182 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5A203 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6A276 - 291
7X-RAY DIFFRACTION7B0 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8B87 - 132
9X-RAY DIFFRACTION9B133 - 184
10X-RAY DIFFRACTION10B191 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11B202 - 265
12X-RAY DIFFRACTION12B266 - 290

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る