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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a6v | |||||||||
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タイトル | Open and closed conformations and protonation states of Candida antarctica Lipase B: Xenon complex | |||||||||
![]() | LIPASE B | |||||||||
![]() | HYDROLASE / LIPASE / CANDIDA ANTARCTICA / ATOMIC RESOLUTION / FREE FATTY ACIDS / LIPIDS / HYDROLASE FOLD / INTERFACIAL ACTIVATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stauch, B. / Fisher, S.J. / Cianci, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Open and Closed States of Candida Antarctica Lipase B: Protonation and the Mechanism of Interfacial Activation. 著者: Stauch, B. / Fisher, S.J. / Cianci, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33040.238 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-XE / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: CANDIDA ANTARCTICA LIPASE B (CALB) WAS PURCHASED BY HAMPTON RESEARCH AND CRYSTALLIZED WITHOUT FURTHER PURIFICATION. CRYSTALLIZATION TRIALS WERE PERFORMED AT 293 K USING THE HANGING-DROP ...詳細: CANDIDA ANTARCTICA LIPASE B (CALB) WAS PURCHASED BY HAMPTON RESEARCH AND CRYSTALLIZED WITHOUT FURTHER PURIFICATION. CRYSTALLIZATION TRIALS WERE PERFORMED AT 293 K USING THE HANGING-DROP METHOD USING A QUIAGEN EASYXTAL 15-WELL PLATE. 1 UL OF A 15 MG/ML CALB SOLUTION IN 20MM NA(CH3COO) PH = 4.8 WAS DILUTED WITH 1 UL OF THE PRECIPITANT SOLUTION, MADE OF 200MM NA(CH3COO) PH = 4.8, 20% (W/V) PEG4000, AND 10-13% (V/V) 2-PROPANOL. THE DROP WAS EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST 500 ML OF THE PRECIPITANT SOLUTION. PROTEIN CRYSTALS OF NATIVE CALB APPEARED WITHIN ONE WEEK AND GREW TO A SIZE OF 0.2 X 0.4 X 0.5 MM3 IN THREE WEEKS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月25日 / 詳細: KB MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.25 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→70.96 Å / Num. obs: 21330 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 7 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.36 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 70.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TCA 解像度: 2.28→70.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.494 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.381 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→70.97 Å
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拘束条件 |
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