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- PDB-5a5w: Crystal structure of Salmonella enterica HisA D7N D176A with ProFAR -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a5w | ||||||
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Title | Crystal structure of Salmonella enterica HisA D7N D176A with ProFAR | ||||||
![]() | 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / PROFAR | ||||||
Function / homology | ![]() 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Two-Step Ligand Binding in a Beta/Alpha8 Barrel Enzyme -Substrate-Bound Structures Shed New Light on the Catalytic Cycle of Hisa Authors: Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 702.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5aheC ![]() 5ahfSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27086.934 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: hisA, AIY46_13150, AL463_17045, CQW68_13095, D3346_17640, D3Q81_15095, EAW95_14430, FJR52_10950, GCH85_22590, NCTC6385_02080, ND68_15100 Plasmid: PEXP5-CT / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A630AQ07, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase |
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#2: Chemical | ChemComp-GUO / [( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.53 Å3/Da / Density % sol: 50 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 9 / Details: 0.1 M BICINE PH9.0, 20 % W/V PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2015 Details: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→40.36 Å / Num. obs: 63157 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 24.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.69 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Redundancy: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 5AHF Resolution: 1.6→40.363 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→40.363 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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