PDB-5a5w: Crystal structure of Salmonella enterica HisA D7N D176A with ProFAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a5w

タイトル

Crystal structure of Salmonella enterica HisA D7N D176A with ProFAR

要素

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

キーワード

ISOMERASE / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / PROFAR

機能・相同性

機能・相同性情報

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Two-Step Ligand Binding in a Beta/Alpha8 Barrel Enzyme -Substrate-Bound Structures Shed New Light on the Catalytic Cycle of Hisa
著者: Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M.

履歴

登録	2015年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a5w.cif.gz	114.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a5w.ent.gz	90.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aheC 5ahfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zs4-d 6tyv-d 5ab3-2 6pks-d 2y85-1 6clb-d 5an7-d 2pkc-d 6b1a-3 3de6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.607, 46.607, 197.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase 分子量: 27086.934 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: hisA, AIY46_13150, AL463_17045, CQW68_13095, D3346_17640, D3Q81_15095, EAW95_14430, FJR52_10950, GCH85_22590, NCTC6385_02080, ND68_15100 プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: A0A630AQ07, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GUO / [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 1-(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)-5-[[[(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)アミノ]メチレ(以下略) 分子量: 577.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₅O₁₅P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9 / 詳細: 0.1 M BICINE PH9.0, 20 % W/V PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月28日詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40.36 Å / Num. obs: 63157 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.69
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.18 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AHF

5ahf

解像度: 1.6→40.363 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	1632	4.8 %
R_work	0.1662	-	-
obs	0.1679	34069	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1834	0	37	209	2080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1963
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	2690
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.116	769
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6004-1.6475	0.2524	142	0.2103	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6475-1.7007	0.2188	145	0.1898	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7007-1.7615	0.2307	149	0.1921	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7615-1.832	0.2424	126	0.1787	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.832-1.9154	0.2152	135	0.1829	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9154-2.0164	0.2064	125	0.1847	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0164-2.1427	0.219	136	0.1816	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1427-2.3081	0.2224	143	0.1715	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3081-2.5404	0.1832	94	0.1715	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5404-2.9079	0.203	134	0.1806	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9079-3.6633	0.2148	146	0.1671	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6633-40.3757	0.1773	157	0.1424	2933	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1057	1.0095	0.7052	4.2808	0.5118	1.8303	-0.0336	0.1351	0.1596	-0.3221	-0.0449	0.0565	-0.1253	0.0902	0.0714	0.2612	-0.0423	-0.0305	0.1699	0.0134	0.0995	25.4792	8.4968	6.8295
2	3.1828	4.3513	-2.5342	6.9384	-2.2531	3.464	-0.2698	0.4177	0.3175	-1.0604	0.0374	0.1862	0.0687	-0.1615	0.1116	0.7357	-0.1368	-0.1475	0.2642	0.1565	0.067	24.9578	9.1893	-0.997
3	3.3239	2.5289	0.7861	6.4874	0.8683	2.7737	0.0135	-0.0197	-0.0266	-0.2408	-0.093	0.2711	0.3041	-0.4821	0.1073	0.2161	-0.089	-0.0351	0.2208	-0.0227	0.1672	18.7086	0.7107	9.3038
4	6.7368	3.3878	1.1234	2.4816	2.1935	3.9276	-0.0799	-0.0517	0.8759	-0.4603	-0.2977	0.9838	-0.2975	-0.8889	0.3053	0.237	0.0217	-0.077	0.3828	-0.0856	0.3777	13.281	11.4544	12.5845
5	4.5498	0.2262	0.541	1.8723	0.5	3.8524	0.0091	-0.3898	0.1843	0.3292	-0.1052	0.514	0.2349	-0.6126	0.1428	0.2002	-0.063	0.0087	0.322	-0.0516	0.1719	18.1052	7.1801	19.001
6	3.9958	1.0735	0.7399	2.7321	-3.5195	7.1368	0.0242	-1.2637	1.1421	0.4387	-0.6885	0.8551	-0.5591	-0.9416	0.3896	0.2578	-0.0241	0.0961	0.6961	-0.2266	0.4142	13.321	14.3682	26.054
7	5.1399	3.9011	-1.3269	5.5336	-2.5491	1.516	0.2666	-0.429	0.2784	0.3079	-0.3382	0.3733	0.0338	-0.6345	0.0661	0.2083	-0.0994	0.0397	0.3966	-0.1342	0.2261	19.0582	9.4039	23.1227
8	5.6065	-0.082	-1.8173	3.4231	-1.9304	1.7533	0.0583	-0.6103	0.3067	0.7846	-0.2285	-0.0005	-0.3083	-0.6011	-0.5094	0.4066	-0.1418	0.1099	0.6224	-0.2257	0.2325	22.0376	15.1115	32.2503
9	2.5901	1.0368	-3.9308	3.6031	-0.5356	6.9933	0.0935	-0.4257	0.1372	0.1289	-0.1981	0.0138	-0.0012	0.1851	0.1103	0.2077	-0.0868	-0.0274	0.3055	0.0028	0.1454	31.4692	9.9389	22.0648
10	2.2003	0.1105	0.7013	8.4576	2.722	1.0758	0.0106	0.9117	-0.239	-0.2635	0.0662	-1.0764	-0.6811	1.3928	-0.1206	0.2493	-0.2295	-0.037	0.6345	-0.0008	0.3265	45.7559	15.2872	20.0174
11	3.0799	-0.0804	1.7577	1.256	-0.0582	7.8455	-0.0169	-0.5508	0.3891	0.2947	-0.1795	-0.0583	-0.4034	0.1596	0.1365	0.2427	-0.0842	-0.019	0.2997	-0.0527	0.2005	33.2904	14.2549	25.4847
12	1.1703	-0.0249	-1.2294	2.792	2.0603	7.4236	0.1027	-0.0585	-0.0947	-0.1184	0.0863	-0.3328	-0.0025	0.3047	-0.2207	0.1944	-0.0618	-0.0084	0.2499	0.0126	0.1799	35.4698	5.6477	13.4145
13	3.617	1.2174	1.6412	3.1645	0.1656	7.7832	0.2347	-0.2197	-0.5143	0.1661	-0.0375	-0.6691	0.5092	0.3793	-0.1698	0.2068	-0.0068	-0.0526	0.1786	0.0359	0.2745	36.6936	-1.3648	18.0388
14	3.8802	-4.1709	2.7957	4.5732	-2.5264	4.643	-0.0094	0.7085	-0.4235	-0.8808	0.1984	-0.3761	0.0501	0.5768	-0.2233	0.413	-0.0674	0.0561	0.2929	-0.0812	0.271	29.7574	-3.1376	1.3
15	7.3671	-1.5232	-1.1731	8.3399	2.7245	1.8161	0.2152	0.1588	-1.5862	-0.2891	-0.1812	-0.306	1.3139	0.0407	0.0204	0.5115	-0.0546	-0.0251	0.1961	-0.0148	0.4396	28.3977	-12.2797	9.0557
16	1.5121	-0.7115	-3.2813	0.3369	1.5441	7.1296	-0.8308	-0.1426	-2.4373	1.629	0.3796	-0.9302	2.6421	0.5316	0.2544	0.7239	0.0988	-0.0363	0.3649	-0.0381	0.9935	32.942	-13.5031	16.3415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 23:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 30:54)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 55:72)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 73:84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 85:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 91:106)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 107:119)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 120:133)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 134:139)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 140:166)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 167:182)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 183:228)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 229:233)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 234:241)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 242:246)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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