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万見
- PDB-5a5t: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a5t
タイトルStructure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex
要素
  • (EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT ...) x 7
  • UNCHARACTERIZED PROTEIN
キーワードHYDROLASE / EIF3 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3 / PREINITIATION COMPLEX / PCI/MPN CORE / EIF3G/I/B / EIF3D
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / protein deubiquitination / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of translation / PML body / fibrillar center / metallopeptidase activity / ribosome binding / cysteine-type deubiquitinase activity / postsynaptic density / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者des-Georges, A. / Dhote, V. / Kuhn, L. / Hellen, C.U.T. / Pestova, T.V. / Frank, J. / Hashem, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex.
著者: Amedee des Georges / Vidya Dhote / Lauriane Kuhn / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank / Yaser Hashem /
要旨: During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of ...During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of messenger RNA and scan along it to the initiation codon. Scanning on structured mRNAs also requires the DExH-box protein DHX29. Mammalian eIF3 contains 13 subunits and participates in nearly all steps of translation initiation. Eight subunits having PCI (proteasome, COP9 signalosome, eIF3) or MPN (Mpr1, Pad1, amino-terminal) domains constitute the structural core of eIF3, to which five peripheral subunits are flexibly linked. Here we present a cryo-electron microscopy structure of eIF3 in the context of the DHX29-bound 43S complex, showing the PCI/MPN core at ∼6 Å resolution. It reveals the organization of the individual subunits and their interactions with components of the 43S complex. We were able to build near-complete polyalanine-level models of the eIF3 PCI/MPN core and of two peripheral subunits. The implications for understanding mRNA ribosomal attachment and scanning are discussed.
履歴
登録2015年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans
改定 1.42018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3056
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT A
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT C
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT E
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT F
H: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT H
K: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT K
L: UNCHARACTERIZED PROTEIN
M: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,3978
ポリマ－527,3978
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT ... , 7種, 7分子 ACEFHKM

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT A / EIF3A / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 10 / EIF-3-THETA


分子量: 164902.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1SMZ5
#2: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT C / EIF3C / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 8 / EIF3 P110


分子量: 97923.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1U971
#3: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT E / EIF3E / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 6 / EIF-3 P48


分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1SUC8
#4: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT F / EIF3F / DEUBIQUITINATING ENZYME EIF3F / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 5 / EIF- ...EIF3F / DEUBIQUITINATING ENZYME EIF3F / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 5 / EIF-3-EPSILON / EIF3 P47


分子量: 37846.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: U3KNL5, ubiquitinyl hydrolase 1
#5: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT H / EIF3H / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 3 / EIF-3-GAMMA / EIF3 P40 SUBUNIT


分子量: 39952.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1ST95
#6: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT K / EIF3K / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT 12 / EIF-3 P25


分子量: 25129.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1T3L2
#8: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT M / EIF3M / FETAL LUNG PROTEIN B5 / HFL-B5 / PCI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1SLW8

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タンパク質 , 1種, 1分子 L

#7: タンパク質 UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量: 66804.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 細胞株: RETICULCYTES / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: G1SED9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EIF3 OCTAMER CORE OF RABBIT EIF3 / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/HE / 日付: 2013年11月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 30120 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: TEMPLATE MATCHING / 解像度: 6 Å / 粒子像の数: 87192 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.66 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3056. (DEPOSITION ID: 13501).
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25432 0 0 0 25432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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