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万見
- PDB-5a5f: CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a5f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH UMA AND ADP
要素UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE
キーワードLIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / ADP-FORMING ENZYME / CELL WALL / CELL SHAPE / CELL CYCLE / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP- BINDING / CELL DIVISION / LIGAND / CONFORMATION
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain ...UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / MALONATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sink, R. / Kotnik, M. / Zega, A. / Barreteau, H. / Gobec, S. / Blanot, D. / Dessen, A. / Contreras-Martel, C.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Crystallographic Study of Peptidoglycan Biosynthesis Enzyme MurD: Domain Movement Revisited.
著者: Sink, R. / Kotnik, M. / Zega, A. / Barreteau, H. / Gobec, S. / Blanot, D. / Dessen, A. / Contreras-Martel, C.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3585
ポリマ－46,9761
非ポリマー1,3824
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.440, 89.840, 108.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE / D-GLUTAMIC ACID-ADDING ENZYME / UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANY L-D-GLUTAMATE SYNTHETASE / MURD LIGASE


分子量: 46976.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase
#2: 化合物 ChemComp-UMA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-アセチルムラモイル-L-アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 750.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H36N4O20P2
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: 4 MG/ML PROTEIN, 1 MM UMA, 5 MM AMP-PNP, 1 MM NAN3, 1 MM DTT, 20 MM HEPES, PH 7.4, 1.8 M NA-MALONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.46 Å / Num. obs: 51890 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 37.009 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.75
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UAG

3uag


解像度: 1.9→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.549 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23227 2561 5 %RANDOM
Rwork0.19809 ---
obs0.19982 48594 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 90 269 3613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4922.0014686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0275444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.13324.545143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90615560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1151521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.971.8331744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6222.7342179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0872.1471695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 174 -
Rwork0.411 3479 -
obs--97.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.34630.3906-1.16743.3946-1.21572.46790.06780.66540.2185-0.42390.04470.22560.0538-0.3296-0.11250.12240.0238-0.01970.27070.08220.08358.329475.8096-22.2046
22.00930.222-0.44161.4647-0.82163.4677-0.01620.0614-0.0693-0.01490.02780.12390.1157-0.1351-0.01160.0095-0.00820.00850.00940.00050.08671.516163.90834.4001
33.1661-0.1887-0.0194.0611.59123.1722-0.033-0.16990.1640.11410.0356-0.0625-0.0618-0.0264-0.00270.1017-0.03060.0040.0517-0.05240.09527.399786.210219.998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 295
3X-RAY DIFFRACTION3A304 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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