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- PDB-5a40: Crystal structure of a dual topology fluoride ion channel. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a40
タイトルCrystal structure of a dual topology fluoride ion channel.
要素
  • MONOBODIES
  • PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / FLUORIDE ION CHANNEL / MONOBODY / BPE
機能・相同性
機能・相同性情報


fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fluoride-specific ion channel FluC
類似検索 - 構成要素
生物種BORDETELLA PERTUSSIS (百日咳菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Stockbridge, R.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of a Double-Barrelled Fluoride Ion Channel.
著者: Stockbridge, R.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C. / Newstead, S.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
B: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
C: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
D: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
E: MONOBODIES
F: MONOBODIES
G: MONOBODIES
H: MONOBODIES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,11012
ポリマ－93,3078
非ポリマー8024
水00
1
A: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
B: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
E: MONOBODIES
F: MONOBODIES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0556
ポリマ－46,6544
非ポリマー4012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-114.5 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
2
C: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
D: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
G: MONOBODIES
H: MONOBODIES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0556
ポリマ－46,6544
非ポリマー4012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-113.5 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.790, 183.700, 72.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.2815, -0.8482, 0.4486), (-0.8465, -0.0006, -0.5324), (0.4519, -0.5296, -0.7179)-64.4082, -10.9005, 82.1158
2given(-0.666, 0.6054, -0.4359), (0.6725, 0.2343, -0.702), (-0.3229, -0.7606, -0.5632)-27.0909, 108.1341, 18.6829
3given(-0.5395, -0.7072, 0.457), (0.7302, -0.1228, 0.6721), (-0.4192, 0.6963, 0.5826)-140.1327, 0.7142, -0.5841
4given(-0.3296, -0.8325, 0.4454), (-0.832, 0.0331, -0.5538), (0.4463, -0.5531, -0.7035)-66.2546, -8.5229, 81.0081
5given(-0.647, 0.6366, -0.4196), (0.6744, 0.221, -0.7045), (-0.3558, -0.7388, -0.5723)-25.793, 108.345, 17.3975
6given(-0.5358, -0.7186, 0.4433), (0.7119, -0.1022, 0.6948), (-0.454, 0.6878, 0.5664)-139.6532, -1.0118, -2.8714

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB / FLUORIDE CHANNEL


分子量: 13291.635 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BORDETELLA PERTUSSIS (百日咳菌) / 株: TOHAMA 1 / プラスミド: PASK-IBA2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7VYU0
#2: タンパク質
MONOBODIES


分子量: 10035.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHFT2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 36-41% PEG 550 MME, 0.2M MGCL, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.006
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→48 Å / Num. obs: 23518 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 83.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.6→114.708 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.847 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 25.286 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.73 / ESU R Free: 0.56 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2697 1134 5.14 %RANDOM
Rwork0.2348 ---
obs0.236 22219 94.188 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 78.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.282 Å20 Å20 Å2
2---0.415 Å20 Å2
3---0.697 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→114.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 4 0 6488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.026696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.9449212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.125314471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6975856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19721.714210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.34315923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7411524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3290.280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.23343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9617.7343433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.967.7333432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.54611.5824280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5338.1383263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.90312.0784930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 40 -
Rwork0.279 653 -
obs--40.693 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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