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- PDB-5a3q: Crystal structure of the (SR) Calcium ATPase E2-vanadate complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3q
タイトルCrystal structure of the (SR) Calcium ATPase E2-vanadate complex bound to thapsigargin and TNP-AMPPCP
要素SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
キーワードHYDROLASE / SARCO(ENDO)PLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE / VANADATE / P-TYPE ATPASE / SERCA / TRINITROPHENYL-NUCLEOTIDE ANALOGES / CALCIUM TRANSPORT / INHIBITION / TRANSITION STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DL5 / : / Chem-TG1 / oxido(dioxo)vanadium / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Clausen, J.D. / Bublitz, M. / Arnou, B. / Olesen, C. / Andersen, J.P. / Moller, J.V. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Vanadate-Inhibited Ca(2+)-ATPase.
著者: Clausen, J.D. / Bublitz, M. / Arnou, B. / Olesen, C. / Andersen, J.P. / Clausen, J.D. / Bublitz, M. / Arnou, B. / Olesen, C. / Andersen, J.P. / Moller, J.V. / Nissen, P.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2188
ポリマ－109,6291
非ポリマー1,5897
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.427, 118.781, 141.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 / SERCA1 / SR CA(2+)-ATPASE 1 / CALCIUM PUMP 1 / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE SARCOPLASMIC RETICULUM ...SERCA1 / SR CA(2+)-ATPASE 1 / CALCIUM PUMP 1 / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE SARCOPLASMIC RETICULUM TYPE / FAST TWITCH SKELETAL MUSCLE ISOFORM / ENDOPLASMIC RETICULUM CLASS 1/2 CA(2+) ATPASE / SARCOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1


分子量: 109628.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 器官: HIND LEG / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8

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非ポリマー , 7種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-TG1 / OCTANOIC ACID [3S-[3ALPHA, 3ABETA, 4ALPHA, 6BETA, 6ABETA, 7BETA, 8ALPHA(Z), 9BALPHA]]-6-(ACETYLOXY)-2,3,-3A,4,5,6,6A,7,8,9B-DECAHYDRO-3,3A-DIHYDROXY-3,6,9-TRIMETHYL-8-[(2-METHYL-1-OXO-2-BUTENYL)OX Y]-2-OXO-4-(1-OXOBUTOXY)-AZULENO[4,5-B]FURAN-7-YL ESTER / THAPSIGARGIN / タプシガルギン


分子量: 650.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O12 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-VN4 / oxido(dioxo)vanadium


分子量: 98.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO3
#4: 化合物 ChemComp-DL5 / Spiro(2,4,6-trinitrobenzene[1,2a]-O2',O3'-methylene-adenosine (beta,gamma-methylene)triphosphate / TNP-AMPPCP


分子量: 716.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N8O18P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE BY THE RESIDUES 994-1001 IN WHICH ...THE SEQUENCE OF THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE BY THE RESIDUES 994-1001 IN WHICH DPEDERRK IS REPLACED BY G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 19.5% (W/V) PEG2000-MME, 11% (V/V) GLYCEROL, 100 MM MGCL2, 3% (V/V) T-BUTANOL. THE CRYSTALLIZATION DROP WAS EQUILIBRATED AT 19 DEGREES C, AND THE CRYSTAL WAS FLASH FROZEN 13 DAYS AFTER SET-UP., pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→141.8 Å / Num. obs: 28547 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 82.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.05→3.24 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XP5

1xp5


解像度: 3.05→73.803 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1448 5.1 %
Rwork0.1998 --
obs0.2027 28497 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→73.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7667 0 100 8 7775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79710755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9914771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0501-3.15910.31221490.26882636X-RAY DIFFRACTION100
3.1591-3.28560.37251460.26732675X-RAY DIFFRACTION100
3.2856-3.43510.3141540.23472635X-RAY DIFFRACTION100
3.4351-3.61620.28891450.21352698X-RAY DIFFRACTION100
3.6162-3.84280.26151550.18582652X-RAY DIFFRACTION100
3.8428-4.13950.2321450.18012682X-RAY DIFFRACTION100
4.1395-4.5560.2051330.15612716X-RAY DIFFRACTION100
4.556-5.21510.21851470.16062703X-RAY DIFFRACTION100
5.2151-6.56990.26981490.22022746X-RAY DIFFRACTION100
6.5699-73.8250.26151250.21342906X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.78251.47534.4354.12670.93652.9231-0.2282-0.9738-0.409-0.4712-0.19510.50570.33060.9890.37511.98150.49620.55351.45020.33691.165420.153718.6877-69.6251
22.18090.33620.72751.63472.69474.16770.24870.4501-0.2335-1.0631-0.13530.1311-0.4149-0.5489-0.02911.95520.0245-0.03091.22630.30690.90317.68525.4369-69.7228
31.1590.0831.94660.4112-0.91994.77650.03640.80050.2435-1.3133-0.1097-0.0524-1.3616-0.25910.13212.56940.42620.17841.38920.32770.980710.05341.5484-67.985
43.2244-1.062-0.13936.41010.44664.29890.00680.0548-0.09470.03840.1306-0.26170.4459-0.0614-0.11290.32690.02250.00970.40520.00940.558123.1079-7.1323-19.6682
53.72641.34280.23898.4111-3.30511.58760.3642.64520.5954-2.5650.0151-1.1116-0.54321.62030.01461.12830.1460.28991.05380.10330.820826.6276.0448-38.2842
67.8576-8.67873.63899.6241-4.05671.7060.7010.94680.0039-1.1082-1.38650.27710.1064-0.28780.72161.08430.0065-0.03940.91910.14820.946313.539912.3199-41.6719
73.32390.8277-0.48576.4114-0.65077.271-0.07770.29260.431-0.51380.14840.0241-0.5124-0.3602-0.07960.33560.07220.030.3990.07230.498111.744521.3079-26.2971
82.8858-0.0595-0.67323.3049-1.37676.628-0.0092-0.24040.26420.5529-0.0687-0.2917-0.33030.54960.04160.46160.0326-0.14790.488-0.08390.695529.690419.3484.4954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 48:111)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 248:329 OR RESID 997)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 741:994 OR RESID 1000)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 1:41 OR RESID 123:237)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 42:47 OR RESID 112:122)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 238:247)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 330:358 OR RESID 604:740 OR RESID 995:996)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 359:603)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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