PDB-5a3i: Crystal Structure of a Complex formed between FLD194 Fab and Tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a3i

タイトル

Crystal Structure of a Complex formed between FLD194 Fab and Transmissible Mutant H5 Haemagglutinin

要素

(ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB ...) x 2
(HEMAGGLUTININ) x 3

キーワード

VIRAL PROTEIN / HAEMAGGLUTININ / NEUTRALIZING ANTIBODY / BIRD FLU / H5N1 / INFLUENZA VIRUS / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Xiong, X. / Corti, D. / Liu, J. / Pinna, D. / Foglierini, M. / Calder, L.J. / Martin, S.R. / Lin, Y.P. / Walker, P.A. / Collins, P.J. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structures of Complexes Formed by H5 Influenza Hemagglutinin with a Potent Broadly Neutralizing Human Monoclonal Antibody.
著者: Xiong, X. / Corti, D. / Liu, J. / Pinna, D. / Foglierini, M. / Calder, L.J. / Martin, S.R. / Lin, Y.P. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Monne, I. / Suguitan, A.L.J. / Santos, C. / Temperton, ...

履歴

登録	2015年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月9日	Group: Source and taxonomy
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a3i.cif.gz	738.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a3i.ent.gz	614.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a3i_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a3i_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5a3i_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	5a3i_validation.cif.gz	81.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ztnS 4bh2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nud-d 3u3x-d 7lop-1 5wyh-d 22297 5w6g-d 4zgl-d 8156 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (7)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HEMAGGLUTININ

B: HEMAGGLUTININ

C: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB HEAVY CHAIN

D: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB LIGHT CHAIN

E: HEMAGGLUTININ

F: HEMAGGLUTININ

G: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB HEAVY CHAIN

H: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

211 kDa, 8 ポリマー
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1

A: HEMAGGLUTININ

B: HEMAGGLUTININ

C: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB HEAVY CHAIN

D: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
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2

E: HEMAGGLUTININ

F: HEMAGGLUTININ

G: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB HEAVY CHAIN

H: ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.750, 87.700, 100.900
Angle α, β, γ (deg.)	78.67, 84.66, 73.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 3種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質	HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA1 分子量: 37176.121 Da / 分子数: 2 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/VIETNAM/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) Variant: TRANSMISSIBLE MUTANT / プラスミド: PACGP67A 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A5A5M5, UniProt: Q6DQ33*PLUS
#2: タンパク質	HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA1 分子量: 19097.990 Da / 分子数: 1 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/VIETNAM/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) Variant: TRANSMISSIBLE MUTANT / プラスミド: PACGP67A 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A5A5M5, UniProt: A8UDR1*PLUS
#5: タンパク質	HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA1 分子量: 19069.977 Da / 分子数: 1 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/VIETNAM/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) Variant: TRANSMISSIBLE MUTANT / プラスミド: PACGP67A 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A5A5M5, UniProt: A8UDR1*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 CGDH

#3: 抗体	ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24630.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 抗体	ANTI-HAEMAGGLUTININ HA1 FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23830.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#6: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 10% PEG 4000, 16% ISOPROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→83.33 Å / Num. obs: 57328 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.89→2.99 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 78.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4BH2, 3ZTN

4bh2

3ztn

解像度: 2.89→83.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 43.841 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27689	2901	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24381	-	-	-
obs	0.24547	54427	91.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.583 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	-0.46 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0.31 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→83.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14491	0	70	0	14561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	14931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.845	1.954	20291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.652	3.003	31731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.714	5	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.69	24.863	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.97	15	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.916	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.021	17001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.191	1.583	7456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.191	1.583	7455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.363	2.372	9306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.207	1.612	7475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.89→2.965 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	174	-
R_work	0.357	3303	-
obs	-	-	74.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8209	0.8144	-0.0862	3.548	-2.6865	2.8052	0.1153	-0.2171	0.058	0.7632	-0.2308	-0.3185	-0.5293	0.1019	0.1154	0.3045	-0.0633	-0.0155	0.273	-0.1005	0.3798	-9.2103	-63.4213	-61.0243
2	2.6194	0.4188	-0.0475	9.0649	-3.5661	5.2482	0.0158	-0.0074	0.0267	0.0945	0.2314	1.2174	-0.0223	-0.7439	-0.2472	0.2694	-0.0229	-0.0878	0.3179	-0.1286	0.4713	-11.1687	-39.9471	-85.3186
3	8.8312	-3.0754	13.8591	2.9201	-2.0981	25.7807	-0.9723	0.9492	0.4556	0.6507	-0.8493	0.6436	-0.9839	0.8132	1.8216	1.1453	0.0258	0.115	0.7176	-0.1625	1.1805	-14.2001	-23.7481	-78.2518
4	4.6875	2.1496	0.54	7.9543	-2.3418	8.207	-0.0945	0.2199	0.3398	-0.122	-0.3989	0.3453	-0.8297	-0.4986	0.4934	0.412	0.2811	-0.0732	0.3339	-0.0965	0.676	-14.6827	-24.9866	-89.8438
5	1.964	-0.1786	-0.7767	4.7327	-0.0739	4.8781	0.233	0.4335	0.0531	-0.6088	0.0461	1.1134	-0.2828	-1.2465	-0.2791	0.4555	-0.0146	-0.158	0.4794	-0.0076	0.6914	-18.8098	-34.6036	-94.0394
6	0.5703	3.0576	-2.1285	22.5466	-16.1713	11.6393	0.1702	-0.4883	0.0055	-0.0009	0.369	0.5119	0.188	-0.4679	-0.5392	1.7319	-0.2849	-0.2561	2.0613	-0.054	1.5596	-31.8265	-30.3171	-80.5418
7	4.5649	-1.1583	0.1918	5.1403	-1.8145	4.235	-0.1137	0.1786	-0.1789	-0.2323	0.3392	0.6973	-0.1988	-0.4882	-0.2255	0.2617	-0.0372	-0.1299	0.1999	-0.0896	0.4722	-11.6542	-40.1658	-90.97
8	3.1729	3.409	-1.0121	10.6686	-3.8899	1.5604	0.1488	-0.2898	0.2495	0.6349	-0.2037	0.1035	-0.2336	0.111	0.0549	0.2971	-0.1074	-0.0243	0.2635	-0.1022	0.2147	-9.894	-66.3077	-62.1459
9	0.7639	-1.6315	0.5041	3.5398	-1.0895	0.3363	0.0787	0.1054	0.0397	-0.3307	-0.1199	-0.0696	0.0956	0.0503	0.0412	0.6379	-0.0303	0.0132	0.7482	-0.0459	0.6294	-17.3307	-100.8965	-48.4637
10	3.4556	-0.1468	1.367	3.315	0.5544	10.6754	0.0352	-0.0082	-0.1371	0.1307	-0.3416	-1.2365	0.1732	0.6868	0.3063	0.4883	-0.1362	-0.1668	0.4814	0.1706	0.8392	-0.9604	-99.8507	-44.0992
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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