PDB-5a3d: Structural insights into the recognition of cisplatin and AAF-dG ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a3d

タイトル

Structural insights into the recognition of cisplatin and AAF-dG lesions by Rad14 (XPA)

要素

5'-D(*DG 5IUP*GP*A 5IUP*GP*AP*CP*G 5IUP*AP*GP*AP*DGP*AP)-3'
5'-D(*DTP*CP*TP*CP*TP*AP*C 8FGP*TP*CP*AP*TP*CP*DAP*CP)-3'
DNA REPAIR PROTEIN RAD14

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / XPA / RAD14 / NER / AAF-DG / CISPLATIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kuper, J. / Koch, S.C. / Gasteiger, K.L. / Wichlein, N. / Schneider, S. / Kisker, C. / Carell, T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into the Recognition of Cisplatin and Aaf-Dg Lesion by Rad14 (Xpa).
著者: Koch, S.C. / Kuper, J. / Gasteiger, K.L. / Simon, N. / Strasser, R. / Eisen, D. / Geiger, S. / Schneider, S. / Kisker, C. / Carell, T.

履歴

登録	2015年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a3d.cif.gz	166 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a3d.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リシン (Ricin)
類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA REPAIR PROTEIN RAD14

B: DNA REPAIR PROTEIN RAD14

C: 5'-D(*DTP*CP*TP*CP*TP*AP*C 8FGP*TP*CP*AP*TP*CP*DAP*CP)-3'

D: 5'-D(*DG 5IUP*GP*A 5IUP*GP*AP*CP*G 5IUP*AP*GP*AP*DGP*AP)-3'

ヘテロ分子

37.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.727, 53.727, 130.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.003171, -1, 0.001543), (-1, -0.003171, -3.4E-5), (3.9E-5, -0.001543, -1)
ベクター: 26.8, 26.88, 65.41)

#1: タンパク質	DNA REPAIR PROTEIN RAD14 / RAD14 分子量: 13673.528 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PPSG-IBA3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28519
#2: DNA鎖	5'-D(DTPCPTPCPTPAPC 8FGPTPCPAPTPCPDAPCP)-3' 分子量: 4701.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖	5'-D(DG 5IUPGPA 5IUPGPAPCPG 5IUPAPGPAPDGPAP)-3' 分子量: 5033.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SYNTHESIZED DNA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.72 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.18 M AMMONIUM NITRATE AND 40% 2-METHYL- 1,3,-PROPANEDIOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→65.3 Å / Num. obs: 34232 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→53.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.424 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24076	1701	5 %	RANDOM
R_work	0.20956	-	-	-
obs	0.21109	32435	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	618	2	43	2538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.016	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.154	1.645	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.734	3.013	5759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.515	25	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.742	15	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.482	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.463	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.652	2.688	914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.653	2.686	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.683	4.019	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.651	2.336	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	121	-
R_work	0.312	2400	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3851	2.3046	0.645	3.937	0.9488	0.6633	-0.1347	0.1488	-0.3155	-0.2908	0.2959	-0.4324	0.1049	0.2034	-0.1612	0.3128	0.0358	-0.053	0.3419	-0.0493	0.3637	27.1895	0.4765	34.3558
2	3.3072	2.628	0.6958	2.8127	1.3592	1.0712	0.0758	-0.248	-0.5929	0.1765	0.0082	-0.4414	0.2457	0.1715	-0.084	0.3562	0.0413	-0.0555	0.3612	0.0041	0.3595	26.7337	0.0654	31.5063
3	3.2222	1.1409	2.8301	2.7389	4.4861	11.5368	0.2915	-0.0355	0.1089	0.1058	-0.2294	0.1866	-0.0458	-0.8334	-0.0621	0.078	0.0266	0.0236	0.1449	-0.0154	0.1036	24.1047	21.9281	64.7377
4	0.3263	0.3689	-0.5747	4.8278	5.0103	9.661	0.1664	0.0719	0.0014	0.3395	0.3191	-0.3106	0.1939	0.2304	-0.4856	0.1432	0.0393	-0.0498	0.0964	-0.0277	0.0962	32.5367	16.6595	59.1544
5	4.086	1.3693	0.2495	8.0687	2.519	3.7482	0.1673	0.2296	-0.2976	0.3114	-0.2449	0.0414	0.2943	-0.2231	0.0775	0.0501	-0.0216	-0.0188	0.0594	-0.0265	0.0399	26.541	8.9884	47.1371
6	1.2828	0.6427	-0.1486	4.2933	-3.373	6.7577	0.0848	0.1181	-0.0111	0.0783	-0.0952	-0.2319	0.2139	-0.1403	0.0104	0.0382	0.0022	-0.0369	0.0506	-0.0052	0.0596	29.5175	13.2366	47.5326
7	15.1775	-12.6132	-20.8685	10.5813	17.396	28.7446	0.7099	-1.652	0.7212	-1.2576	0.7768	-0.6514	-1.7524	2.2371	-1.4867	1.4258	0.3383	-0.1032	0.7566	-0.0357	1.2796	42.5919	-6.3374	43.4016
8	4.3606	1.4272	4.3828	4.5899	3.7402	13.1657	-0.1523	0.1166	0.2118	-0.1149	0.2261	0.0539	-0.8303	-0.0799	-0.0738	0.1252	-0.0045	-0.0208	0.0444	0.0101	0.0757	4.9715	2.7508	0.6526
9	4.8395	-0.154	5.182	0.1792	-1.1051	11.3262	0.3338	0.246	-0.3213	0.0254	0.0547	-0.0095	0.277	0.1525	-0.3884	0.1035	0.0334	-0.0388	0.1005	-0.0682	0.1168	10.1735	-5.6647	6.2459
10	7.6345	-0.3736	1.8365	3.129	0.0601	2.1623	-0.1354	0.2903	0.1117	0.0999	0.0636	-0.3118	-0.1506	0.2589	0.0718	0.1394	-0.0297	-0.0222	0.1178	-0.0354	0.1134	17.8693	0.3698	18.2116
11	4.6259	0.9091	-3.9358	2.0298	-0.302	7.4289	-0.0497	-0.0205	-0.1944	0.0809	0.0267	-0.061	-0.0681	0.2719	0.023	0.0946	0.0013	-0.0315	0.0955	-0.0415	0.1382	13.6416	-2.6827	17.9531
12	6.0364	-5.1428	3.0321	14.2743	-6.4283	7.6767	-0.1788	0.4859	-0.935	-0.0668	-0.1483	-0.589	1.0874	1.0001	0.3271	0.2783	0.1359	0.1016	0.4697	-0.1471	0.5959	32.3207	-10.7892	16.0367
13	2.4616	0.8975	0.9118	0.3394	0.3295	0.3579	0.2037	0.0664	-0.4714	0.0531	0.004	-0.2318	0.1384	0.091	-0.2078	0.3877	0.0404	-0.0334	0.3926	-0.0857	0.4705	26.9211	-0.9358	30.9112
14	0.1987	0.0686	0.3979	0.0911	0.1357	0.8082	0.1532	0.0999	-0.1169	-0.0322	0.0635	-0.2328	0.2978	0.2677	-0.2167	0.5441	-0.0088	0.0442	0.4815	-0.0665	0.6578	27.7132	0.2176	34.3464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	1 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	124 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	143 - 166
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	167 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	206 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	101 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	124 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	143 - 166
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	167 - 191
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	192 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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