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- PDB-5a3a: Crystal structure of the ADP-ribosylating sirtuin (SirTM) from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3a
タイトルCrystal structure of the ADP-ribosylating sirtuin (SirTM) from Streptococcus pyogenes (Apo form)
要素SIR2 FAMILY PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / P-RIBOSYLTRANSFERASE / METALLOPROTEIN / NAD-DEPENDENT / LIPOYLATION / REGULATORY ENZYME / ROSSMANN FOLD / ZINC BINDING / ROS DEFENSE
機能・相同性Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / GLYCINE / SIR2 family protein
機能・相同性情報
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Rack, J.G.M. / Morra, R. / Barkauskaite, E. / Kraehenbuehl, R. / Ariza, A. / Qu, Y. / Ortmayer, M. / Leidecker, O. / Cameron, D.R. / Matic, I. ...Rack, J.G.M. / Morra, R. / Barkauskaite, E. / Kraehenbuehl, R. / Ariza, A. / Qu, Y. / Ortmayer, M. / Leidecker, O. / Cameron, D.R. / Matic, I. / Peleg, A.Y. / Leys, D. / Traven, A. / Ahel, I.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Identification of a Class of Protein Adp-Ribosylating Sirtuins in Microbial Pathogens.
著者: Rack, J.G. / Morra, R. / Barkauskaite, E. / Kraehenbuehl, R. / Ariza, A. / Qu, Y. / Ortmayer, M. / Leidecker, O. / Cameron, D.R. / Matic, I. / Peleg, A.Y. / Leys, D. / Traven, A. / Ahel, I.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIR2 FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,03214
ポリマ－35,1571
非ポリマー87513
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.160, 41.510, 51.230
Angle α, β, γ (deg.)99.87, 94.63, 90.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 SIR2 FAMILY PROTEIN / ADP-RIBOSYLATING SIRTUIN / SIRTM


分子量: 35156.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: MANFREDO / Variant: SEROTYPE M5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q1JGN6, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL RESIDUES (MGHHHHHHGG) ARE A CLONED HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
解説: SAD DATA NOT DEPOSITED. SAD STRUCTURE WAS USED TO SUBSEQUENTLY SOLVE NATIVE STRUCTURES VIA MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M AMINO ACIDS, 0.1 M BUFFER SYSTEM 1 (PH 6.5), 30.00% (V/V) EDO_P8K (THESE ARE COMPONENTS OF THE MORPHEUS SCREEN FROM MOLECULAR DIMENSIONS)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月7日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE BOUNCE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→34.81 Å / Num. obs: 36095 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.54→34.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.703 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19998 1808 5 %RANDOM
Rwork0.14956 ---
obs0.15205 34287 88.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.39 Å2-0.57 Å2
2--0.95 Å2-0.04 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→34.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 54 286 2685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9383456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78635506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1835313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58124.815135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76515429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2791510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5931.6331192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5061.5881176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3072.4131486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2651.9351357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5952.7811957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 125 -
Rwork0.251 2371 -
obs--82.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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