+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a2u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of BBA68 or BbCRASP-1 from Borrelia burgdorferi strain B31 | ||||||
要素 | COMPLEMENT REGULATOR ACQUIRING PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / LYME DISEASE / LIPOPROTEIN / OUTER SURFACE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Bbcrasp-1 / Bbcrasp-1 / Borrelia lipoprotein paralogus family 54/60 / Borrelia Bbcrasp-1 domain containing protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1) / Complement regulator acquiring protein 1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Brangulis, K. / Bertulis, E. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Bba68 or Bbcrasp-1 from Borrelia Burgdorferi Strain B31 著者: Brangulis, K. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a2u.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5a2u.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a2u_validation.pdf.gz | 435.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5a2u_full_validation.pdf.gz | 444.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a2u_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a2u_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a2u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1w33S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22575.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 65-251 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア) 株: B31 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q66ZA0, UniProt: O50957*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8 / 詳細: 10% PEG 10 000 0.1M TRIS PH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.0688 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: RH-COATED TOROIDAL SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0688 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→56.33 Å / Num. obs: 9488 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1W33 解像度: 3.3→50.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 22.749 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 101.414 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→50.45 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|