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- PDB-3brj: Crystal structure of mannitol operon repressor (MtlR) from Vibrio... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3brj | ||||||
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Title | Crystal structure of mannitol operon repressor (MtlR) from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 | ||||||
![]() | Mannitol operon repressor | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / APC85967.1 / mannitol operon repressor / MtlR / Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Mannitol repressor MtlR-like / MtlR-like superfamily / Mannitol repressor / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Mannitol operon repressor![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The mannitol operon repressor MtlR belongs to a new class of transcription regulators in bacteria. Authors: Tan, K. / Clancy, S. / Borovilos, M. / Zhou, M. / Horer, S. / Moy, S. / Volkart, L.L. / Sassoon, J. / Baumann, U. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 136.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 115 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 480.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 510.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19838.082 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Species: Vibrio parahaemolyticus / Strain: RIMD 2210633 / Serotype O3:K6 / Gene: VP0368 / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.2M tri-Ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2007 / Details: Mirrors | |||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.75→48.56 Å / Num. all: 23045 / Num. obs: 23045 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.5 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.83 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1732 / % possible all: 91.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.545 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→48.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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