PDB-5a2n: Crystal structure of the nitrate transporter NRT1.1 from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a2n

タイトル

Crystal structure of the nitrate transporter NRT1.1 from Arabidopsis thaliana.

要素

PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORTER / NITRATE / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY / POT FAMILY / NRT1/PTR FAMILY / NPF FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

basipetal auxin transport / nitrate transmembrane transporter activity / nitrate transmembrane transport / photoperiodism, flowering / response to nitrate / lateral root development / oligopeptide transport / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / symporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Parker, J.L. / Newstead, S.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Molecular Basis of Nitrate Uptake by the Plant Nitrate Transporter Nrt1.1.
著者: Parker, J.L. / Newstead, S.

履歴

登録	2015年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2015年6月17日	ID: 4CL4
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a2n.cif.gz	365.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a2n.ent.gz	304.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a2n_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a2n_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	5a2n_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	5a2n_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a2oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a2o-d 3lcb-1 2ykx-d 4oh3-d 6fom-d 2yky-d 6nyb-d 6fok-d 1mzo-d 1h16-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3

B: PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.800, 124.030, 153.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9954, -0.04337, -0.08534), (-0.03695, -0.6483, 0.7605), (-0.08831, 0.7601, 0.6437)
ベクター: 188.4, 1.895, 8.923)

#1: タンパク質	PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3 / ATNPF6.3 / NITRATE TRANSPORTER 1.1 / ATNRT1 / NITRATE/CHLORATE TRANSPORTER / PROTEIN CHLORINA 1 / NRT1.1 分子量: 64983.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 解説: TAIR ABRC STOCKS / プラスミド: MODIFED PDDGFP2 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q05085

#1: タンパク質

PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3 / ATNPF6.3 / NITRATE TRANSPORTER 1.1 / ATNRT1 / NITRATE/CHLORATE TRANSPORTER / PROTEIN CHLORINA 1 / NRT1.1

分子量: 64983.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
解説: TAIR ABRC STOCKS / プラスミド: MODIFED PDDGFP2 / 発現宿主:

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q05085

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 22 % PEG 400, 0.05 M SODIUM CITRATE PH 4.5, 0.07 M SODIUM CHLORIDE AND 1.5 % PEG 600 USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 4 CELSIUS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→29.57 Å / Num. obs: 21870 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 89.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 3.7→3.76 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELX	SHARP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.7→27.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.6491 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.6767 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.676

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3101	1105	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2775	-	-	-
obs	0.2792	21857	86.26 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5632 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8867 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6765 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.063 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→27.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7308	0	0	0	7308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	7634	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.26	10504	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2510	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		100	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1126	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7634	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.6
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	25.36
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		998	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9300	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.7→3.88 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2665	55	4.41 %
R_work	0.2595	1192	-
all	0.2598	1247	-
obs	-	-	86.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0377	1.4915	0.7225	7.3263	-3.2765	3.4988	-0.0036	-0.5416	-0.4852	0.9198	-0.4914	-0.1325	0.7729	-0.2278	0.495	-0.9666	-0.436	0.6066	-0.3779	0.0855	-0.6696	87.9849	16.6764	69.8096
2	0	1.1933	-0.3179	3.0027	-1.5617	0.7057	-0.0453	-0.241	-0.9171	0.1927	-0.2432	-0.3419	0.7202	-0.6569	0.2885	0.3364	-0.3	0.3801	-0.5584	0.2046	-0.0926	85.8239	-5.6895	74.1864
3	0.2066	5.283	-3.6405	8.7142	-3.9665	4.2712	-0.0731	0.0213	0.1732	-0.5911	-1.0239	-1.0382	-0.7038	0.8838	1.0969	-0.803	-0.3597	-0.0929	-0.3928	-0.0984	-0.6762	95.6976	38.738	56.0828
4	0.2601	1.0226	-2.3217	5.3653	-1.8871	0.1153	0.0268	0.1177	0.6326	0.0934	-0.0833	-0.7183	-0.3502	0.4713	0.0564	0.3235	-0.4646	-0.1395	-0.5911	0.5414	-0.6413	96.9304	58.8247	44.7897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|21 - A\|269 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|326 - A\|573 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|21 - B\|229 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|326 - B\|573 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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