PDB-5a0t: Catalysis and 5' end sensing by ribonuclease RNase J of the metal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a0t

タイトル

Catalysis and 5' end sensing by ribonuclease RNase J of the metallo- beta-lactamase family

要素

5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'
RIBONUCLEASE J

キーワード

HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RIBONUCLEASE / RNASE J / ENDONUCLEASE / EXONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR A3

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.283 Å

データ登録者

Pei, X.Y. / Bralley, P. / Jones, G.H. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Linkage of Catalysis and 5' End Recognition in Ribonuclease Rnase J
著者: Pei, X.Y. / Bralley, P. / Jones, G.H. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2015年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a0t.cif.gz	387 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a0t.ent.gz	315.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a0t_validation.pdf.gz	483.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a0t_full_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示
XML形式データ	5a0t_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	5a0t_validation.cif.gz	61.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a0vC 3bk1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5a0v-1 5a0v-2 1o23-1 2vek-d 1nqi-2 6xsj-1 1nwg-1 3mje-2 6k6w-2 1nf5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE J

B: RIBONUCLEASE J

E: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'

F: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RIBONUCLEASE J

E: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RIBONUCLEASE J

F: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.187, 186.187, 113.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2024- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, -0.01394, 0.002726), (-0.001394, 0.2872, 0.9579), (-0.01414, 0.9578, -0.2872)
ベクター: 121.8, -27.14, 37.41)

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE J 分子量: 61146.090 Da / 分子数: 2 断片: BETA-LACTMASE DOMAIN AND BETA-CASP DOMAIN, RESIDUES 1-561 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2) (バクテリア) プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: O86842
#2: RNA鎖	5'-R(CPGPCPCPUP)-3' 分子量: 1827.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI* (大腸菌) / Variant: ROSETTA2 PLYSS / 株: BL21(DE3)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.74 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: THE BEST CRYSTALS OF S. COELICOLOR RNASE J WERE OBTAINED IN THE 27.5% W/V PEG 400, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 BY MIXING A 1:2 VOLUME RATIO OF CRYSTALLIZATION RESERVOIR TO PROTEIN SOLUTION.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.2824
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→35 Å / Num. obs: 88741 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.28→2.3 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 3BK1

3bk1

解像度: 2.283→29.34 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1769	8404	5 %
R_work	0.1446	-	-
obs	0.1463	88509	96.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.283→29.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6950	216	18	558	7742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.206	10019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.812	2759
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2826-2.3085	0.3123	190	0.2706	3448	X-RAY DIFFRACTION	63
2.3085-2.3357	0.3237	232	0.2607	4622	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3357-2.3642	0.2632	262	0.2488	4852	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3642-2.3941	0.2989	243	0.2387	5052	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3941-2.4256	0.248	262	0.2329	5222	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4256-2.4588	0.2127	272	0.2124	5397	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4588-2.4939	0.2294	281	0.2024	5417	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4939-2.5311	0.2174	264	0.181	5476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5311-2.5706	0.2342	273	0.1716	5493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5706-2.6127	0.2367	281	0.1657	5466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6127-2.6578	0.1903	318	0.1649	5461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6578-2.7061	0.2173	316	0.1707	5454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7061-2.7581	0.2293	261	0.1758	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7581-2.8143	0.2129	265	0.1759	5447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8143-2.8755	0.1849	290	0.1571	5461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8755-2.9423	0.2033	299	0.1563	5422	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9423-3.0158	0.2068	276	0.1545	5504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0158-3.0973	0.1936	296	0.1625	5454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0973-3.1883	0.2122	287	0.1705	5498	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1883-3.2911	0.184	251	0.1594	5500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2911-3.4085	0.1734	248	0.1592	5531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4085-3.5448	0.2062	327	0.1492	5356	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5448-3.7058	0.1835	312	0.144	5429	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7058-3.9008	0.1558	301	0.1283	5428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9008-4.1445	0.1351	277	0.1126	5458	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1445-4.4635	0.1257	356	0.1033	5354	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4635-4.9108	0.1254	259	0.0998	5436	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9108-5.6171	0.158	297	0.108	5434	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6171-7.0606	0.1695	340	0.1294	5397	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0606-29.3426	0.1797	268	0.1586	5421	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5496	-0.205	0.1542	0.9115	-0.3326	1.8589	-0.023	0.1333	-0.0826	-0.1144	-0.0016	0.0201	0.1469	-0.1587	0.0347	0.2605	-0.0076	0.0361	0.5344	0.0019	0.3845	67.6969	-5.5111	0.6344
2	0.4984	0.1338	0.1398	1.587	-0.4231	1.2773	-0.0286	0.1307	-0.1489	-0.1634	0.0333	0.041	0.2931	-0.3659	-0.006	0.332	-0.142	0.0532	0.5495	0.0023	0.4219	54.6363	-28.1549	31.201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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