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- PDB-5a0t: Catalysis and 5' end sensing by ribonuclease RNase J of the metal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a0t
タイトルCatalysis and 5' end sensing by ribonuclease RNase J of the metallo- beta-lactamase family
要素
  • 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'
  • RIBONUCLEASE J
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RIBONUCLEASE / RNASE J / ENDONUCLEASE / EXONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallo-hydrolase/oxidoreductase / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Metallo-hydrolase/oxidoreductase / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / Ribonuclease J
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR A3
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.283 Å
データ登録者Pei, X.Y. / Bralley, P. / Jones, G.H. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2015
タイトル: Linkage of Catalysis and 5' End Recognition in Ribonuclease Rnase J
著者: Pei, X.Y. / Bralley, P. / Jones, G.H. / Luisi, B.F.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE J
B: RIBONUCLEASE J
E: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'
F: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,42010
ポリマ-125,9464
非ポリマー4746
10,052558
1
A: RIBONUCLEASE J
E: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2105
ポリマ-62,9732
非ポリマー2373
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-104.4 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
B: RIBONUCLEASE J
F: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2105
ポリマ-62,9732
非ポリマー2373
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-105.1 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.187, 186.187, 113.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2024-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, -0.01394, 0.002726), (-0.001394, 0.2872, 0.9579), (-0.01414, 0.9578, -0.2872)
ベクター: 121.8, -27.14, 37.41)

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE J


分子量: 61146.090 Da / 分子数: 2
断片: BETA-LACTMASE DOMAIN AND BETA-CASP DOMAIN, RESIDUES 1-561
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2) (バクテリア)
プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: O86842
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP)-3'


分子量: 1827.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: ROSETTA2 PLYSS / : BL21(DE3)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: THE BEST CRYSTALS OF S. COELICOLOR RNASE J WERE OBTAINED IN THE 27.5% W/V PEG 400, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 BY MIXING A 1:2 VOLUME RATIO OF CRYSTALLIZATION RESERVOIR TO PROTEIN SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.2824
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→35 Å / Num. obs: 88741 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.28→2.3 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 3BK1
解像度: 2.283→29.34 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1769 8404 5 %
Rwork0.1446 --
obs0.1463 88509 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.283→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6950 216 18 558 7742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20610019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8122759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2826-2.30850.31231900.27063448X-RAY DIFFRACTION63
2.3085-2.33570.32372320.26074622X-RAY DIFFRACTION85
2.3357-2.36420.26322620.24884852X-RAY DIFFRACTION88
2.3642-2.39410.29892430.23875052X-RAY DIFFRACTION92
2.3941-2.42560.2482620.23295222X-RAY DIFFRACTION95
2.4256-2.45880.21272720.21245397X-RAY DIFFRACTION99
2.4588-2.49390.22942810.20245417X-RAY DIFFRACTION99
2.4939-2.53110.21742640.1815476X-RAY DIFFRACTION100
2.5311-2.57060.23422730.17165493X-RAY DIFFRACTION100
2.5706-2.61270.23672810.16575466X-RAY DIFFRACTION100
2.6127-2.65780.19033180.16495461X-RAY DIFFRACTION100
2.6578-2.70610.21733160.17075454X-RAY DIFFRACTION100
2.7061-2.75810.22932610.17585532X-RAY DIFFRACTION100
2.7581-2.81430.21292650.17595447X-RAY DIFFRACTION100
2.8143-2.87550.18492900.15715461X-RAY DIFFRACTION100
2.8755-2.94230.20332990.15635422X-RAY DIFFRACTION99
2.9423-3.01580.20682760.15455504X-RAY DIFFRACTION100
3.0158-3.09730.19362960.16255454X-RAY DIFFRACTION100
3.0973-3.18830.21222870.17055498X-RAY DIFFRACTION100
3.1883-3.29110.1842510.15945500X-RAY DIFFRACTION100
3.2911-3.40850.17342480.15925531X-RAY DIFFRACTION100
3.4085-3.54480.20623270.14925356X-RAY DIFFRACTION99
3.5448-3.70580.18353120.1445429X-RAY DIFFRACTION99
3.7058-3.90080.15583010.12835428X-RAY DIFFRACTION100
3.9008-4.14450.13512770.11265458X-RAY DIFFRACTION99
4.1445-4.46350.12573560.10335354X-RAY DIFFRACTION99
4.4635-4.91080.12542590.09985436X-RAY DIFFRACTION99
4.9108-5.61710.1582970.1085434X-RAY DIFFRACTION99
5.6171-7.06060.16953400.12945397X-RAY DIFFRACTION99
7.0606-29.34260.17972680.15865421X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5496-0.2050.15420.9115-0.33261.8589-0.0230.1333-0.0826-0.1144-0.00160.02010.1469-0.15870.03470.2605-0.00760.03610.53440.00190.384567.6969-5.51110.6344
20.49840.13380.13981.587-0.42311.2773-0.02860.1307-0.1489-0.16340.03330.0410.2931-0.3659-0.0060.332-0.1420.05320.54950.00230.421954.6363-28.154931.201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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