PDB-5a0d: N-terminal thioester domain of surface protein from Clostridium p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a0d

タイトル

N-terminal thioester domain of surface protein from Clostridium perfringens, Cys138Ala mutant

要素

SURFACE ANCHORED PROTEIN

キーワード

CELL ADHESION / SURFACE-ASSOCIATED PROTEIN / GRAM-POSITIVE / ADHESIN / INTERNAL THIOESTER / THIOESTER DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Kan, S.-Y. / Schwarz-Linek, U. / Banfield, M.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: An internal thioester in a pathogen surface protein mediates covalent host binding.
著者: Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Bergmann, R. / Saalbach, G. / Kan, S.Y. / Miller, O.K. / Weckener, M. / Jackson, R.J. / Shirran, S.L. / Botting, C.H. / Florence, G.J. / Rohde, ...

履歴

登録	2015年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a0d.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a0d.ent.gz	265.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a0d_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a0d_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	5a0d_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	5a0d_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a0gC 5a0lC 5a0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h8v-6 3ill-d 2j6z-1 1hka-d 5zqi-d 3t36-4 3hsz-d 4pmo-1 6vso-3 1oa2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SURFACE ANCHORED PROTEIN

B: SURFACE ANCHORED PROTEIN

C: SURFACE ANCHORED PROTEIN

D: SURFACE ANCHORED PROTEIN

ヘテロ分子

84.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SURFACE ANCHORED PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SURFACE ANCHORED PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SURFACE ANCHORED PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SURFACE ANCHORED PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.420, 110.720, 68.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SURFACE ANCHORED PROTEIN 分子量: 21098.752 Da / 分子数: 4 / 断片: THIOESTER DOMAIN, UNP RESIDUES 92-277 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 株: B / プラスミド: POPIN-F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1R775
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CYS138ALA MUTATION IN THIS STRUCTURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M BIS -TRIS PROPANE PH 6.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→44.97 Å / Num. obs: 99659 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 18.1 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→44.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.056 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21015	4972	5 %	RANDOM
R_work	0.17747	-	-	-
obs	0.17906	94622	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.329 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5565	0	28	372	5965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	6454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.971	8733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.787	3	14134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.901	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.17	25.347	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.725	15	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.311	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.089	1.521	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.089	1.521	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.659	2.279	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.658	2.28	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.851	1.692	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.849	1.692	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.68	2.468	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.423	12.406	6596
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.423	12.409	6597
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	392	-
R_work	0.205	6864	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7519	-0.1812	0.0246	1.1245	-0.2906	1.7628	-0.019	-0.1741	0.1405	0.2425	-0.0922	-0.119	-0.1513	-0.071	0.1111	0.0871	-0.017	-0.032	0.0659	-0.0366	0.0688	29.8241	2.0276	21.2121
2	1.4467	-0.3872	-0.2656	1.9317	0.3477	3.01	-0.0511	-0.1312	0.0048	0.2769	-0.0585	0.0987	0.4374	-0.5428	0.1096	0.0986	-0.0896	0.0323	0.1289	-0.0303	0.0181	19.6018	-10.1841	22.9779
3	2.2803	-0.5499	0.1396	1.2728	0.303	0.956	0.0286	-0.1381	-0.0888	0.1241	0.0314	-0.021	0.0949	0.0544	-0.06	0.0245	0.0077	0.0029	0.0188	0.0134	0.0322	47.0655	19.0615	8.2541
4	2.9109	-0.2835	0.6058	1.4383	0.2729	0.9285	-0.0071	-0.2007	0.2715	0.0291	-0.0624	0.0364	-0.0685	-0.0777	0.0695	0.0164	-0.0018	0.0171	0.0196	-0.0269	0.0635	38.478	32.835	9.5177
5	2.0704	-0.2078	-0.924	1.0854	-0.632	2.5724	0.0643	0.2511	-0.1205	-0.2004	0.0176	0.0623	0.1217	-0.1329	-0.0819	0.0522	0.0173	-0.0064	0.0994	-0.0164	0.0226	45.4316	19.5888	-20.6803
6	3.1072	-1.1422	0.8302	1.4469	-0.3693	1.4761	0.0289	0.1876	0.2166	-0.0994	-0.0266	-0.1397	-0.1051	0.1658	-0.0023	0.0337	-0.0135	0.0207	0.0834	0.0021	0.0257	55.7146	30.9446	-23.4161
7	0.9856	0.1858	0.3416	1.3172	0.2548	0.8377	-0.0466	0.0868	0.0434	-0.1471	-0.0034	-0.0556	0.0331	0.0658	0.0499	0.0448	0.0104	-0.0021	0.0137	0.0056	0.0567	30.1677	0.2683	-7.4576
8	1.1986	-0.2757	-0.1268	1.2946	0.2702	0.8527	-0.0757	0.0526	0.1895	-0.1095	-0.0281	0.1055	-0.0304	-0.1527	0.1038	0.0276	0.0006	-0.0523	0.0287	-0.0102	0.1167	15.7694	7.2192	-9.2905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	102 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	251 - 276
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	163 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	101 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	251 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	163 - 250
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	102 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	251 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	163 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	102 - 162
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	251 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	163 - 250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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