PDB-5a06: Crystal structure of aldose-aldose oxidoreductase from Caulobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a06

タイトル

Crystal structure of aldose-aldose oxidoreductase from Caulobacter crescentus complexed with sorbitol

要素

ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CAULOBACTER CRESCENTUS CB15 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.841 Å

データ登録者

Taberman, H. / Rouvinen, J. / Parkkinen, T.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Structure and Function of Caulobacter Crescentus Aldose-Aldose Oxidoreductase.
著者: Taberman, H. / Andberg, M. / Koivula, A. / Hakulinen, N. / Penttila, M. / Rouvinen, J. / Parkkinen, T.

履歴

登録	2015年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a06.cif.gz	439.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a06.ent.gz	366.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a06_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a06_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5a06_validation.xml.gz	98 KB	表示
CIF形式データ	5a06_validation.cif.gz	139.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a02C 5a03C 5a04C 5a05C 1h6aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5a05-2 5a05-3 5a03-3 5uhw-d 5a02-3 5a04-1 5a02-2 5a04-2 5a05-1 5uib-d 5a02-1 3ohs-1 5a03-2 5a03-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

B: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

C: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

D: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

E: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

F: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

232 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

F: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

E: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

D: ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.189, 154.088, 107.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.0504, -0.8182, 0.5727), (0.8302, -0.3531, -0.4314), (0.5552, 0.4537, 0.6971)	128.2613, -96.1354, -73.5539
2	given	(0.224, -0.678, -0.7001), (-0.7594, -0.5716, 0.3107), (-0.6108, 0.4621, -0.643)	147.6676, 99.0205, 126.1692
3	given	(0.1936, 0.7368, -0.6478), (0.6551, -0.5886, -0.4737), (-0.7303, -0.3327, -0.5966)	141.7895, -71.8772, 139.8335
4	given	(-0.9824, 0.1864, -0.0093), (0.1837, 0.9572, -0.2237), (-0.0327, -0.2215, -0.9746)	284.1524, -21.115, 50.0351
5	given	(-0.3401, 0.5495, 0.7631), (-0.5485, -0.7751, 0.3137), (0.7639, -0.3119, 0.565)	153.8143, 72.4079, -99.909

#1: タンパク質	ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE 分子量: 37289.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAULOBACTER CRESCENTUS CB15 (バクテリア) 株: CB15 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 参照: UniProt: Q9A8X3, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の電子受容体を用いる
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 糖	ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol / ソルビト-ルタイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2091 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: MES PH 6.5, AMMONIUM SULPHATE, 2-PROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 264019 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6A

1h6a

解像度: 1.841→48.101 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1867	13201	5 %
R_work	0.1594	-	-
obs	0.1607	264020	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.841→48.101 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15566	0	546	2091	18203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	22374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.559	6086
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8405-1.8615	0.462	292	0.4173	5555	X-RAY DIFFRACTION	66
1.8615-1.8834	0.3292	443	0.301	8409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8834-1.9063	0.3091	443	0.2862	8425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9063-1.9305	0.318	442	0.2712	8393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9305-1.9559	0.2892	445	0.2511	8459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-1.9827	0.2685	445	0.2241	8454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9827-2.011	0.2357	441	0.2088	8379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.011-2.041	0.2351	447	0.1997	8484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0729	0.2324	443	0.1866	8416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0729-2.1069	0.2224	444	0.186	8450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1432	0.2118	446	0.1809	8468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1432-2.1822	0.2173	442	0.1838	8393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1822-2.2242	0.22	447	0.1801	8486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2242-2.2696	0.2305	445	0.1823	8455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2696-2.3189	0.2057	444	0.1655	8442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3189-2.3728	0.1825	445	0.1609	8457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3728-2.4322	0.1899	446	0.1555	8481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4322-2.4979	0.1926	445	0.1604	8456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4979-2.5714	0.208	446	0.1622	8474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5714-2.6544	0.1937	445	0.1583	8453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6544-2.7493	0.1768	445	0.1512	8444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7493-2.8594	0.1801	446	0.1482	8479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8594-2.9895	0.181	447	0.1547	8487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9895-3.1471	0.1768	446	0.1509	8476	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1471-3.3442	0.1675	445	0.1409	8462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3442-3.6023	0.1619	446	0.1383	8481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6023-3.9647	0.1335	445	0.1228	8449	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9647-4.538	0.1332	446	0.1121	8475	X-RAY DIFFRACTION	100
4.538-5.7159	0.1502	450	0.125	8536	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7159-48.1171	0.1567	449	0.1499	8541	X-RAY DIFFRACTION	99

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