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- PDB-4zzm: Human ERK2 in complex with an irreversible inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zzm
タイトルHuman ERK2 in complex with an irreversible inhibitor
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / Signaling by LTK in cancer / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / pseudopodium / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / : / positive regulation of telomere capping / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Growth hormone receptor signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / phosphotyrosine residue binding / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / NCAM signaling for neurite out-growth / ESR-mediated signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / response to nicotine / peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / B cell receptor signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / caveola / Oncogene Induced Senescence
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CQ6 / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J.E. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. ...Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J.E. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hopcroft, P. / Howard, T.D. / James, M. / Jones, C.D. / Jones, C.R. / Renshaw, J. / Roberts, K. / Snow, L. / Tonge, M. / Yeung, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-Guided Design of Highly Selective and Potent Covalent Inhibitors of Erk1/2.
著者: Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hopcroft, P. / Howard, T.D. / James, M. ...著者: Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hopcroft, P. / Howard, T.D. / James, M. / Jones, C.D. / Jones, C.R. / Renshaw, J. / Roberts, K. / Snow, L. / Tonge, M. / Yeung, K.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2143
ポリマ－40,7921
非ポリマー4222
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.880, 70.310, 60.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1 / MAP KINASE 1 / MAPK 1 / ERT1 / EXTRACELLULAR SIGNAL-REGULATED KINASE 2 / ERK-2 / MAP KINASE ISOFORM ...MAP KINASE 1 / MAPK 1 / ERT1 / EXTRACELLULAR SIGNAL-REGULATED KINASE 2 / ERK-2 / MAP KINASE ISOFORM P42 / P42-MAPK / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 2 / MAP KINASE 2 / MAPK 2


分子量: 40791.961 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 11-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MODIFIED CYS 161 A / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CQ6 / 7-ethylsulfonyl-N-(oxan-4-yl)-6,8-dihydro-5H-pyrido[3,4-d]pyrimidin-2-amine


分子量: 326.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細COMPOUND COVALENTLY BOUND TO PROTEIN 166 CYS A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→46.18 Å / Num. obs: 30202 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.89→46.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9451 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9095 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 1903 6.3 %RANDOM
Rwork0.2073 ---
obs0.2104 30183 97.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7015 Å20 Å22.78 Å2
2---4.3448 Å20 Å2
3---1.6433 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.279 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→46.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2717 0 27 121 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012812HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.993832HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d950SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes405HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2812HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion373SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3313SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4137 206 7.11 %
Rwork0.3331 2693 -
all0.3383 2899 -
obs--95.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.3088 Å / Origin y: 8.6977 Å / Origin z: 47.38 Å
111213212223313233
T0.0314 Å20.0029 Å20.0788 Å2--0.2071 Å20.0149 Å2---0.1029 Å2
L0.744 °20.2453 °20.1565 °2-0.4498 °20.1753 °2--0.9866 °2
S-0.0302 Å °0.0878 Å °0.0565 Å °-0.063 Å °0.038 Å °0.0116 Å °-0.0869 Å °0.0007 Å °-0.0078 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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