PDB-4zzc: The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel open form complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zzc

タイトル

The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel open form complexed to xenon

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Sauguet, L. / Fourati, Z. / Prange, T. / Delarue, M. / Colloc'h, N.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Xenon Inhibition in a Cationic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel.
著者: Sauguet, L. / Fourati, Z. / Prange, T. / Delarue, M. / Colloc'h, N.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zzc.cif.gz	648.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zzc.ent.gz	546.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zzbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uub-2 5j0z-d 4ilc-d 6f16-d 6hjb-d 3uu8-d 4hfd-d 3uu5-d 4hfe-d 6hy9-d 6hjz-1 6hz1-d 6f0r-d 4hfi-d 6hz3-d 5mvm-d 3tlv-d 6i08-d 3ei0-d 5hcj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

196 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.000, 132.820, 159.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC / GLIC pentameric ligand-gated ion channel 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 68分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	... ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.03 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12-15% PEG4000 0.1M Na Acetate pH4 0.4M NaSCN 15% glycerol 5% DMSO PH範囲: 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.182 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.182 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→25 Å / B_iso Wilson estimate: 78.85 Å²
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 3.1→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9075 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8982 / SU R Cruickshank DPI: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.542 / SU R_free Blow DPI: 0.299 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.315

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2275	3362	5.08 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.2089	66209	99.66 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.2538 Å²	0 Å²	22.6343 Å²
2-	-	-1.2804 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.5342 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.634 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12677	0	383	7	13067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13475	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	18297	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4644	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		262	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1924	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13475	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		18	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.67
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.61
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1772	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15442	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	270	5.55 %
R_work	0.2384	4599	-
all	0.2406	4869	-
obs	-	-	99.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6896	-0.4379	1.2927	0.862	-0.5803	2.844	0.0041	-0.0319	0.1712	-0.0542	0.0443	0.0712	-0.346	-0.3335	-0.0485	0.0543	0.0928	-0.1364	-0.1826	0.0519	-0.198	39.9925	-6.5074	29.8128
2	2.4219	0.2113	2.3048	0.7592	0.4236	3.5836	0.1224	-0.0038	-0.0901	0.0337	-0.0045	0.2478	0.0311	-0.2993	-0.1179	-0.1764	0.0383	-0.0972	-0.0049	0.0137	-0.1513	27.9957	-27.7944	35.9225
3	1.3067	0.3688	1.2961	0.8223	0.9115	3.5286	0.1555	0.0322	-0.2793	-0.074	-0.0837	0.1627	0.303	-0.158	-0.0718	0.0091	0.0047	-0.2222	-0.1908	-0.0617	-0.0962	41.943	-47.5189	28.8846
4	1.1249	0.0771	1.103	0.8057	0.3915	4.5583	0.0382	0.2857	-0.2102	-0.2463	-0.016	-0.122	-0.0422	0.3065	-0.0222	0.0096	0.1069	-0.1301	-0.1446	-0.1186	-0.2111	62.7923	-38.3756	17.8835
5	1.3853	-0.4375	1.5757	0.8865	-0.8225	4.4755	0.0128	0.1397	0.1655	-0.2633	-0.0474	-0.143	-0.0911	0.082	0.0347	0.0473	-0.0442	-0.0562	-0.1669	0.0486	-0.219	61.5929	-13.1109	18.5735

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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