[日本語] English
万見
- PDB-4zyd: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus O6-methylguanine met... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zyd
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus O6-methylguanine methyltransferase in complex with modified DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Extremophiles / DNA repair / Alkylated DNA-protein alkyltransferase / protein-DNA complex / cell cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain ...Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.682 Å
データ登録者Miggiano, R. / Rossi, F. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structure-function relationships governing activity and stability of a DNA alkylation damage repair thermostable protein.
著者: Perugino, G. / Miggiano, R. / Serpe, M. / Vettone, A. / Valenti, A. / Lahiri, S. / Rossi, F. / Rossi, M. / Rizzi, M. / Ciaramella, M.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9853
ポリマ－24,9853
非ポリマー00
水1086
1
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9853
ポリマ－24,9853
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area3310 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9853
ポリマ－24,9853
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area3310 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.764, 65.879, 97.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 17027.996 Da / 分子数: 1 / 変異: C119A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Methionine at position 1 and glutamic acid at position 151 were not detected in electron density map. Therefore, they were excluded from the coordinate file.
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: ogt, SSO2487 / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q97VW7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 4005.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3350, Na/K tartrate 0.2 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→41.76 Å / Num. obs: 7993 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル最高解像度: 2.67 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WRJ

1wrj


解像度: 2.682→39.195 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 370 4.67 %
Rwork0.2134 --
obs0.2164 7916 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.682→39.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 528 0 6 1713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3242534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.403708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6822-3.07020.40111230.29472421X-RAY DIFFRACTION98
3.0702-3.86760.29261120.24322506X-RAY DIFFRACTION99
3.8676-39.19890.24111350.1862619X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る