PDB-4zxs: HSV-1 nuclear egress complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zxs

タイトル

HSV-1 nuclear egress complex

要素

(Virion egress protein ...) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / HSV-1 / nuclear egress / UL31 / UL34 / membrane deformation

機能・相同性

機能・相同性情報

exit of virus from host cell nucleus by nuclear egress / host cell nuclear inner membrane / viral budding from nuclear membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.772 Å

データ登録者

Bigalke, J.M. / Heldwein, E.E.

資金援助

ドイツ,

米国, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	BI 1658/1-1	ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM111795-01	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R21AI097573-01A1	米国
Burroughs Wellcome Fund		米国

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of membrane budding by the nuclear egress complex of herpesviruses.
著者: Bigalke, J.M. / Heldwein, E.E.

履歴

登録	2015年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2018年1月17日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zxs.cif.gz	333.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zxs.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zxs_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zxs_full_validation.pdf.gz	480.1 KB	表示
XML形式データ	4zxs_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	4zxs_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z3uSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aig-1 1yem-d 3wb8-8 2wk1-1 4gui-d 4cno-2 3rog-2 5tnf-2 6kxh-2 2qnu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Virion egress protein UL34

B: Virion egress protein UL31

C: Virion egress protein UL34

D: Virion egress protein UL31

ヘテロ分子

97.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Virion egress protein UL34

B: Virion egress protein UL31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Virion egress protein UL34

D: Virion egress protein UL31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Virion egress protein UL34

B: Virion egress protein UL31

C: Virion egress protein UL34

D: Virion egress protein UL31

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
588 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_645	-y+1,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_765	-x+y+2,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	4_755	-x+2,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_665	y+1,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_545	x-y,x-1,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.529, 110.529, 155.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

-
Virion egress protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Virion egress protein UL34 / Primary envelopment factor UL34 分子量: 20081.971 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-185 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 株: 17 / 遺伝子: UL34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P10218
#2: タンパク質	Virion egress protein UL31 分子量: 28687.035 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-306 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 株: 17 / 遺伝子: UL31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P10215

-
非ポリマー , 5種, 83分子

#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na citrate pH 5.6, 5 mM NiCl2, 10% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.6 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.772→47.86 Å / Num. obs: 27365 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 19 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 34.37
反射シェル	解像度: 2.772→2.87 Å / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 4.57 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z3U

4z3u

解像度: 2.772→47.86 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	1368	5 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.2195	27361	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.772→47.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6236	0	9	74	6319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	8685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.642	2322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	957
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7717-2.8708	0.3534	132	0.2716	2530	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8708-2.9857	0.3535	138	0.2639	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.1216	0.3147	136	0.2364	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1216-3.2861	0.3159	136	0.2331	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2861-3.4919	0.2734	137	0.229	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4919-3.7615	0.2956	136	0.2251	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7615-4.1398	0.2219	138	0.2057	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1398-4.7384	0.2416	137	0.1909	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7384-5.968	0.267	137	0.2073	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.968-47.8676	0.2239	141	0.2141	2664	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5364	5.7517	3.5439	4.8297	1.2176	7.2225	-0.1861	0.942	2.6603	-1.977	-0.948	2.5244	-1.0456	-2.5985	-0.5482	1.1623	0.5244	0.1171	0.4647	0.5825	0.563	61.8316	0.9733	-64.7983
2	8.2894	-1.1446	-7.129	3.484	1.4755	6.7555	1.0286	-0.6438	0.5638	-0.5854	1.0402	0.0742	-3.4778	0.5537	-1.3925	0.8669	0.204	-0.1372	0.7132	0.1991	0.4461	67.4236	4.9048	-59.7849
3	3.6203	0.1373	0.8988	1.8588	-1.2726	8.5565	0.4064	0.1803	-0.0402	-0.3329	-0.4359	0.2081	-0.7152	-0.3653	-0.1443	0.5251	0.127	0.0296	0.3284	-0.0324	0.2944	70.5088	-2.9731	-56.5223
4	3.7749	-0.1595	0.3277	3.1657	1.5564	1.7441	-0.1134	-0.2591	1.2798	0.3053	-0.1022	0.1761	0.9832	1.211	-0.4004	0.7345	0.2334	0.3484	0.8963	-0.0551	0.1833	82.5916	-5.6164	-54.9004
5	4.0416	-2.1855	-1.6822	6.0894	4.3536	8.568	0.34	0.0824	0.1441	-0.3905	-0.0049	-0.1572	0.038	0.5602	-0.1274	0.372	0.0859	0.0349	0.345	0.1103	0.3407	74.6223	-13.2447	-54.6522
6	2.2243	-1.0098	-0.3887	1.888	-0.7166	4.8694	0.3461	0.5922	-0	-0.6783	-0.2565	0.2583	0.1278	0.0265	-0.075	0.5393	0.0516	-0.0761	0.4049	-0.0094	0.3247	71.6394	-20.1616	-54.606
7	3.2735	-2.9315	-1.1681	7.6873	-0.2714	7.9272	0.3617	-0.1303	0.1001	0.2662	-0.3742	0.4571	0.711	-0.2316	0.0558	0.4642	-0.0884	0.0451	0.4109	-0.0283	0.2633	72.2461	-29.3881	-17.8558
8	1.6541	0.2529	-1.0486	3.5591	-0.8608	8.1263	0.0506	-0.2914	0.1931	0.2067	0.006	-0.2382	0.5244	0.1169	-0.0528	0.3945	0.0114	-0.0255	0.3767	-0.0596	0.2477	79.4998	-28.6364	-24.0964
9	6.4917	1.7399	1.2696	5.8473	2.0783	5.802	0.9859	0.4803	-1.5075	-0.3783	-0.1423	-0.3484	-0.1784	2.0196	-0.3895	0.6354	0.239	-0.0401	0.7195	-0.1125	0.4774	102.2543	-47.7499	57.8356
10	0.7516	-0.7293	0.0924	0.8875	-0.9443	5.5837	-0.2808	-2.7505	1.0186	1.0942	-0.6173	-2.0154	0.242	1.9266	1.3409	0.8657	-0.077	-0.1973	1.7605	-0.1643	0.8722	112.2006	-39.2268	62.1906
11	3.2119	-0.1032	-0.5025	3.7865	-1.1283	1.7716	-0.1246	-0.7284	-0.3161	-0.0247	0.5573	-0.0473	0.1738	1.0037	-0.1183	0.4282	0.1727	-0.092	0.885	0.0157	0.4186	99.7014	-38.7462	54.7701
12	4.6403	1.4027	3.2123	1.793	-0.1206	3.0709	-0.1009	-0.2479	-0.097	0.3307	0.2352	-0.4446	-1.2215	0.3011	0.005	0.6287	0.0749	-0.0314	0.5633	0.0026	0.384	99.9185	-30.7141	48.4528
13	4.6218	-0.105	-1.581	7.4279	1.3816	3.8309	-0.1032	-0.651	0.1613	0.6011	0.1574	0.2718	-0.6995	0.3088	0.5969	0.5827	0.1107	-0.0262	0.5423	0.0399	0.344	89.1216	-33.0038	54.1141
14	2.179	-0.9115	1.0238	2.6531	-1.0591	2.4999	0.0625	-0.2141	-0.222	0.4585	0.2481	0.0836	-0.1494	0.2105	0.1906	0.4913	0.063	-0.0156	0.7745	-0.041	0.3795	85.5431	-33.3866	54.5795
15	8.4041	-1.1629	-5.2691	2.1905	2.7875	5.4158	0.0292	-0.4547	0.6107	-0.4423	-0.7361	0.3904	0.444	-1.1309	0.5787	0.7075	0.0233	0.0606	0.6872	0.1209	0.4222	73.5063	-38.224	40.0122
16	3.6631	-2.5604	1.805	5.1988	0.7615	3.4721	0.1993	-0.0064	-0.1416	-0.1864	-0.1563	0.1099	0.6468	-0.2909	-0.1782	0.6224	-0.0774	0.0428	0.539	0.0209	0.3481	75.129	-32.4744	15.1481
17	4.5368	1.8213	-1.7102	3.9122	0.0157	3.0934	-0.2064	0.9777	0.1241	-0.3002	0.2209	-0.0599	-0.624	-0.9546	-0.2648	0.5534	-0.0111	-0.039	0.4376	-0.0023	0.3665	77.7184	-23.5506	23.8895
18	1.9207	-0.4796	1.5995	2.8223	0.7591	3.6868	-0.0802	0.2788	0.0976	-0.4002	0.1471	-0.185	-0.442	0.1077	-0.2219	0.5389	0.0025	0.0722	0.5999	0.0349	0.2433	76.7069	-26.0096	20.4501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 99 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 172 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 55 through 136 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 137 through 200 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 201 through 306 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 14 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 40 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 52 through 92 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 93 through 124 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 125 through 175 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 55 through 118 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 119 through 136 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 137 through 200 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 201 through 227 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 228 through 306 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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