PDB-4zxg: Ligandin binding site of PfGST

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zxg

タイトル

Ligandin binding site of PfGST

要素

Glutathione S-transferase

キーワード

TRANSFERASE / GST / Plasmodium falciparum / Hemin

機能・相同性

機能・相同性情報

Heme degradation / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Azathioprine ADME / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Neutrophil degranulation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Perbandt, M. / Eberle, R. / Betzel, C.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: High resolution structures of Plasmodium falciparum GST complexes provide novel insights into the dimer-tetramer transition and a novel ligand-binding site.
著者: Perbandt, M. / Eberle, R. / Fischer-Riepe, L. / Cang, H. / Liebau, E. / Betzel, C.

履歴

登録	2015年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zxg.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zxg.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zxg_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zxg_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	4zxg_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	4zxg_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pa3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iaa-d 4l65-d 3hco-d 1vlj-d 4dpx-d 4ip5-d 4mmw-d 1xdj-1 4dhz-d 6kw7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.4, 60.9, 74.8
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-432- HOH
2	1	A-449- HOH
3	1	B-443- HOH
4	1	B-448- HOH
5	1	B-510- HOH

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase / PfGST 分子量: 24150.293 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-207 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MU52, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 273546 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 30.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PA3

1pa3

解像度: 1.7→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	-	-
R_work	0.183	-	-
obs	-	273546	98.3 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.51 Å² / B_iso mean: 34.456 Å² / B_iso min: 18.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3420	0	56	273	3749

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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