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- PDB-4ip5: Crystal structure of l-fuconate dehydratase from Silicibacter sp.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ip5
タイトルCrystal structure of l-fuconate dehydratase from Silicibacter sp. tm1040 liganded with Mg and d-erythronohydroxamate
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein
キーワードISOMERASE / Enolase fold / L-FUCONATE DEHYDRATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-fuconate dehydratase / L-fuconate dehydratase activity / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
L-fuconate dehydratase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...L-fuconate dehydratase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3R)-N,2,3,4-TETRAHYDROXYBUTANAMIDE / L-fuconate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of l-fuconate dehydratase from Silicibacter sp. tm1040 liganded with Mg and d-erythronohydroxamate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1137
ポリマ－94,6702
非ポリマー4435
水10,755597
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.993, 141.362, 59.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein


分子量: 47334.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア)
遺伝子: TM1040_3391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1GLV3
#2: 化合物 ChemComp-EHM / (2R,3R)-N,2,3,4-TETRAHYDROXYBUTANAMIDE / D-ERYTHRONOHYDROXAMATE / (2R,3R)-2,3,4-トリヒドロキシブタンヒドロキシム酸


分子量: 151.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350 0.1M Tris, 0.2M Magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→38.805 Å / Num. all: 49044 / Num. obs: 49044 / % possible obs: 99.73 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4IP4

4ip4


解像度: 2.13→38.805 Å / SU ML: 0.18 / 位相誤差: 18.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1836 2478 5.05 %RANDOM
Rwork0.1379 ---
obs0.1403 49044 99.73 %-
all-49044 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→38.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6594 0 28 597 7219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.049216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8032475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1301-2.17110.1981260.13742488X-RAY DIFFRACTION98
2.1711-2.21540.24931460.13932553X-RAY DIFFRACTION99
2.2154-2.26350.23231330.13562538X-RAY DIFFRACTION100
2.2635-2.31620.23391380.13612561X-RAY DIFFRACTION100
2.3162-2.37410.19441320.1332553X-RAY DIFFRACTION100
2.3741-2.43830.1961270.13392545X-RAY DIFFRACTION100
2.4383-2.510.18341510.1322560X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.5910.21581420.13922570X-RAY DIFFRACTION100
2.591-2.68360.17661160.13852589X-RAY DIFFRACTION100
2.6836-2.7910.18811260.13822567X-RAY DIFFRACTION100
2.791-2.9180.21731450.15242569X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.07180.181540.1512577X-RAY DIFFRACTION100
3.0718-3.26420.21691360.15252604X-RAY DIFFRACTION100
3.2642-3.5160.1761200.1442624X-RAY DIFFRACTION100
3.516-3.86960.16271190.13312615X-RAY DIFFRACTION100
3.8696-4.42880.14011580.11492616X-RAY DIFFRACTION100
4.4288-5.57720.14251580.12712661X-RAY DIFFRACTION100
5.5772-38.81120.19121510.15522776X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4867-0.08790.11151.23370.22480.7096-0.0399-0.0091-0.10980.2525-0.00390.10080.17870.02780.03370.16910.00590.05750.11580.01570.171122.20950.521313.4168
20.4901-0.0981-0.19391.05220.1970.9435-0.0132-0.00820.03020.0909-0.0111-0.0535-0.07450.05880.02310.1037-0.0187-0.00730.12160.01460.101323.487934.727717.1955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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