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万見
- PDB-1vlj: Crystal structure of NADH-dependent butanol dehydrogenase A (TM08... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlj
タイトルCrystal structure of NADH-dependent butanol dehydrogenase A (TM0820) from Thermotoga maritima at 1.78 A resolution
要素NADH-dependent butanol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM0820 / NADH-DEPENDENT BUTANOL DEHYDROGENASE A / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


butanol dehydrogenase (NAD+) activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / : / Fe-containing alcohol dehydrogenase family, C-terminal / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase ...Butanol dehydrogenase-like / : / Fe-containing alcohol dehydrogenase family, C-terminal / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADH-dependent butanol dehydrogenase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NADH-dependent butanol dehydrogenase A (TM0820) from Thermotoga maritima at 1.78 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-dependent butanol dehydrogenase
B: NADH-dependent butanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3506
ポリマ－89,7512
非ポリマー1,5994
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area27280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.691, 129.699, 55.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NADH-dependent butanol dehydrogenase


分子量: 44875.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0820 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZS7, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.7
詳細: 0.2M NaCl, 0.2% PEG-1000, 0.1M Na,K-Phosphate pH 5.7 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.000034
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 65785 / % possible obs: 93.95 % / 冗長度: 2.85 % / Biso Wilson estimate: 36.93 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 21.67
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 1.87 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique all: 4773 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 68.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TM0820 has been phased with EPMR program (500 generations, default low and high resolution limits) using a model based on the template 1o2d (TM0920)

1o2d


解像度: 1.78→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.628 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE MODEL OF THE ACTIVE SITE AROUND THE METAL (FE) IS APPARENTLY STILL INCOMPLETE, AND POSSIBLY A SUPERPOSITION OF STATES: THE METAL (FE) ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE MODEL OF THE ACTIVE SITE AROUND THE METAL (FE) IS APPARENTLY STILL INCOMPLETE, AND POSSIBLY A SUPERPOSITION OF STATES: THE METAL (FE) AND THE NAP ARE PARTIALLY OCCUPIED. OMIT DENSITY FOR THE NICOTINAMIDE RING IS WEAK. RESIDUAL DIFFERENCE DENSITY PEAKS PERSIST NEAR NICOTINAMIDE NC5 ATOM AND H272 IN BOTH CHAINS (WEAKER IN B). ONLY ONE STATE, THE MOST DEFENSIBLE ONE, HAS BEEN MODELLED. UNACCOUNTED TUBULAR DENSITY NEXT TO RESIDUES 222 AND 311 IN BOTH CHAINS. UNACCOUNTED STRONG POSITIVE DENSITY NEAR A7/B20 AND B7/A20
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19265 3343 5.1 %RANDOM
Rwork0.14224 ---
obs0.14475 62407 93.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.944 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å21.73 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6078 0 98 480 6656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9628592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1313524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6715794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.724.444252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.591151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3071526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.21362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.25966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23503
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.24934272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.61731648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96256342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.53882673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.306112250
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 180 5.4 %
Rwork0.234 3155 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80330.0598-0.13930.37270.20490.32590.0174-0.03520.03140.0915-0.01870.0357-0.03830.02990.0013-0.08930.00050.0053-0.16970.0075-0.188514.075144.910749.0548
20.89890.2444-0.01720.36780.01510.3341-0.03720.1976-0.0401-0.00670.0461-0.0519-0.01640.0452-0.0089-0.1668-0.0040.002-0.08740.0074-0.208225.193238.475927.1235
30.773-0.06070.13550.9913-0.25550.2951-0.0252-0.0407-0.08770.1980.02650.0133-0.0317-0.0226-0.0012-0.08110.02260.0204-0.172-0.0123-0.13329.14289.67252.5694
41.0045-0.26580.07340.5057-0.08530.04680.03470.1796-0.235-0.0153-0.04790.084-0.0088-0.01690.0132-0.15860.0288-0.0015-0.0931-0.0705-0.1238-1.684311.498529.6976
57.9466-7.1836-0.53926.8608-0.26721.58880.3058-0.13580.0602-0.1-0.0038-0.2813-0.0749-0.1291-0.302-0.0701-0.0634-0.0205-0.11930.0572-0.078716.540548.28737.9177
69.4973-1.63164.82066.3627-1.92282.6438-0.20480.2906-1.41141.02670.25841.2288-0.48410.1775-0.0536-0.0499-0.02110.1104-0.0887-0.04550.0466.96613.954742.4205
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 18513 - 197
22AA186 - 394198 - 406
33BB1 - 18513 - 197
44BB186 - 394198 - 406
55AC - E400 - 8001
66BD - F400 - 8001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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