PDB-4zwe: Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwe

タイトル

Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592V mutant

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / Phosphorylation / Tetramer stability / dNTPase / HIV-1 Restriction

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Tang, C. / Ji, X. / Xiong, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Impaired dNTPase Activity of SAMHD1 by Phosphomimetic Mutation of Thr-592.
著者: Tang, C. / Ji, X. / Wu, L. / Xiong, Y.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwe.cif.gz	799.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwe.ent.gz	665.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zwe_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zwe_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	4zwe_validation.xml.gz	71.7 KB	表示
CIF形式データ	4zwe_validation.cif.gz	95.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwgC 4bzbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qg1-d 4tnp-d 6dwj-d 6cm2-d 6txe-2 4to6-d 6txa-3 4to1-d 4qg0-d 6txa-1 4rxp-1 4qfx-d 6dw4-d 6dwk-d 4rxq-1 6dw7-d 4to4-d 4qfz-d 6txf-1 6tx0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

245 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.083, 146.091, 98.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 114 - 599 / Label seq-ID: 2 - 487

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 分子量: 59602.203 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 113-626 / 変異: H206R, D207N, T592V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 / 詳細: SPG buffer, PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 54764 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.194 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.199 / Χ²: 1.001 / Net I/av σ(I): 8.714 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 379452

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.8-2.85	7.1	2744	0.333	0.736	0.911	99.7
2.85-2.9	7.1	2726	0.393	0.646	0.923	98.8
2.9-2.96	7	2764	0.437	0.59	0.934	99.3
2.96-3.02	7	2722	0.557	0.512	0.921	99.1
3.02-3.08	7	2725	0.575	0.466	0.926	98.8
3.08-3.15	6.9	2772	0.638	0.385	0.951	98.8	0.94
3.15-3.23	6.7	2695	0.699	0.337	0.942	99.1	0.813	0.882
3.23-3.32	6.3	2688	0.762	0.285	0.954	97.4	0.669	0.729
3.32-3.42	6.8	2683	0.865	0.224	0.97	97.3	0.546	0.591
3.42-3.53	7.2	2786	0.907	0.185	0.969	99.3	0.465	0.501
3.53-3.65	7.1	2727	0.945	0.148	0.99	99.3	0.369	0.398
3.65-3.8	7.1	2736	0.961	0.116	1.034	99.5	0.29	0.313
3.8-3.97	7	2765	0.975	0.092	1.063	99.5	0.227	0.245
3.97-4.18	6.8	2755	0.978	0.078	1.098	99.2	0.19	0.206
4.18-4.44	6.4	2671	0.983	0.066	1.124	96	0.156	0.169
4.44-4.79	7.2	2773	0.987	0.057	1.094	99.7	0.142	0.153
4.79-5.27	7.2	2749	0.989	0.055	1.063	99.4	0.139	0.149
5.27-6.03	7	2784	0.987	0.058	1.05	99.3	0.142	0.153
6.03-7.59	6.8	2705	0.991	0.044	1.047	96.9	0.107	0.116
7.59-50	6.9	2794	0.994	0.033	1.06	98	0.081	0.088

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZB

4bzb

解像度: 2.81→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 39.58 / SU ML: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2477	2789	5.1 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.2101	51938	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.06 Å² / B_iso mean: 70.01 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	1.59 Å²
2-	-	-1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.81→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15700	0	377	3	16080
B_iso mean	-	-	70.62	54.97	-
残基数	-	-	-	-	1920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	16484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	15639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.986	22342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.425	3	36005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.907	5	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.082	23.975	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.365	15	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.261	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.134	4.905	7682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.133	4.905	7681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.93	7.357	9592

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30154	0.12
1	2	B	30154	0.12
2	1	A	30446	0.11
2	2	C	30446	0.11
3	1	A	30378	0.11
3	2	D	30378	0.11
4	1	B	30274	0.12
4	2	C	30274	0.12
5	1	B	30158	0.12
5	2	D	30158	0.12
6	1	C	30407	0.11
6	2	D	30407	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.806→2.879 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	178	-
R_work	0.308	3564	-
all	-	3742	-
obs	-	-	91.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4807	0.0869	-0.148	0.5789	0.0551	0.2616	-0.0346	0.0314	0.0206	0.0245	-0.0057	0.1336	-0.0471	-0.0765	0.0403	0.2659	0.0026	-0.1722	0.0239	-0.0001	0.1528	-21.3313	3.8702	43.3058
2	0.6284	0.1621	-0.1745	0.3273	0.2341	0.7329	-0.0628	0.1598	-0.0585	-0.1017	0.1229	-0.1063	-0.1192	0.1447	-0.0601	0.3064	-0.0647	-0.1203	0.1228	-0.0364	0.1218	17.1531	-0.7601	11.2939
3	0.4672	0.1239	-0.0234	0.5002	0.1612	0.3692	-0.1185	0.214	-0.1049	-0.0832	0.0509	0.0469	0.0849	-0.077	0.0676	0.3403	-0.0727	-0.1357	0.1158	-0.0564	0.1394	-15.5163	-16.133	10.3591
4	0.4537	-0.0186	-0.0289	0.7635	0.0334	0.3319	0.0172	-0.0917	-0.0614	0.1011	0.0413	-0.1616	0.049	0.1142	-0.0584	0.2817	0.0054	-0.2088	0.0556	-0.0062	0.1727	13.3121	-3.9812	50.1114
5	1.2082	1.818	1.3213	2.748	2.0212	1.5746	-0.0632	-0.0089	0.3214	-0.0575	-0.0069	0.4485	0.0751	0.0072	0.07	0.3664	-0.0558	-0.2882	0.188	0.0034	1.0306	-22.1509	3.2963	42.8916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	114 - 599
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	700 - 900
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	114 - 599
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	700 - 900
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	114 - 599
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	700 - 900
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	114 - 599
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	700 - 900
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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