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- PDB-4zw2: Crystal structure of the Mouse voltage gated calcium channel beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zw2
タイトルCrystal structure of the Mouse voltage gated calcium channel beta subunit isoform 1a in complex with Alpha Interaction Domain peptide.
要素
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1,Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
キーワードMETAL TRANSPORT / dihydropyridine receptor / CaVbeta / excitation contraction coupling / Alpha Interacting Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle adaptation / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / extraocular skeletal muscle development / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / myoblast fusion / muscle cell development ...skeletal muscle adaptation / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / extraocular skeletal muscle development / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / myoblast fusion / muscle cell development / endoplasmic reticulum organization / protein targeting to membrane / I band / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / cellular response to caffeine / voltage-gated calcium channel activity / striated muscle contraction / skeletal muscle tissue development / skeletal muscle fiber development / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / sarcoplasmic reticulum / skeletal system development / calcium ion transmembrane transport / calcium ion transport / presynapse / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Norris, N.C. / Oakley, A.J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and biophysical analyses of the skeletal dihydropyridine receptor beta subunit beta 1a reveal critical roles of domain interactions for stability.
著者: Norris, N.C. / Joseph, S. / Aditya, S. / Karunasekara, Y. / Board, P.G. / Dulhunty, A.F. / Oakley, A.J. / Casarotto, M.G.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Data collection
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1,Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0734
ポリマ－39,7722
非ポリマー3002
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.240, 69.371, 131.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1,Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 / CAB1 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 1


分子量: 37564.035 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residue 68-185, linker, 261-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cacnb1, Cacnlb1 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8R3Z5
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Voltage-gated ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.1


分子量: 2208.408 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 357-374 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q02789
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 % / 解説: bipyramidal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M bis-tris propane pH 8.0
PH範囲: 7.5 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月25日
放射モノクロメーター: Varimax mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 36235 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 35.45
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1t0j

1t0j


解像度: 1.86→22.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.089 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1801 5 %RANDOM
Rwork0.16865 ---
obs0.17054 34373 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.86→22.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2640 0 17 285 2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.9743798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93436243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0015358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88723.952124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70815492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9361521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9072.8641373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9062.8651374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6354.2761719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6314.2761719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0653.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0523.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6954.6452068
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55624.123366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.48923.3093228
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 108 -
Rwork0.228 2447 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5918-0.3231-0.40090.81980.74211.4540.00220.0639-0.0073-0.09070.0208-0.10720.09310.106-0.02290.06520.00160.01680.03830.00930.034411.001283.544513.7062
26.8333-1.38051.80025.0561-0.12786.1785-0.0109-0.20010.2830.195-0.01790.1821-0.058-0.25330.02870.0492-0.00750.03130.0149-0.01330.0356-5.8431104.341431.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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