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- PDB-6uxu: X-ray Crystal Structure of Chlorothalonil Dehalogenase: Analyzing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxu
タイトルX-ray Crystal Structure of Chlorothalonil Dehalogenase: Analyzing the Catalytic Mechanism of Hydrolytic Dehalogenation
要素Chlorothalonil hydrolytic dehalogenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / hydrolase / Dehalogenase / Dechlorination / Zn-Dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Ochrobactrum sp. CTN-11 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.962 Å
データ登録者Catlin, D.S. / Liu, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1412443 米国
National Science Foundation (NSF, United States)RCH & CHE 1462201 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the hydrolytic dehalogenation of the fungicide chlorothalonil.
著者: Catlin, D.S. / Yang, X. / Bennett, B. / Holz, R.C. / Liu, D.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorothalonil hydrolytic dehalogenase
B: Chlorothalonil hydrolytic dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6655
ポリマ－65,4692
非ポリマー1963
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.802, 105.182, 122.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chlorothalonil hydrolytic dehalogenase


分子量: 32734.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ochrobactrum sp. CTN-11 (バクテリア)
遺伝子: chd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2JB04
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 6000, 100 mM HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.28167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50.019 Å / Num. obs: 50386 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / CC1/2: 0.631 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.96→1.98 Å / Num. unique obs: 2214 / CC1/2: 0.631

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.962→50.019 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 2399 4.94 %
Rwork0.1622 46169 -
obs0.1639 48568 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.65 Å2 / Biso mean: 24.2277 Å2 / Biso min: 6.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.962→50.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4614 0 3 402 5019
Biso mean--17.26 37.8 -
残基数----600
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9624-2.00240.27881120.2423176363
2.0024-2.0460.23581100.2058217076
2.046-2.09360.22891280.188243986
2.0936-2.14590.23521460.1789266494
2.1459-2.2040.2171320.1713277597
2.204-2.26880.17811340.1637283399
2.2688-2.3420.20481310.16592824100
2.342-2.42580.19731630.1554277198
2.4258-2.52290.21141620.1503282999
2.5229-2.63770.19411420.15332871100
2.6377-2.77670.21571450.14962853100
2.7767-2.95070.17741440.15322857100
2.9507-3.17850.21291520.15752876100
3.1785-3.49830.19041310.1592914100
3.4983-4.00430.1881400.1536288899
4.0043-5.04420.16091600.1421283296
5.0442-50.0190.20831670.1857301098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9020.79790.46971.20680.42651.596-0.0274-0.11990.0410.27040.2116-0.49340.0420.4223-0.08920.15980.0361-0.09590.26-0.07760.243249.896444.851549.0293
21.13610.34050.24231.62050.25161.2062-0.03770.07160.0433-0.0810.0759-0.1516-0.08680.2161-0.0240.0924-0.02460.01430.152-0.05120.104441.457847.496834.8723
32.25070.34090.05320.1473-0.31122.32150.0180.00080.00740.2225-0.05920.11220.0201-0.15960.04860.15820.0179-0.00040.1306-0.02160.118933.738837.531942.5901
41.1043-0.4077-0.55091.27490.84590.9864-0.0662-0.0833-0.03610.35170.06730.08790.12310.0131-0.00030.25110.03230.00210.12050.00780.087229.241749.744458.7547
52.03880.19480.02020.96880.35041.4562-0.0163-0.3684-0.06110.36970.0973-0.09250.004-0.0325-0.06180.16290.0113-0.01610.1680.00910.08833.331386.518154.4028
61.0786-0.05070.241.627-0.481.94050.0264-0.0814-0.0610.03570.0870.12990.0701-0.0861-0.10150.0522-0.0011-0.00120.10630.02990.098826.125380.111244.1084
73.09520.33520.01850.04960.18552.62850.01170.11280.07120.041-0.1025-0.1554-0.0120.04850.06990.119-0.0287-0.01710.09340.03210.117636.074891.503339.4754
81.8848-1.1651-0.59670.92170.06480.7803-0.04150.10630.2357-0.00520.0053-0.271-0.05170.04360.04520.1349-0.0578-0.02290.13040.01690.179249.941884.953641.5107
93.3917-0.6345-2.08992.76751.3124.2085-0.2555-0.0474-0.2176-0.05030.0362-0.31650.32150.21490.20040.1685-0.0203-0.00810.1230.03240.22357.39770.622541.7878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 67 )A28 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 182 )A68 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 183 through 217 )A183 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 218 through 327 )A218 - 327
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 85 )B28 - 85
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 86 through 182 )B86 - 182
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 183 through 217 )B183 - 217
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 218 through 285 )B218 - 285
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 286 through 327 )B286 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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