[日本語] English
万見
- PDB-2dji: Crystal Structure of Pyruvate Oxidase from Aerococcus viridans co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dji
タイトルCrystal Structure of Pyruvate Oxidase from Aerococcus viridans containing FAD
要素Pyruvate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate oxidase / pyruvate oxidase activity / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #940 / Pyruvate oxidase / : / : / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #940 / Pyruvate oxidase / : / : / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyruvate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aerococcus viridans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Juan, E.C.M. / Hossain, M.T. / Suzuki, K. / Yamamoto, T. / Imamura, S. / Sekiguchi, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: The structures of pyruvate oxidase from Aerococcus viridans with cofactors and with a reaction intermediate reveal the flexibility of the active-site tunnel for catalysis.
著者: Juan, E.C.M. / Hoque, M.M. / Hossain, M.T. / Yamamoto, T. / Imamura, S. / Suzuki, K. / Sekiguchi, T. / Takenaka, A.
履歴
登録2006年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5216
ポリマ－65,3521
非ポリマー1,1705
水12,484693
1
A: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,08524
ポリマ－261,4064
非ポリマー4,67920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area31330 Å2
ΔGint-382 kcal/mol
Surface area71640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.590, 105.250, 155.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2189-

HOH

21A-2190-

HOH

31A-2191-

HOH

41A-2192-

HOH

51A-2193-

HOH

61A-2194-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate oxidase


分子量: 65351.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aerococcus viridans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9X9K8*PLUS, pyruvate oxidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M ammonium sulfate in 20mM sodium phosphate buffer, pH 7.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 84186 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1POX

1pox


解像度: 1.6→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
詳細: THE AMINO ACID RESIDUES 471-491 HAVE HIGH B-FACTOR VALUES AND MOST OF THEIR ATOMS HAVE LOW OCCUPANCY. THIS REGION, WHICH IS ASSUMED TO HAVE HIGH FLEXIBILITY, IS ALSO FOUND IN OTHER THIAMIN ...詳細: THE AMINO ACID RESIDUES 471-491 HAVE HIGH B-FACTOR VALUES AND MOST OF THEIR ATOMS HAVE LOW OCCUPANCY. THIS REGION, WHICH IS ASSUMED TO HAVE HIGH FLEXIBILITY, IS ALSO FOUND IN OTHER THIAMIN DIPHOSPHATE-DEPENDENT ENZYMES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 6173 -RANDOM
Rwork0.183 ---
all-83505 --
obs-61377 73.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.544 Å20 Å20 Å2
2---3.7 Å20 Å2
3---7.244 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4598 0 73 693 5364

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る