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- PDB-4zvj: Structure of human triose phosphate isomerase K13M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zvj
タイトルStructure of human triose phosphate isomerase K13M
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Triose phosphate isomerase / TIM / dimer / glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / Gluconeogenesis / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / canonical glycolysis / glycerol catabolic process / Glycolysis ...methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / Gluconeogenesis / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / canonical glycolysis / glycerol catabolic process / Glycolysis / gluconeogenesis / glycolytic process / ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6996 Å
データ登録者Amrich, C.G. / Smith, C. / Heroux, A. / VanDemark, A.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103369 米国
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2015
タイトル: Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
著者: Roland, B.P. / Amrich, C.G. / Kammerer, C.J. / Stuchul, K.A. / Larsen, S.B. / Rode, S. / Aslam, A.A. / Heroux, A. / Wetzel, R. / VanDemark, A.P. / Palladino, M.J.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5184
ポリマ－54,4562
非ポリマー622
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.066, 73.530, 92.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27228.029 Da / 分子数: 2 / 変異: K13M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPI1, TPI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon+ RILP / 参照: UniProt: P60174, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 35% PEG 2000 MME, 50 mM KBr, Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6996→50 Å / Num. obs: 49677 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.896 / Net I/av σ(I): 42.049 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 608944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2
1.6996-1.7311.20.58624410.602
1.73-1.7611.80.51124650.484
1.76-1.7911.70.45424770.5
1.79-1.83120.38124140.515
1.83-1.8712.50.33424580.533
1.87-1.9112.40.30924470.754
1.91-1.9611.70.25724640.719
1.96-2.0212.50.224520.645
2.02-2.0712.50.1824510.791
2.07-2.1411.90.1524680.737
2.14-2.2212.80.12424630.81
2.22-2.3112.60.12224601.058
2.31-2.4111.90.09724890.912
2.41-2.5412.90.08624650.935
2.54-2.712.10.07424981.028
2.7-2.9113.10.06224741.1
2.91-3.212.30.05125231.245
3.2-3.6612.70.04425191.43
3.66-4.6112.50.03725551.51
4.61-5011.70.03626941.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4POC

4poc


解像度: 1.6996→11.995 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 2475 5.08 %Random Selection
Rwork0.1466 46285 --
obs0.1487 48760 98.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.09 Å2 / Biso mean: 31.7994 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6996→11.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3711 0 2 386 4099
Biso mean--49.8 38.62 -
残基数----492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8355147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5941380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6996-1.73220.28611350.19592308244390
1.7322-1.76750.23451360.16572469260595
1.7675-1.80580.26321240.15872488261297
1.8058-1.84770.2281320.15032520265297
1.8477-1.89370.20641320.15242557268998
1.8937-1.94470.19271250.14662501262697
1.9447-2.00170.20071230.14442578270199
2.0017-2.0660.20691440.14752567271199
2.066-2.13940.21081490.14982563271299
2.1394-2.22450.19871350.13682581271699
2.2245-2.32510.18831500.13312604275499
2.3251-2.44670.16931260.137125912717100
2.4467-2.59850.19811200.147726312751100
2.5985-2.79680.19741430.157726062749100
2.7968-3.0740.20051660.150326312797100
3.074-3.5090.17421290.150426532782100
3.509-4.38480.15571570.135726622819100
4.3848-11.99560.1691490.14827752924100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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