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- PDB-4zv4: Structure of Tse6 in complex with EF-Tu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zv4
タイトルStructure of Tse6 in complex with EF-Tu
要素
  • Elongation factor Tu
  • Tse6
キーワードTRANSLATION / T6SS effector / translation elongation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / translational elongation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding ...protein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / translational elongation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial toxin 46 / Bacterial toxin 46 / PAAR motif / PAAR motif / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal ...Bacterial toxin 46 / Bacterial toxin 46 / PAAR motif / PAAR motif / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Elongation factor Tu / NAD(P)(+) glycohydrolase toxin Tse6
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.504 Å
データ登録者Whitney, J.C. / Sawai, S. / Robinson, H. / Mougous, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI080609 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA-1-13-014 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: An interbacterial NAD(P)(+) glycohydrolase toxin requires elongation factor Tu for delivery to target cells.
著者: John C Whitney / Dennis Quentin / Shin Sawai / Michele LeRoux / Brittany N Harding / Hannah E Ledvina / Bao Q Tran / Howard Robinson / Young Ah Goo / David R Goodlett / Stefan Raunser / Joseph D Mougous /
要旨: Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane ...Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane toxin from Pseudomonas aeruginosa, Tse6, acts on target cells by degrading the universally essential dinucleotides NAD(+) and NADP(+). Structural analyses of Tse6 show that it resembles mono-ADP-ribosyltransferase proteins, such as diphtheria toxin, with the exception of a unique loop that both excludes proteinaceous ADP-ribose acceptors and contributes to hydrolysis. We find that entry of Tse6 into target cells requires its binding to an essential housekeeping protein, translation elongation factor Tu (EF-Tu). These proteins participate in a larger assembly that additionally directs toxin export and provides chaperone activity. Visualization of this complex by electron microscopy defines the architecture of a toxin-loaded T6S apparatus and provides mechanistic insight into intercellular membrane protein delivery between bacteria.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu
C: Tse6
D: Tse6
B: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1738
ポリマ－129,2384
非ポリマー9354
水00
1
A: Elongation factor Tu
C: Tse6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0864
ポリマ－64,6192
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Tse6
B: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0864
ポリマ－64,6192
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.109, 176.109, 86.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Elongation factor Tu / EF-Tu


分子量: 44494.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: tufA, PA4265, tufB, PA4277 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: P09591
#2: タンパク質 Tse6


分子量: 20124.150 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 265-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA0093 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9I739
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% (w/v) PEG 3350, 0.2M ammonium formate pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 32569 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.6 % / Net I/σ(I): 39.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFC

1efc


解像度: 3.504→48.844 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 1637 5.03 %
Rwork0.2299 --
obs0.2326 32568 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.504→48.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8003 0 58 0 8061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70711242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1532863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5037-3.60680.38931350.32412580X-RAY DIFFRACTION99
3.6068-3.72320.3511290.28332558X-RAY DIFFRACTION100
3.7232-3.85620.3211420.25892588X-RAY DIFFRACTION100
3.8562-4.01050.33441370.25872563X-RAY DIFFRACTION100
4.0105-4.1930.35111370.24022588X-RAY DIFFRACTION100
4.193-4.41390.2711400.21672567X-RAY DIFFRACTION100
4.4139-4.69020.27291360.19892576X-RAY DIFFRACTION100
4.6902-5.0520.23241380.19962604X-RAY DIFFRACTION100
5.052-5.55980.22811310.21742554X-RAY DIFFRACTION100
5.5598-6.36280.30061430.24942583X-RAY DIFFRACTION100
6.3628-8.01070.31511320.24262590X-RAY DIFFRACTION100
8.0107-48.84860.24561370.20592580X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38960.285-1.8011.8128-0.56911.37920.11810.0264-0.27330.5203-0.1704-0.1258-0.34450.14620.00390.5261-0.0242-0.10150.30070.07420.3997-24.703214.1473-6.5981
22.4587-0.8760.42671.48520.11911.128-0.1333-0.1004-0.2905-0.1846-0.010.3835-0.0849-0.419900.5507-0.00180.02940.5392-0.12070.6453-55.033323.5131-9.0516
30.48850.3098-0.75631.2726-1.31011.452-0.11960.22810.17060.0320.2148-0.0840.5221-0.458900.7551-0.05740.00420.78070.02120.503-64.5404-34.690418.6753
40.0549-0.0115-0.3758-0.05480.1015-0.17470.7484-0.2344-0.4627-0.1389-0.0641-0.3459-0.1994-0.023802.3920.66790.03791.2914-0.2796-0.1263-78.1004-10.966142.9298
50.0839-0.0190.0465-0.09250.07630.00740.51830.2358-0.60160.13590.46210.8177-0.2109-0.35320.04431.40991.76720.773.7869-2.11640.3868-87.169-11.224646.6983
60.57330.29050.0652-0.13580.11040.4263-0.849-0.24890.66960.16010.4515-0.3947-2.26530.1407-0.52432.72280.1195-0.2620.52490.19880.812-66.2036-5.386327.5528
70.7791-0.1627-0.33470.2041-0.04230.2419-0.2207-1.21060.096-0.0432-0.17090.46450.90890.30660.0110.87340.0938-0.00030.52940.08870.9832-22.2612-10.0496-13.0565
80.01620.0163-0.0226-0.09660.08120.0258-0.68850.1847-0.2050.3211-0.171-0.8969-0.2072-0.0995-0.00030.95-0.0535-0.03270.67170.06290.8262-27.3296-3.92155.4037
90.2635-0.0866-0.00310.2617-0.01610.4418-0.32360.1233-0.14280.24150.20230.1662-0.43040.46580.0130.86090.046-0.08710.60680.05920.9207-29.5782-8.921617.9129
10-0.02310.0315-0.00450.03170.01470.0844-0.1656-0.55060.5981-0.5256-0.1978-0.1698-0.92620.2317-0.0031.0537-0.229-0.05951.04090.3770.5565-27.1146-14.551228.2838
111.0743-0.4569-0.14940.30390.28690.37590.26930.2108-0.92521.1044-0.7356-0.22880.6262-0.421-0.07960.5742-0.05240.13130.59260.36241.0618-29.3311-23.343724.2331
120.64690.1341-0.01360.0696-0.0387-0.0309-0.11690.7266-1.26981.0687-0.54930.4739-1.44030.3132-0.01511.47420.1017-0.01550.53670.15680.4945-33.3934-12.265927.2872
130.2009-0.0140.29750.05110.1578-0.00720.2528-0.4393-0.2999-0.38410.01-0.9896-0.2010.15310.07030.7832-0.0058-0.17180.69090.21660.8163-25.9475-17.44319.2742
14-0.1635-0.0790.04930.00130.07980.0346-0.09-0.5507-0.0293-0.31280.4824-0.01510.44510.00350.00030.67260.0004-0.10221.08880.33830.7141-47.6899-31.38553.243
150.0510.9484-0.33740.3278-0.03390.8503-0.1237-0.5714-0.3124-0.66460.49020.4944-0.2052-0.19150.04860.47080.0477-0.23540.53230.17950.6805-45.7059-17.123-14.8063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 202 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 203 through 401 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 10 through 202 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 203 through 254 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 255 through 276 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 277 through 397 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 262 through 279 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 280 through 299 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 300 through 335 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 336 through 345 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 346 through 369 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 370 through 388 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 389 through 423 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 265 through 313 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 314 through 427 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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