PDB-4zv2: An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zv2

タイトル

An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine

要素

AncQR

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / periplasmic binding protein / solute binding protein / transport / amino acid

機能・相同性

GLUTAMINE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Clifton, B.E. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Ancestral Protein Reconstruction Yields Insights into Adaptive Evolution of Binding Specificity in Solute-Binding Proteins.
著者: Clifton, B.E. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2015年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zv2.cif.gz	64.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zv2.ent.gz	45.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zv2_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zv2_full_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示
XML形式データ	4zv2_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	4zv2_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zv1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fxg-1 1wdn-d 4zv1-d 4dcc-d 4dfd-2 4dfd-1 3k2m-1 3vvf-1 4f72-2 3p9y-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AncQR

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.200, 61.300, 104.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AncQR 分子量: 25725.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-GLN / GLUTAMINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 24% (w/v) PEG 3350, microseeds from crushed crystals produced using same precipitant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→36.2 Å / Num. obs: 43838 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 1.871 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
Aimless	0.1.29	データスケーリング
MOSFLM	7.0.9	データ削減
MOLREP	11.1.00	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZV1

4zv1

解像度: 1.43→34.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.072 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20487	2193	5 %	RANDOM
R_work	0.18175	-	-	-
obs	0.18293	41372	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.311 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.43→34.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1720	0	10	266	1996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.019	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.299	1.975	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1	3	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.293	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.957	25.921	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.651	15	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.745	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.159	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.646	1.307	919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.647	1.308	918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.453	1.953	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.452	1.952	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.674	1.518	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.674	1.518	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.033	2.161	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.463	11.438	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.402	10.789	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	142	-
R_work	0.286	2900	-
obs	-	-	95.42 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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