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- PDB-4zuv: Crystal structure of Equine MHC I(Eqca-N*00602) in complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zuv
タイトルCrystal structure of Equine MHC I(Eqca-N*00602) in complexed with equine infectious anaemia virus (EIAV) derived peptide Env-RW12
要素
  • ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP
  • Beta-2-microglobulin
  • Classical MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / lentivirus vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gp90 envelope polyprotein of equine infectious anemia virus (EIAV) / EIAV coat protein, gp90 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Gp90 envelope polyprotein of equine infectious anemia virus (EIAV) / EIAV coat protein, gp90 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Envelope glycoprotein / Classical MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yao, S. / Liu, J. / Qi, J. / Chen, R. / Zhang, N. / Liu, Y. / Xia, C.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structural Illumination of Equine MHC Class I Molecules Highlights Unconventional Epitope Presentation Manner That Is Evolved in Equine Leukocyte Antigen Alleles
著者: Yao, S. / Liu, J. / Qi, J. / Chen, R. / Zhang, N. / Liu, Y. / Wang, J. / Wu, Y. / Gao, G.F. / Xia, C.
履歴
登録2015年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Classical MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP
D: Classical MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5756
ポリマ－89,5756
非ポリマー00
水6,269348
1
A: Classical MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7883
ポリマ－44,7883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
2
D: Classical MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7883
ポリマ－44,7883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.518, 71.441, 99.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Classical MHC class I antigen


分子量: 31599.658 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q860N6
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / Mutation: A85D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量: 1483.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
参照: UniProt: P16082*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M magnesium chloride hexahydrare, 0.1 M HEPES, 22% w/v polyacrylic acid sodium salt 5,100
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 50912 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.988
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.876 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 1Q94

1q94


解像度: 2.3→31.836 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 2487 5.1 %
Rwork0.1996 --
obs0.2013 48752 91.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.816 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1127 Å2-0 Å20.8928 Å2
2--0.5636 Å2-0 Å2
3---0.5491 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6302 0 0 348 6650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.878798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7572356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2632-2.30680.2831460.2642843X-RAY DIFFRACTION30
2.3068-2.35380.27461250.25882420X-RAY DIFFRACTION87
2.3538-2.4050.29811270.25622441X-RAY DIFFRACTION88
2.405-2.46090.3091520.24092469X-RAY DIFFRACTION89
2.4609-2.52240.25861380.24342545X-RAY DIFFRACTION92
2.5224-2.59060.30261440.24052551X-RAY DIFFRACTION92
2.5906-2.66680.2921330.24142661X-RAY DIFFRACTION94
2.6668-2.75280.29051450.23792672X-RAY DIFFRACTION96
2.7528-2.85120.27051410.24772709X-RAY DIFFRACTION97
2.8512-2.96520.29231530.24472702X-RAY DIFFRACTION98
2.9652-3.10010.29651530.23932775X-RAY DIFFRACTION99
3.1001-3.26340.28821250.21942780X-RAY DIFFRACTION99
3.2634-3.46760.21651630.20572757X-RAY DIFFRACTION99
3.4676-3.7350.21391560.1852793X-RAY DIFFRACTION100
3.735-4.11010.18961510.16722778X-RAY DIFFRACTION99
4.1101-4.70320.1731450.15222793X-RAY DIFFRACTION99
4.7032-5.91940.20051480.15642834X-RAY DIFFRACTION100
5.9194-31.83880.20931420.19362742X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.0423 Å / Origin y: 5.7926 Å / Origin z: -18.0377 Å
111213212223313233
T0.1794 Å20.0053 Å20.027 Å2-0.1862 Å20.0088 Å2--0.2052 Å2
L0.2502 °2-0.0111 °20.4044 °2-0.2664 °2-0.03 °2--0.6511 °2
S-0.0078 Å °-0.0261 Å °0.0597 Å °-0.0257 Å °-0.0403 Å °-0.0217 Å °0.0397 Å °-0.0505 Å °0.043 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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