PDB-4zt0: Crystal structure of catalytically-active Streptococcus pyogenes ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zt0

タイトル

Crystal structure of catalytically-active Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with single-guide RNA at 2.9 Angstrom resolution

要素

CRISPR-associated endonuclease Cas9
single-guide RNA

キーワード

HYDROLASE/RNA / CRISPR-Cas9 / bacteria adaptive immunity / DNA endonuclease / HYDROLASE-RNA complex / genome editing and regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Jiang, F. / Doudna, J.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: A Cas9-guide RNA complex preorganized for target DNA recognition.
著者: Jiang, F. / Zhou, K. / Ma, L. / Gressel, S. / Doudna, J.A.

履歴

登録	2015年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zt0.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zt0.ent.gz	1017.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/4zt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/4zt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cas9

B: single-guide RNA

C: CRISPR-associated endonuclease Cas9

D: single-guide RNA

375 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CRISPR-associated endonuclease Cas9

B: single-guide RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CRISPR-associated endonuclease Cas9

D: single-guide RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.238, 143.002, 294.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Csn1 protein / Cas9 / CRISPR-Cas9 分子量: 159804.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: csn1, cas9, ERS445054_00848, MTB314_0777 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C6FZC2, UniProt: Q99ZW2*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖	single-guide RNA 分子量: 27501.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12% w/v PEG8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 250 mM sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→102.7 Å / Num. all: 97517 / Num. obs: 97000 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 75.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.153 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2637	4800	4.96 %	SAD-MR was used
R_work	0.2382	-	-	-
obs	0.2395	96760	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20700	3090	0	0	23790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	24530
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554	33892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.069	9424
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.933	0.3706	164	0.3514	2826	X-RAY DIFFRACTION	93
2.933-2.9675	0.3706	136	0.3426	2912	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9675-3.0037	0.3475	138	0.3255	2965	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0037-3.0417	0.384	163	0.3193	3015	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0417-3.0817	0.3559	150	0.3232	2950	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0817-3.1239	0.3656	157	0.3223	3076	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1239-3.1685	0.3578	154	0.3183	2998	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1685-3.2158	0.3428	177	0.3133	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2158-3.266	0.3047	145	0.2879	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.266-3.3196	0.2873	136	0.2745	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3196-3.3768	0.3143	168	0.2766	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3768-3.4382	0.2731	159	0.2764	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4382-3.5043	0.325	147	0.2592	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5043-3.5758	0.3116	165	0.2599	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5758-3.6535	0.2845	161	0.2507	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6535-3.7385	0.275	162	0.2514	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7385-3.832	0.2699	166	0.2383	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.832-3.9355	0.2429	172	0.2266	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9355-4.0513	0.2304	185	0.2242	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0513-4.182	0.2473	163	0.2182	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.3314	0.2469	152	0.2116	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3314-4.5047	0.2035	153	0.2067	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5047-4.7095	0.1937	150	0.1945	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7095-4.9576	0.2212	146	0.2027	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9576-5.2679	0.2509	166	0.202	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2679-5.6741	0.2778	187	0.2247	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6741-6.2441	0.2711	164	0.233	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2441-7.1452	0.2559	158	0.2391	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1452-8.9932	0.2173	167	0.2121	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9932-49.1599	0.2511	189	0.2268	3292	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4268	0.312	0.1292	1.4205	-0.4296	0.5619	-0.2213	-0.0072	-0.1818	-0.1668	-0.3849	-0.7133	0.3991	0.3369	-0.4115	0.4918	0.2873	0.1566	0.6243	0.6596	0.8512	41.76	-4.2478	-40.5455
2	1.3225	-0.403	0.633	1.7162	-0.3594	1.7197	-0.2059	0.3307	0.3377	-0.7795	-0.3913	-0.5881	0.3412	0.0228	0.0815	0.6819	0.1215	0.1702	0.6171	0.181	0.6764	35.4728	-0.1983	-57.1491
3	0.2159	-0.6645	-0.1515	4.7488	-1.5179	1.8454	0.1146	0.1786	-0.0468	-0.7139	-0.0596	0.2055	-0.0129	0.0901	-0.0402	0.5629	-0.0804	-0.0909	0.638	0.1301	0.5587	0.0587	15.537	-46.1095
4	1.763	-0.4806	0.1512	2.3799	-0.5136	1.5282	-0.2033	-0.1794	0.1655	0.459	0.1037	0.1419	-0.166	0.2425	0.1206	0.482	-0.0542	0.0336	0.4354	0.0512	0.3704	8.2918	6.5164	-18.8585
5	6.9716	0.8204	0.4781	1.6671	1.1569	2.1217	-0.4529	-0.3955	0.4024	-0.3363	-0.177	-0.9981	-0.3148	0.4082	0.1922	0.7046	-0.0357	0.0384	0.8532	0.482	1.0117	47.1143	-6.3807	-33.7753
6	3.1247	-0.0267	0.5989	1.3117	0.5155	0.3201	0.3936	-1.7935	-0.5669	0.1653	-0.4244	0.474	0.3735	-0.3881	-0.271	1.7825	-0.7274	-1.1507	3.2298	0.6679	2.9534	74.0323	5.0047	-4.0826
7	0.8173	-0.2589	-1.9013	5.2554	4.4613	7.282	0.2725	-0.0416	-0.2736	0.85	1.1362	-1.068	0.3249	1.4519	-1.1108	0.9822	-0.0764	-0.5892	1.3688	0.4879	2.1364	69.1977	4.4133	-24.3621
8	0.3909	-0.5431	0.2522	1.1955	0.0784	0.7916	-0.2543	-0.3353	-0.5246	0.0314	-0.2736	-0.4239	0.3698	0.213	-0.0225	0.6852	0.099	0.2235	0.6443	0.3905	0.7765	34.2704	-17.5727	-30.7422
9	8.6079	-1.6713	1.1649	8.4141	0.841	8.4125	0.3705	0.705	-0.4279	-0.0463	-0.2557	0.0836	0.5927	0.1844	-0.1229	0.743	0.0708	0.1637	0.4099	0.081	0.6285	3.5676	-23.1544	-22.168
10	5.3712	-0.6557	1.8141	0.8331	-0.2683	1.5836	-0.0426	0.263	0.0254	0.2044	-0.0727	0.0814	-0.1391	-0.0843	0.1193	0.7766	-0.0052	-0.0365	0.4466	-0.0563	0.3274	15.3563	-53.9147	-29.0622
11	0.9806	-1.3957	-0.6534	5.4679	1.4378	1.6471	-0.0415	0.0946	-0.2086	-0.5407	-0.0402	-0.1381	-0.0333	-0.1398	0.0681	0.5172	-0.1032	0.0305	0.3849	-0.1397	0.4014	6.1833	-75.0843	-52.8551
12	3.606	0.8299	-3.301	2.7834	-1.2582	5.2039	-0.564	0.3081	-1.1342	0.2474	-0.0715	0.5938	0.0682	-0.4362	0.5463	0.6523	-0.0534	0.1388	0.5993	-0.0625	0.8421	-7.1071	-74.4509	-37.2102
13	2.2076	-0.1692	-0.2257	1.7521	-0.5336	1.612	-0.2476	0.6654	-0.1459	-0.1508	0.0962	0.3762	0.1476	-0.2931	0.0655	0.5606	-0.0293	0.0202	0.5302	-0.1661	0.4392	-5.5213	-59.6677	-44.5666
14	4.078	-2.1691	-3.022	4.9493	4.0883	5.8544	-0.3248	0.7494	-0.4718	-0.4126	-0.0501	0.0841	0.0263	-0.0868	0.2192	0.693	-0.2177	0.1493	0.9126	-0.0617	0.5522	26.4197	-62.8746	-66.4253
15	1.4762	1.0396	1.9479	1.0241	0.3937	4.932	-0.1838	0.6554	-0.404	-0.2313	0.2427	-0.3926	-0.5529	0.7088	-0.0722	0.6507	0.0611	0.0098	1.153	-0.0961	0.7052	44.5602	-61.2544	-53.4886
16	1.2719	-1.5149	0.1152	2.5628	-0.1717	2.6387	0.3407	0.9671	-1.2276	-0.5664	-0.271	0.1994	0.9757	0.2142	-0.0614	1.2557	0.1827	-0.1732	1.7707	-0.5211	1.4558	49.8154	-88.6219	-43.7345
17	2.6052	-0.11	1.1138	0.6845	-0.85	1.2247	-0.1889	0.1876	-0.4783	0.1618	0.0359	-0.2078	0.0002	0.1086	-0.085	0.7819	0.098	-0.16	0.6456	-0.1799	0.5845	44.2556	-68.8268	-19.5998
18	4.2788	-1.4907	0.4666	2.0624	1.9896	4.191	-0.1709	-0.5358	-0.5895	0.7281	-0.0469	0.823	0.3198	-0.8536	0.2342	0.6113	-0.0887	-0.1102	0.6345	0.0409	0.4769	41.0367	-76.404	-8.8482
19	5.0919	-0.0352	-3.1342	1.6874	0.3121	5.636	-0.6167	-0.3738	-0.4094	0.2452	0.2282	0.1923	0.6197	-0.1007	0.4017	0.7984	0.0549	0.0179	0.5769	-0	0.4337	3.4951	-60.1331	-31.4762
20	3.4455	-2.6756	-4.4027	4.9347	2.6435	5.9504	-0.1137	-1.6802	-0.1335	2.699	0.9195	0.6218	-0.4271	-0.4146	-0.7454	1.9345	0.0619	0.4	1.5197	0.1623	1.1709	-19.6483	-70.6472	-0.6081
21	4.4507	-0.0414	-2.2895	1.9389	3.6071	7.8028	-0.1749	-0.7456	-1.1042	0.9761	0.1698	0.6417	1.2527	-0.2936	0.1213	1.2063	0.1256	0.5739	1.1138	0.2268	1.0561	-17.9946	-72.5378	-19.2566
22	2.3848	-0.212	1.004	0.8343	-0.3029	0.4928	-0.2646	-0.2488	0.3359	0.3349	0.0896	-0.0984	-0.071	0.055	0.1586	0.7892	0.0943	-0.1121	0.6282	-0.127	0.42	16.6467	-48.8408	-29.6761
23	7.394	2.1913	1.6211	1.3618	-1.5302	5.9876	0.0935	1.2706	0.7081	0.4251	-0.6092	0.0349	-1.0759	0.411	0.4268	1.4882	0.1054	-0.4187	0.7551	0.1357	1.1322	48.4636	-42.2518	-22.2984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 255 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 256 through 712 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 713 through 1018 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1019 through 1366 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 68 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 69 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 4 through 150 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 151 through 283 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 284 through 376 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 377 through 455 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 456 through 653 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 654 through 750 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 751 through 980 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 981 through 1280 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1281 through 1366 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 11 through 31 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 32 through 37 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 38 through 44 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 45 through 68 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 69 through 82 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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