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- PDB-4zru: X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zru
タイトルX-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (Ls-AChBP) in complex with 3-[2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethynyl]pyridine (TI-5180)
要素Acetylcholine-binding protein
キーワードACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / nicotinic / acetylcholine / Ls-AChBP
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-[(2S)-pyrrolidin-2-ylethynyl]pyridine / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bobango, J. / Sankaran, B. / Park, J.F. / Wu, J. / Talley, T.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Comparisons of Binding Affinities for Neuronal Nicotinic Receptors (NNRs) and AChBPs, and Structural Features of a High-Affinity, Non-selective NNR Ligand-AChBP Co-crystal Structure
著者: Talley, T.T.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,26730
ポリマ－248,59510
非ポリマー2,67220
水27,9231550
1
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,63315
ポリマ－124,2975
非ポリマー1,33610
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area39000 Å2
手法PISA
2
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,63315
ポリマ－124,2975
非ポリマー1,33610
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area38410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.910, 108.870, 122.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / AchBP


分子量: 24859.496 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 20-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-TI9 / 3-[(2S)-pyrrolidin-2-ylethynyl]pyridine


分子量: 172.226 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.26 M ammonium phosphate, 35% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 88 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.854→92.511 Å / Num. obs: 203061 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 23.75 Å2 / Rmerge F obs: 0.098 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 17.62 / Num. measured all: 1095391
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.854-1.90.8270.6981.895364515271129650.80184.9
1.9-1.950.560.512.86204014881138870.57993.3
1.95-2.010.3710.3714.37454014494143220.41398.8
2.01-2.070.2750.35.67897914071140290.33199.7
2.07-2.140.2130.2367.187691013633135870.2699.7
2.14-2.210.1690.1928.817402613157131130.21299.7
2.21-2.290.1360.15410.857169612724126760.1799.6
2.29-2.390.1090.12912.716908312259122200.14299.7
2.39-2.490.0910.10715.016602011737117210.11899.9
2.49-2.620.0750.09117.396320611234112040.199.7
2.62-2.760.0590.07320.936020410706106720.0899.7
2.76-2.930.0470.06124.155694210140101110.06799.7
2.93-3.130.0350.04829.1253027951794880.05399.7
3.13-3.380.0270.03933.7248707885888310.04399.7
3.38-3.70.0220.03238.4343973815581190.03599.6
3.7-4.140.0180.02941.4639824739873700.03299.6
4.14-4.780.0160.02744.7435434655865320.0399.6
4.78-5.850.0170.02944.0830129554655220.03299.6
5.85-8.270.0170.02843.7723990431442980.03199.6
8.270.0130.02248.0713016241723940.02599

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4ZJT & 4ZK1

4zjt

4zk1


解像度: 1.9→90 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 9550 5.04 %
Rwork0.1709 179972 -
obs0.1726 189522 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.04 Å2 / Biso mean: 26.2217 Å2 / Biso min: 10.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15908 0 300 1550 17758
Biso mean--25.07 33.3 -
残基数----2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09522622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1735798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92160.29533160.23865465578191
1.9216-1.94420.27612870.21725802608995
1.9442-1.96790.26673220.19735789611197
1.9679-1.99280.23693140.1935981629599
1.9928-2.01910.24423240.187560746398100
2.0191-2.04670.2412820.183360126294100
2.0467-2.0760.21953250.179160066331100
2.076-2.10690.24473160.182460096325100
2.1069-2.13990.25143340.179859706304100
2.1399-2.1750.21743380.177960366374100
2.175-2.21250.2293190.185160036322100
2.2125-2.25270.2173150.178359906305100
2.2527-2.2960.223140.174960216335100
2.296-2.34290.21373150.172960366351100
2.3429-2.39380.19992950.186960726367100
2.3938-2.44950.24593310.179659896320100
2.4495-2.51080.223250.180560536378100
2.5108-2.57870.24853240.180959936317100
2.5787-2.65460.1763300.17260686398100
2.6546-2.74030.2143340.174359786312100
2.7403-2.83820.21993250.183859806305100
2.8382-2.95190.22033350.178160366371100
2.9519-3.08620.21752970.17660866383100
3.0862-3.24890.19472950.176260476342100
3.2489-3.45250.21182690.167860926361100
3.4525-3.71910.19183020.158360816383100
3.7191-4.09330.16583330.149160416374100
4.0933-4.68560.15783630.134360276390100
4.6856-5.90330.16643150.154260946409100
5.9033-92.62110.20173560.18426141649799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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