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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zrb
タイトルCrystal Structure of Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851 with Coenzyme A from Streptococcus pneumoniae TIGR4
要素Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
キーワードHYDROLASE / PaaI thioesterase / Hotdog fold / Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-coenzyme A thioesterase 13 / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of the PaaI Thioesterase from Streptococcus pneumoniae Reveals a Dual Specificity for Phenylacetyl-CoA and Medium-chain Fatty Acyl-CoAs and a ...タイトル: Structural and Functional Characterization of the PaaI Thioesterase from Streptococcus pneumoniae Reveals a Dual Specificity for Phenylacetyl-CoA and Medium-chain Fatty Acyl-CoAs and a Novel CoA-induced Fit Mechanism.
著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Sarker, S. / Swarbrick, C.M. / Aragao, D. / Cowieson, N. / Forwood, J.K.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Derived calculations
改定 1.22015年11月18日Group: Data collection / Database references
改定 1.32016年2月3日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
B: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
C: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
D: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
E: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
G: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
H: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
F: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,95212
ポリマ－121,8828
非ポリマー3,0704
水7,728429
1
A: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
D: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
E: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
H: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4766
ポリマ－60,9414
非ポリマー1,5352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
B: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
C: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
G: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
F: Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4766
ポリマ－60,9414
非ポリマー1,5352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.160, 71.860, 82.430
Angle α, β, γ (deg.)82.65, 81.38, 79.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851 / Paal Thioesterase


分子量: 15235.274 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1851 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97NZ8, UniProt: A0A0M3KL39*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M TrisHCl, 30% PEG4000 / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→81.06 Å / Num. obs: 54113 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LBB

3lbb


解像度: 2.2→81.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 0.006 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 2715 5 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.20455 51359 95.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→81.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7703 0 192 429 8324
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 203 -
Rwork0.237 3815 -
obs--96.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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