PDB-4zqv: CdiI Immunity protein from Yersinia kristensenii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zqv

タイトル

CdiI Immunity protein from Yersinia kristensenii

要素

CdiI Immunity protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunity

機能・相同性

NMB0488-like fold / NMB0488-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Yersinia kristensenii ATCC 33638 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Morse, R.P. / Goulding, C.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Diversification of beta-Augmentation Interactions between CDI Toxin/Immunity Proteins.
著者: Morse, R.P. / Willett, J.L. / Johnson, P.M. / Zheng, J. / Credali, A. / Iniguez, A. / Nowick, J.S. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2015年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zqv.cif.gz	49 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zqv.ent.gz	32.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/4zqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/4zqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zquC 4zqwC 4g6uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jxe-1 2akp-2 3rzu-2 3rzu-7 6cwm-d 3rzu-1 5kso-d 4jxe-2 5lb4-d 6ndq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CdiI Immunity protein

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.448, 54.448, 54.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	CdiI Immunity protein 分子量: 19845.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia kristensenii ATCC 33638 (バクテリア) 遺伝子: ykris0001_10740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C4TS51
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16618 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 9.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G6U

4g6u

解像度: 1.803→23.584 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	1673	10.09 %
R_work	0.1813	-	-
obs	0.1853	16580	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→23.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1283	0	0	130	1413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	1776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.713	478
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	230

LS精密化シェル

解像度: 1.8031→1.8561 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2804	142	-
R_work	0.2239	1223	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)