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- PDB-4zqa: Crystal Structure of the Sds3 Dimerization Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqa
タイトルCrystal Structure of the Sds3 Dimerization Domain
要素Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / transcription repression / histone deacetylase complex / coiled-coil / corepressor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HDACs deacetylate histones / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / Ub-specific processing proteases / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone deacetylase binding / chromatin remodeling ...HDACs deacetylate histones / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / Ub-specific processing proteases / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone deacetylase binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Chan, C.W. / Mondragon, A. / Clark, M. / Radhakrishnan, I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM64715 米国
American Heart Association14GRNT20170003 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the assembly of the histone deacetylase-associated Sin3L/Rpd3L corepressor complex.
著者: Clark, M.D. / Marcum, R. / Graveline, R. / Chan, C.W. / Xie, T. / Chen, Z. / Ding, Y. / Zhang, Y. / Mondragon, A. / David, G. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3971
ポリマ－10,3971
非ポリマー00
水2,162120
1
A: Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3

A: Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7942
ポリマ－20,7942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3590 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.460, 49.390, 106.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3 / Suppressor of defective silencing 3 protein homolog


分子量: 10396.940 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Suds3, Sds3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BR65
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15% ethanol (v/v), 200 mM MgCl2, and 100 mM imidazole
PH範囲: 7.2-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856, 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978561
20.978721
反射解像度: 1.65→35.5 Å / Num. obs: 13534 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 667 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.65→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.328 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20896 685 5.1 %RANDOM
Rwork0.15998 ---
obs0.16257 12803 93.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å2-0 Å2
2--2.57 Å20 Å2
3----3.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 0 0 120 846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.019753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3072.0011001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78131799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.509591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66125.95242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95415183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.809156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4221.705349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.281.692348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1992.551436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2112.554437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8012.351404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7972.353405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7133.261563
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.98116.641977
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.41814.639910
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.95631528
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.751533
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.06451608
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 46 -
Rwork0.238 950 -
obs--95.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.27762.68126.987210.99892.575837.63220.10620.7876-0.1521-0.49990.058-0.1572-0.16990.8248-0.16420.12590.01050.03680.17810.0030.1598-5.1788-9.3765-72.6208
22.6264-0.52424.40390.5822-0.931111.26830.07490.1939-0.05-0.0639-0.03060.03980.18220.2387-0.04430.0614-0.0094-0.00070.1246-0.00530.1347-0.4023-12.7338-48.6122
31.32870.39773.5320.45131.823814.4930.00760.0992-0.0234-0.08440.0893-0.0477-0.24030.2292-0.09690.0809-0.00260.0050.1120.0060.13819.6032-9.2313-6.8288
41.6005-3.816-6.00539.804615.307823.9263-0.16310.0261-0.09740.25020.04570.07630.43830.050.11740.20350.0046-0.00280.1474-0.00190.179211.25692.507729.6652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3A37 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4A68 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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