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- PDB-4zq9: X-ray structure of AAV-2 OBD bound to AAVS1 site 3:1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zq9
タイトルX-ray structure of AAV-2 OBD bound to AAVS1 site 3:1
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*GP*C)-3')
  • Protein Rep68
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA binding protein / Adeno-Associated Virus / Nuclease / origin-binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. ...Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Protein Rep68
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Musayev, F.N. / Zarate-Perez, F. / Escalante, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM092854 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into the Assembly of the Adeno-associated Virus Type 2 Rep68 Protein on the Integration Site AAVS1.
著者: Musayev, F.N. / Zarate-Perez, F. / Bishop, C. / Burgner, J.W. / Escalante, C.R.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rep68
B: Protein Rep68
C: Protein Rep68
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2407
ポリマ－86,1305
非ポリマー1102
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.097, 137.255, 79.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein Rep68


分子量: 24412.674 Da / 分子数: 3 / 断片: Origin binding domain (UNP residues 1-206) / 変異: Y156F, C151S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス)
株: isolate Srivastava/1982 / 遺伝子: Rep68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P03132, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6408.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 6484.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.51 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 6K, Sodium Citrate, Lithium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 105074 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 12.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.6→30 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1949 5.28 %
Rwork0.2046 --
obs0.2059 36888 85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4581 855 2 58 5496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6767851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5042151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6650.3395630.26621174X-RAY DIFFRACTION40
2.665-2.73710.2967860.2761575X-RAY DIFFRACTION53
2.7371-2.81760.33231150.27581868X-RAY DIFFRACTION65
2.8176-2.90840.28331140.27062167X-RAY DIFFRACTION74
2.9084-3.01230.29621340.27142472X-RAY DIFFRACTION84
3.0123-3.13280.28591570.25422769X-RAY DIFFRACTION94
3.1328-3.27530.29351710.23292864X-RAY DIFFRACTION98
3.2753-3.44780.23651390.21872849X-RAY DIFFRACTION97
3.4478-3.66360.21041730.22132884X-RAY DIFFRACTION99
3.6636-3.9460.21361620.20012943X-RAY DIFFRACTION99
3.946-4.34230.18061620.16492879X-RAY DIFFRACTION99
4.3423-4.96880.16681610.15242919X-RAY DIFFRACTION98
4.9688-6.25330.18191680.16372891X-RAY DIFFRACTION99
6.2533-33.02730.23981440.1842685X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00110.0010.00290.00340.00110.00860.02260.0167-0.01510.04940.0415-0.00890.054-0.0093-0.00010.3797-0.06660.05160.30610.00990.2137-38.2156-8.159-17.7642
20.01360.00970.00060.0153-0.00360.0019-0.02330.04880.0193-0.02730.0114-0.0343-0.0065-0.0011-0.00970.2327-0.32420.05310.1302-0.05910.167-38.7281-4.0125-34.0252
30.00210.00050.0020.0002-0.00030.0013-0.03270.04780.00390.0256-0.03440.01060.01460.011800.7724-0.1948-0.06530.88610.06820.5352-36.9635-4.9635-50.1358
40.0038-0.0030.00770.00070.00310.0192-0.03020.10160.0251-0.01860.04410.00550.0911-0.0276-0.01140.5402-0.08070.05010.2867-0.10970.3726-30.2778-11.7394-48.0777
50.02850.0051-0.01960.01570.01820.0372-0.028-0.0176-0.07510.0039-0.021-0.00320.118-0.0265-0.01390.9052-0.3790.32240.1979-0.19050.7243-39.7721-26.1604-38.0334
60.11910.07880.02420.05070.01560.0068-0.10890.07070.0081-0.0694-0.06310.07150.0861-0.1421-0.05410.5184-0.3137-0.01270.1648-0.21170.0685-39.5271-16.3501-43.1729
70.0036-0.00620.00350.0035-0.00290.0013-0.0698-0.0594-0.0468-0.0722-0.0004-0.09150.00220.044100.336-0.03460.02410.15910.0050.3107-29.6827-10.7279-32.7469
80.00420.00290.00150.00140.0010.00080.0022-0.02060.0201-0.0119-0.0186-0.01120.01170.0461-00.33530.0286-0.07370.2833-0.01970.4612-24.9783-7.5959-24.0735
90.0030.0049-0.0002-0.0004-0.0011-0-0.2001-0.0916-0.0090.09770.0271-0.07910.24520.0379-00.3851-0.0166-0.01580.20010.03450.2845-28.7678-12.4824-19.9703
100.022-0.0047-0.02130.00440.01630.0259-0.1508-0.0271-0.0060.1041-0.11190.12170.0292-0.0941-0.00130.3525-0.08230.02380.2141-0.02550.1495-42.1663-8.892-32.221
110.1269-0.0121-0.00360.03020.02050.01270.0534-0.130.08460.058-0.0223-0.10330.02020.022-0.00210.2768-0.0236-0.04360.1489-0.03680.1334-30.22370.4075-17.8121
120.00570.00430.0030.00480.00120.0078-0.05880.0407-0.0111-0.108-0.0565-0.0934-0.03380.0124-0.00010.301-0.04750.04610.1988-0.06210.2551-25.9638-0.3497-32.8133
130.11220.04260.13590.01580.0510.16250.05670.11870.0399-0.05980.15510.0124-0.0004-0.01920.02940.4342-0.15430.08010.2750.00740.2915-28.0660.1132-41.1442
140.00220.0007-0.0030.0025-0.00140.00350.00310.02680.06410.02440.05860.0121-0.04490.0055-00.4077-0.0381-0.03510.27330.05210.2447-38.06612.6725-37.1539
150.02050.012-0.00690.00960.00310.00950.0371-0.07220.03340.0236-0.05090.08590.0574-0.11620.0020.2756-0.07560.09720.2641-0.09450.2393-42.67633.4996-21.6215
160.00350.00140.00220.0309-0.00460.0036-0.0282-0.0519-0.06740.02650.00070.00230.1169-0.0231-00.4735-0.11020.09960.2592-0.02060.2165-42.6958-8.9976-16.0542
17-0.0027-0-0.00130.0048-0.0033-0.00090.0524-0.0298-0.08940.1124-0.07590.14690.0232-0.078-0.02290.4112-0.52280.20950.24050.0090.3245-47.9149-15.4068-28.5019
180.1685-0.0282-0.02320.08610.02370.0097-0.0571-0.0652-0.18030.1089-0.0194-0.00470.0413-0.0066-0.03550.6583-0.14430.0812-0.05350.23510.129-36.4599-19.9503-26.1904
190.006-0.0085-0.02550.01190.02760.1008-0.12880.0196-0.13440.0267-0.0838-0.00690.0996-0.0572-0.06370.7815-0.38060.2230.1883-0.05330.506-43.5187-24.4384-27.7162
200.03120.0337-0.00440.0346-0.00410.0008-0.0138-0.011-0.03190.0267-0.02560.00870.00710.0187-0.01620.8424-0.56890.21590.48530.13280.42-51.21-23.9397-20.4876
210.04660.0295-0.01980.0260.00640.0771-0.06310.02010.1417-0.0189-0.0518-0.02390.0219-0.021-0.03760.23810.0295-0.11040.2079-0.08550.2448-9.19156.65835.1099
220.0015-0.00140.00220.0018-0.0027-0.0002-0.04880.0019-0.04910.01860.0012-0.0150.06130.050100.668-0.1154-0.04960.26160.01390.2203-7.5245-14.54422.9648
230.0012-0.0011-0.00090.01-0.00910.00820.03450.0262-0.05450.01830.0039-0.00980.0041-0.046600.5199-0.0212-0.14510.42910.00140.39231.5489-24.31035.84
240.0013-0.0016-0.0010.0042-0.0040.0018-0.0646-0.04320.0292-0.0186-0.0599-0.005-0.0094-0.012500.38470.0966-0.01360.24750.00060.25593.2077-18.47510.8516
250.0015-0.0009-0.00210.0061-0.00020.01410.0293-0.0602-0.02420.0539-0.0093-0.0084-0.0178-0.0206-00.3325-0.1685-0.07740.4217-0.00830.2016-1.9874-14.077219.983
260.004-0.0007-0.00160.001100.0090.0318-0.08980.01190.07560.1150.0576-0.0275-0.070200.3432-0.12790.01510.4465-0.03740.199-11.0537-10.109924.5266
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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