PDB-2bkq: NEDD8 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bkq

タイトル

NEDD8 protease

要素

SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

キーワード

HYDROLASE / UBIQUITIN / PROTEASE / THIOL PROTEASE / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBIQUITIN-HYDROLASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / post-translational protein modification / UCH proteinases / Neddylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shen, L.N. / Liu, H. / Dong, C. / Xirodimas, D. / Naismith, J.H. / Hay, R.T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of Nedd8 Ubiquitin Discrimination by the Deneddylating Enzyme Nedp1
著者: Shen, L.N. / Liu, H. / Dong, C. / Xirodimas, D. / Naismith, J.H. / Hay, R.T.

履歴

登録	2005年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年10月9日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bkq.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bkq.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bkq_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bkq_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
XML形式データ	2bkq_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	2bkq_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bkrC 1xt9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wxc-d 1dd6-d 2f9j-d 3i2x-d 6nmb-4 180l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

B: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

C: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

D: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.070, 57.510, 74.996
Angle α, β, γ (deg.)	99.74, 110.95, 92.41
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	A	A	4 - 91	4 - 91
2	1	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	4 - 91	4 - 91
3	1	VAL	VAL	ASN	ASN	C	C	4 - 91	4 - 91
4	1	VAL	VAL	ASN	ASN	D	D	4 - 91	4 - 91
1	2	SER	SER	PHE	PHE	A	A	104 - 139	104 - 139
2	2	SER	SER	PHE	PHE	B	B	104 - 139	104 - 139
3	2	SER	SER	PHE	PHE	C	C	104 - 139	104 - 139
4	2	SER	SER	PHE	PHE	D	D	104 - 139	104 - 139
1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	148 - 209	148 - 209
2	3	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	148 - 209	148 - 209
3	3	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	148 - 209	148 - 209
4	3	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	148 - 209	148 - 209

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.383772, -0.801294, -0.458963), (0.567896, 0.596718, -0.56694), (0.728158, -0.043068, 0.684055)	-2.1687, 45.4319, 34.409
2	given	(0.829165, 0.422811, -0.365672), (-0.554109, 0.708042, -0.437768), (0.073818, 0.565604, 0.821367)	29.0528, 18.0891, 1.1508
3	given	(0.054373, -0.997135, 0.052591), (0.981682, 0.04375, -0.185437), (0.182605, 0.06171, 0.981248)	38.4872, 16.5687, 37.4909

#1: タンパク質	SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8 / SENTRIN/SUMO-SPECIFIC PROTEASE SENP8 / CYSTEINE PROTEASE FKSG8 / PROTEASE / CYSTEINE 2 / NEDP1 分子量: 24073.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q96LD8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: INVOLVED IN THE RELEASE OF SENTRINS (POTENTIAL)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: NEDP1 (14MG/ML) WITH EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1M BICINE PH9.0, 30% PEG3000., pH 9.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器	検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→67 Å / Num. obs: 54875 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→69.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 8.735 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	2882	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	54258	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.55 Å²	1.47 Å²	0.99 Å²
2-	-	-1.51 Å²	0.57 Å²
3-	-	-	0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→69.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6631	0	0	386	7017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	6795
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.928	9222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.035	5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.975	25.074	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.303	15	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.453	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	3361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.857	1.5	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.434	2	6719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.386	3	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.429	4.5	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	744	medium positional	0.43	0.5
2	B	744	medium positional	0.41	0.5
3	C	744	medium positional	0.44	0.5
4	D	744	medium positional	0.6	0.5
1	A	745	loose positional	0.85	5
2	B	745	loose positional	0.79	5
3	C	745	loose positional	0.78	5
4	D	745	loose positional	1.19	5
1	A	744	medium thermal	2.11	2
2	B	744	medium thermal	1.74	2
3	C	744	medium thermal	1.64	2
4	D	744	medium thermal	1.37	2
1	A	745	loose thermal	3.41	10
2	B	745	loose thermal	2.94	10
3	C	745	loose thermal	2.5	10
4	D	745	loose thermal	2.66	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.291	201
R_work	0.216	3971

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9476	-0.2125	-0.3614	0.8123	0.053	2.0136	-0.0205	0.0499	-0.063	-0.0919	0.0146	-0.0511	0.1609	-0.005	0.0058	-0.054	-0.0787	0.019	-0.0127	-0.0163	-0.1474	-0.32	-0.016	-0.398
2	1.1582	-0.1332	-0.4527	1.2276	-0.5671	2.5859	-0.0719	-0.0442	0.0202	0.0439	-0.0631	-0.1995	0.0336	0.3403	0.135	-0.0012	-0.0141	0.0097	0.0007	-0.0056	-0.1225	-2.505	45.798	34.568
3	2.3517	-0.0844	0.6248	1.6071	-0.0969	1.2749	-0.0896	0.082	0.3062	-0.0372	-0.0121	0.1222	-0.177	-0.0452	0.1017	-0.0068	-0.0538	-0.0121	0.0058	-0.0061	-0.0875	28.839	17.743	1.07
4	0.7735	0.2828	0.1804	1.9256	0.2756	1.7721	0.0107	-0.0466	-0.0904	0.2995	-0.0075	0.2234	-0.1049	-0.2921	-0.0033	0.0732	0.023	0.0702	-0.006	0.0098	-0.138	38.596	16.803	37.215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 211

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