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- PDB-4zq0: crystal structure of Giardia 14-3-3 in complex with the phosphope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zq0
タイトルcrystal structure of Giardia 14-3-3 in complex with the phosphopeptide A8Ap
要素
  • 14-3-3 protein
  • A8Ap phosphopeptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / phosphopeptide binding protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 14-3-3 protein / Putative 14-3-3 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia P15 (やつひげはらむし)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A.
引用
ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2015
タイトル: Molecular Dynamics Simulations and Structural Analysis of Giardia duodenalis 14-3-3 Protein-Protein Interactions.
著者: Cau, Y. / Fiorillo, A. / Mori, M. / Ilari, A. / Botta, M. / Lalle, M.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of Giardia duodenalis 14-3-3 in the apo form: when protein post-translational modifications make the difference.
著者: Fiorillo, A. / di Marino, D. / Bertuccini, L. / Via, A. / Pozio, E. / Camerini, S. / Ilari, A. / Lalle, M.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein
C: 14-3-3 protein
B: 14-3-3 protein
D: 14-3-3 protein
E: A8Ap phosphopeptide
F: A8Ap phosphopeptide
G: A8Ap phosphopeptide
H: A8Ap phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0419
ポリマ－111,9468
非ポリマー951
水00
1
A: 14-3-3 protein
B: 14-3-3 protein
E: A8Ap phosphopeptide
F: A8Ap phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0685
ポリマ－55,9734
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: 14-3-3 protein
D: 14-3-3 protein
G: A8Ap phosphopeptide
H: A8Ap phosphopeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9734
ポリマ－55,9734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.958, 109.408, 78.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31B
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRLYSLYSAA10 - 726 - 68
21TYRTYRLYSLYSCB10 - 726 - 68
31TYRTYRLYSLYSBC10 - 726 - 68
41TYRTYRLYSLYSDD10 - 726 - 68
12GLUGLUGLUGLUAA85 - 13981 - 135
22GLUGLUGLUGLUCB85 - 13981 - 135
32GLUGLUGLUGLUBC85 - 13981 - 135
42GLUGLUGLUGLUDD85 - 13981 - 135
13ILEILETHRTHRAA149 - 208145 - 204
23ILEILETHRTHRCB149 - 208145 - 204
33ILEILETHRTHRBC149 - 208145 - 204
43ILEILETHRTHRDD149 - 208145 - 204
14ASPASPLEULEUAA220 - 234216 - 230
24ASPASPLEULEUCB220 - 234216 - 230
34ASPASPLEULEUBC220 - 234216 - 230
44ASPASPLEULEUDD220 - 234216 - 230

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.887526, 0.202928, -0.413664), (0.00891, -0.890064, -0.455748), (-0.460671, -0.408174, 0.788147)74.551804, -5.26268, 45.91032
3given(0.711351, 0.498669, 0.495287), (0.494298, -0.855928, 0.151842), (0.499649, 0.136806, -0.855357)1.51842, -13.65746, 8.44367
4given(-0.849976, -0.524428, -0.050154), (-0.509761, 0.794686, 0.329573), (-0.132981, 0.305695, -0.942797)75.156532, 34.252701, 11.32848

-
要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein / Putative 14-3-3 domain protein


分子量: 27191.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: a stretch of 10 glycines was added at the C-ter
由来: (組換発現) Giardia lamblia P15 (やつひげはらむし)
遺伝子: DHA2_6430, GSB_6430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QBT8, UniProt: E1F4V5*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
A8Ap phosphopeptide


分子量: 794.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 5000 MME 25% w/v, Lithium acetate 0.2 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.01 Å / Num. obs: 21585 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 113267
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.1-3.315.30.91322082439020.7120.437100
8.77-48.014.80.03434.747239800.9990.01899.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
Aimless0.3.8データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F7R

4f7r


解像度: 3.1→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.514 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 1093 5.1 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2066 20475 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110 Å2 / Biso mean: 79.773 Å2 / Biso min: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å2-0 Å20.77 Å2
2--2.9 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7703 0 5 0 7708
Biso mean--54.87 --
残基数----947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.97910564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.597317242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4145939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5524.16399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.146151455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6551568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0027.8183780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0027.8183779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.84511.7354711
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3097 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.540.5
2CMEDIUM POSITIONAL0.520.5
3BMEDIUM POSITIONAL0.520.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.530.5
1AMEDIUM THERMAL9.992
2CMEDIUM THERMAL6.352
3BMEDIUM THERMAL7.432
4DMEDIUM THERMAL13.872
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 59 -
Rwork0.327 1546 -
all-1605 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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