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- PDB-4znz: Crystal structure of Escherichia coli carbonic anhydrase (YadF) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4znz
タイトルCrystal structure of Escherichia coli carbonic anhydrase (YadF) in complex with Zn - artifact of purification
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / carbonic anhydrase / YadF / crystallization artifact / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gasiorowska, O.A. / Niedzialkowska, E. / Porebski, P.J. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Cymborowski, M.T. / Minor, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM094662 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Protein purification and crystallization artifacts: The tale usually not told.
著者: Niedzialkowska, E. / Gasiorowska, O. / Handing, K.B. / Majorek, K.A. / Porebski, P.J. / Shabalin, I.G. / Zasadzinska, E. / Cymborowski, M. / Minor, W.
履歴
登録2015年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1962
ポリマ－25,1311
非ポリマー651
水46826
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7858
ポリマ－100,5234
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area15130 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area32600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.909, 67.909, 84.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase


分子量: 25130.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: C6EAT1, UniProt: A0A140NBR3*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 ul of 7.4 mg/ml protein in 50 mM TRIS pH 7.9, 200 mM NaCl and 0.5 mM TCEP were mixed with the 0.3 ul of SaltRx condition #96 (60% v/v Tacsimate pH 7.0 and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0) ...詳細: 0.3 ul of 7.4 mg/ml protein in 50 mM TRIS pH 7.9, 200 mM NaCl and 0.5 mM TCEP were mixed with the 0.3 ul of SaltRx condition #96 (60% v/v Tacsimate pH 7.0 and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0) and equilibrated against SaltRx condition #96 solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci)
PH範囲: 7.0 - 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.27822 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日 / 詳細: Bimorph K-B pair
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 5907 / Num. obs: 5527 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 58.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.122 / Χ2: 1.069 / Net I/av σ(I): 18.875 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 44824
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.758.10.9261.82760.7520.3380.9880.64495.8
2.75-2.88.10.7412750.8470.270.790.68496.2
2.8-2.858.20.7372820.7890.2660.7850.73395.9
2.85-2.918.30.6182620.8110.2240.6590.69996
2.91-2.978.10.5742720.8810.210.6120.72295.4
2.97-3.048.10.5062790.8920.1830.540.80194.9
3.04-3.128.20.4222720.9450.1540.4510.77896.1
3.12-3.28.20.3422760.9620.1240.3650.82994.8
3.2-3.38.20.2772680.9670.1010.2950.86694.4
3.3-3.48.10.2162820.9730.0790.230.92994
3.4-3.528.20.1762580.9940.0640.1880.9795.2
3.52-3.668.30.1382720.9920.0510.1471.09693.5
3.66-3.838.20.1212750.9930.0440.1291.15994.2
3.83-4.038.10.1182840.9930.0430.1261.36693.7
4.03-4.298.20.0952690.9960.0350.1011.33592.1
4.29-4.628.20.0752740.9950.0280.081.54592.9
4.62-5.088.10.0612780.9970.0230.0651.63991.7
5.08-5.818.10.0652830.9980.0230.0691.38691.6
5.81-7.327.90.0582810.9990.0210.0621.48690.1
7.32-507.30.0393090.9980.0150.0421.69486.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
SHELX位相決定
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
BLU-MAXデータ収集
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.2318 / WRfactor Rwork: 0.1348 / FOM work R set: 0.8745 / SU B: 11.706 / SU ML: 0.237 / SU Rfree: 0.4107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.4061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 255 4.6 %RANDOM
Rwork0.1488 ---
obs0.1534 5247 93.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.18 Å2 / Biso mean: 53.775 Å2 / Biso min: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1674 0 1 26 1701
Biso mean--42.81 46.16 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9362326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99833695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8885214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18124.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.99215282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7611511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1655.374859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1295.37858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4048.0541072
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 13 -
Rwork0.185 388 -
all-401 -
obs--96.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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