[日本語] English
万見
- PDB-4zm7: PcCel45A N105D mutatnt at cryo condition -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zm7
タイトルPcCel45A N105D mutatnt at cryo condition
要素Endoglucanase V-like protein
キーワードHYDROLASE / Cellulase Endo-glucanase
機能・相同性Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / EXPB1-like domain 1 / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta / Endoglucanase V-like protein
機能・相同性情報
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.701 Å
データ登録者Nakamura, A. / Ishida, T. / Samejima, M. / Igarashi, K.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: "Newton's cradle" proton relay with amide-imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography.
著者: Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Fushinobu, S. / Tanaka, I. / Kaneko, S. / Ohta, K. / Tanaka, H. / Inaka, K. / Higuchi, Y. / Niimura, N. / Samejima, M. / Igarashi, K.
履歴
登録2015年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase V-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1801
ポリマ－18,1801
非ポリマー00
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.764, 57.955, 63.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Endoglucanase V-like protein / PcCel45A


分子量: 18179.777 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-206 / 変異: N131D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: egv / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: B3Y002
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 65% 3-methyl-1,5-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.7→50 Å / Num. obs: 262663 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 90.4
反射 シェル解像度: 0.7→0.71 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 85.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.701→25.97 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 10.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1347 12658 5.07 %
Rwork0.1264 --
obs0.1268 249760 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.701→25.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 0 469 1729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2691973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.549488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.7006-0.70860.25613860.23867188X-RAY DIFFRACTION87
0.7086-0.71690.20344310.20517538X-RAY DIFFRACTION92
0.7169-0.72560.20014370.18237565X-RAY DIFFRACTION93
0.7256-0.73480.1653850.1667631X-RAY DIFFRACTION93
0.7348-0.74450.16254330.15657648X-RAY DIFFRACTION93
0.7445-0.75470.15754210.14787737X-RAY DIFFRACTION94
0.7547-0.76550.13564160.14377759X-RAY DIFFRACTION94
0.7655-0.77690.14373960.14227807X-RAY DIFFRACTION95
0.7769-0.7890.1414170.14347799X-RAY DIFFRACTION95
0.789-0.8020.14363970.14357867X-RAY DIFFRACTION95
0.802-0.81580.1444170.14317876X-RAY DIFFRACTION96
0.8158-0.83060.13634300.13477932X-RAY DIFFRACTION96
0.8306-0.84660.13444280.13397931X-RAY DIFFRACTION96
0.8466-0.86390.12714270.13097975X-RAY DIFFRACTION97
0.8639-0.88270.13094240.12627994X-RAY DIFFRACTION97
0.8827-0.90320.1234340.12618000X-RAY DIFFRACTION97
0.9032-0.92580.13384350.12038069X-RAY DIFFRACTION98
0.9258-0.95080.11894300.11418101X-RAY DIFFRACTION98
0.9508-0.97880.11734310.1148073X-RAY DIFFRACTION98
0.9788-1.01040.11674510.10938148X-RAY DIFFRACTION98
1.0104-1.04650.1134320.10648166X-RAY DIFFRACTION99
1.0465-1.08840.10154130.10058242X-RAY DIFFRACTION99
1.0884-1.1380.094330.0968212X-RAY DIFFRACTION99
1.138-1.1980.10654350.09948285X-RAY DIFFRACTION100
1.198-1.2730.11214520.10858293X-RAY DIFFRACTION100
1.273-1.37130.1084760.11258331X-RAY DIFFRACTION100
1.3713-1.50930.11954310.11698371X-RAY DIFFRACTION100
1.5093-1.72760.13774390.12158389X-RAY DIFFRACTION100
1.7276-2.17650.14844240.12898039X-RAY DIFFRACTION94
2.1765-25.98740.19732970.16696136X-RAY DIFFRACTION70

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る